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万見
- PDB-7d8j: S. aureus SsbB with 5-FU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d8j
タイトルS. aureus SsbB with 5-FU
要素Single-stranded DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / single-strand DNA binding protein / SsbA
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA replication
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
5-FLUOROURACIL / Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Lin, E.S. / Huang, Y.H. / Huang, C.Y.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the single-stranded DNA-binding protein SsbB in complex with the anticancer drug 5-fluorouracil: Extension of the 5-fluorouracil interactome to include the ...タイトル: Crystal structure of the single-stranded DNA-binding protein SsbB in complex with the anticancer drug 5-fluorouracil: Extension of the 5-fluorouracil interactome to include the oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold protein
著者: Lin, E.S. / Huang, C.Y.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9023
ポリマ－26,7722
非ポリマー1301
水905
1
A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子

A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8046
ポリマ－53,5444
非ポリマー2602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/31
Buried area8250 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.366, 116.366, 78.538
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 54 or resid 56 through 82 or resid 90 through 105))
21(chain B and (resid 1 through 54 or resid 56 through 105))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPHEPHE(chain A and (resid 1 through 54 or resid 56 through 82 or resid 90 through 105))AA1 - 541 - 54
12LYSLYSTYRTYR(chain A and (resid 1 through 54 or resid 56 through 82 or resid 90 through 105))AA56 - 8256 - 82
13VALVALPROPRO(chain A and (resid 1 through 54 or resid 56 through 82 or resid 90 through 105))AA90 - 10590 - 105
21METMETPHEPHE(chain B and (resid 1 through 54 or resid 56 through 105))BB1 - 541 - 54
22LYSLYSPROPRO(chain B and (resid 1 through 54 or resid 56 through 105))BB56 - 10556 - 105

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要素

#1: タンパク質 Single-stranded DNA-binding protein / SSB


分子量: 13385.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain ED98) (黄色ブドウ球菌)
株: ED98 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3F2YLU4
#2: 化合物 ChemComp-URF / 5-FLUOROURACIL / 5-FU


分子量: 130.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3FN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6M Ammonium Sulfate, 500mM Lithium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→30 Å / Num. obs: 7408 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 42.16
反射 シェル解像度: 2.87→2.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 9.05 / Num. unique obs: 724 / CC1/2: 0.973

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YYU

5yyu


解像度: 2.88→27.341 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2568 365 4.93 %
Rwork0.1937 7040 -
obs0.1967 7405 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.62 Å2 / Biso mean: 43.854 Å2 / Biso min: 14.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.88→27.341 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1648 0 9 5 1662
Biso mean--78.81 42.56 -
残基数----210
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A578X-RAY DIFFRACTION14.868TORSIONAL
12B578X-RAY DIFFRACTION14.868TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8803-3.29650.28521300.2106224698
3.2965-4.15090.27221220.1882232499
4.1509-27.3410.23211130.1909247099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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