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万見
- PDB-7d8k: Solution structure of the methyl-CpG binding domain of MBD6 from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d8k
タイトルSolution structure of the methyl-CpG binding domain of MBD6 from Arabidopsis thaliana
要素Methyl-CpG-binding domain-containing protein 6
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / methyl-CpG binding / gene repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


核小体形成域 / perinucleolar chromocenter / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / methyl-CpG binding / 色素体 / ヘテロクロマチン / : / enzyme binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Methyl-CpG-binding domain-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mahana, Y. / Ohki, I. / Walinda, E. / Morimoto, D. / Sugase, K. / Shirakawa, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP16gm0510004 日本
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: Structural Insights into Methylated DNA Recognition by the Methyl-CpG Binding Domain of MBD6 from Arabidopsis thaliana .
著者: Mahana, Y. / Ohki, I. / Walinda, E. / Morimoto, D. / Sugase, K. / Shirakawa, M.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain-containing protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7711
ポリマ－7,7711
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain-containing protein 6 / MBD06 / Methyl-CpG-binding protein MBD6


分子量: 7770.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MBD6, At5g59380, F2O15.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LTJ1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
114isotropic12D 1H-15N HSQC
124isotropic13D HNCO
134isotropic13D HN(CA)CO
144isotropic13D CBCA(CO)NH
154isotropic13D HN(CA)CB
164isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
174isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
184isotropic13D CC(CO)NH
194isotropic13D H(CC)(CO)NH
1104isotropic13D HBHA(CO)NH
1114isotropic13D HBHANH
1124isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1134isotropic13D (H)CCH-COSY
1144isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1154isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1164isotropic13D 1H-15N NOESY
1174isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1184isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1195isotropic22D IPAP 1H-15N HSQC
1203anisotropic22D IPAP 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution41.5 mM [U-13C; U-15N] AtMBD6 MBD domain, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O13C/15N sample for assignment and NOESY95% H2O/5% D2O
solution50.5 mM [U-13C; U-15N] AtMBD6 MBD domain, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O13C/15N sample for isotropic IPAP95% H2O/5% D2O
solution30.5 mM [U-13C; U-15N] AtMBD6 MBD domain, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 4 % C12E5, 1.2 % 1-hexanol, 95% H2O/5% D2O13C/15N sample for aligned IPAP95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMAtMBD6 MBD domain[U-13C; U-15N]4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
50 mMsodium chloridenatural abundance4
0.5 mMAtMBD6 MBD domain[U-13C; U-15N]5
20 mMsodium phosphatenatural abundance5
50 mMsodium chloridenatural abundance5
0.5 mMAtMBD6 MBD domain[U-13C; U-15N]3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
4 %C12E5natural abundance3
1.2 %1-hexanolnatural abundance3
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II7001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TALOS+Shen, Delaglio, and Cornilescuデータ解析
MagRO-NMRViewKobayashi (MagRO), Johnson and Blevins (NMRView)chemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
TopSpinBruker Biospinデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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