PDB-7d8b: Engineering Disulphide-Free Autonomous Antibody VH Domains to mod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d8b

タイトル

Engineering Disulphide-Free Autonomous Antibody VH Domains to modulate intracellular pathways

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E
VH-S4

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Cap dependent translation / Complex / VH domain

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Frosi, Y. / Lin, Y.C. / Jiang, S. / Brown, C.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Engineering an autonomous VH domain to modulate intracellular pathways and to interrogate the eIF4F complex.
著者: Frosi, Y. / Lin, Y.C. / Shimin, J. / Ramlan, S.R. / Hew, K. / Engman, A.H. / Pillai, A. / Yeung, K. / Cheng, Y.X. / Cornvik, T. / Nordlund, P. / Goh, M. / Lama, D. / Gates, Z.P. / Verma, C.S. ...

履歴

登録	2020年10月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月14日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d8b.cif.gz	139 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d8b.ent.gz	103.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d8b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/7d8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/7d8b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xtpC 2v8wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7d8b-2 4ryl-d 7cy9-d 4r8v-d 1tdf-d 1q3a-1 2lbp-d 1z15-d 3nkv-d 5c33-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (16) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (16)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (3)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: VH-S4

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

D: VH-S4

84.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: VH-S4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance, Asymmetric unit contains 2 biological assemblies. One Biological assembly is Chain A interacting with chain B, and the other is Chain C interacting with Chain D.
42.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

D: VH-S4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.595, 140.394, 61.961
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.037, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF4E / eIF-4F 25 kDa subunit / mRNA cap-binding protein 分子量: 25130.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06730
#2: タンパク質	VH-S4 分子量: 17146.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.01M Tri-sodium citrate, 16% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→70.197 Å / Num. obs: 28611 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / R_sym value: 0.177 / Net I/σ(I): 3.6
反射シェル	解像度: 2.46→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4143 / R_sym value: 0.876

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2V8W

2v8w

解像度: 2.46→46.216 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.86 / SU B: 12.299 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.509 / ESU R Free: 0.311 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2918	1450	5.072 %
R_work	0.25	27137	-
all	0.252	-	-
obs	-	28587	99.871 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.813 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.068 Å²	0 Å²	0.896 Å²
2-	-	-2.743 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→46.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4817	0	0	102	4919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	4928
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	4595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.185	1.635	6675
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.076	1.584	10544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.66	5	604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.797	21.311	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.835	15	822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.569	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.037	0.2	633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.162	0.2	765
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	4081
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.134	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.133	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.175	3.678	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.175	3.678	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.107	5.507	3029
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.107	5.507	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.933	3.765	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.933	3.765	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.665	5.591	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.665	5.591	3646
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.227	40.359	5247
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.186	40.316	5214

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.524	0.367	107	0.313	1997	X-RAY DIFFRACTION	99.8576
2.524-2.593	0.334	99	0.297	1935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.593-2.668	0.416	85	0.3	1920	X-RAY DIFFRACTION	99.9501
2.668-2.75	0.347	91	0.277	1844	X-RAY DIFFRACTION	99.7423
2.75-2.84	0.289	106	0.257	1789	X-RAY DIFFRACTION	99.8946
2.84-2.94	0.295	97	0.28	1727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.05	0.3	81	0.255	1655	X-RAY DIFFRACTION	99.9424
3.05-3.175	0.292	94	0.249	1615	X-RAY DIFFRACTION	99.8831
3.175-3.315	0.307	92	0.254	1522	X-RAY DIFFRACTION	99.8145
3.315-3.477	0.267	79	0.243	1475	X-RAY DIFFRACTION	99.8715
3.477-3.664	0.275	69	0.245	1423	X-RAY DIFFRACTION	99.933
3.664-3.886	0.284	72	0.247	1310	X-RAY DIFFRACTION	99.6395
3.886-4.154	0.258	71	0.231	1249	X-RAY DIFFRACTION	100
4.154-4.485	0.246	67	0.205	1153	X-RAY DIFFRACTION	100
4.485-4.911	0.221	58	0.205	1063	X-RAY DIFFRACTION	99.9109
4.911-5.487	0.336	51	0.227	979	X-RAY DIFFRACTION	99.8062
5.487-6.33	0.366	45	0.257	851	X-RAY DIFFRACTION	99.7773
6.33-7.737	0.347	38	0.277	747	X-RAY DIFFRACTION	99.8728
7.737-10.876	0.231	29	0.221	559	X-RAY DIFFRACTION	99.8302
10.876-46.216	0.254	19	0.314	324	X-RAY DIFFRACTION	98.5632

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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