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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d97 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of N109P mutant of GATase subunit of Methanocaldococcus jannaschii GMP synthetase | |||||||||
![]() | GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] subunit A | |||||||||
![]() | LIGASE / hyperthermostable glutamine amidotransferase / GATase_N109P | |||||||||
機能・相同性 | ![]() GMP synthase activity / GMP synthase (glutamine-hydrolysing) / glutamine metabolic process / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bellur, A. / Dongre, A. / Kavya, J. / Balaram, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the hyperthermostability of an archaeal enzyme induced by succinimide formation. 著者: Dongre, A.V. / Das, S. / Bellur, A. / Kumar, S. / Chandrashekarmath, A. / Karmakar, T. / Balaram, P. / Balasubramanian, S. / Balaram, H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21034.262 Da / 分子数: 4 / 変異: N109P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: DSM 2661 / 遺伝子: guaAA, MJ1575 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q58970, GMP synthase (glutamine-hydrolysing) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6 / 詳細: 100 mM Sodium acetate, pH 5.6, 20 % PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年2月17日 | |||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.89→35.49 Å / Num. obs: 48293 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.861 / Net I/σ(I): 1.28 | |||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.89→2.03 Å / Num. unique obs: 5717 / CC1/2: 0.702 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7D40 解像度: 1.89→35.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.821 / SU B: 4.223 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 47.12 Å2 / Biso mean: 12.344 Å2 / Biso min: 2.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.89→35.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.89→1.937 Å / Rfactor Rfree error: 0 |