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- PDB-7d83: Crystal structure of HIV-1 integrase catalytic core domain in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d83
タイトルCrystal structure of HIV-1 integrase catalytic core domain in complex with 2-(tert-butoxy)-2-(2-(3-cyclohexylureido)-3,6-dimethyl-5-(5-methylchroman-6-yl)pyridin-4-yl)acetic acid
要素Integrase
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 Integrase
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GZ9 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Sugiyama, S. / Sekiguchi, Y.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery of novel HIV-1 integrase-LEDGF/p75 allosteric inhibitors based on a pyridine scaffold forming an intramolecular hydrogen bond.
著者: Sugiyama, S. / Akiyama, T. / Taoda, Y. / Iwaki, T. / Matsuoka, E. / Akihisa, E. / Seki, T. / Yoshinaga, T. / Kawasuji, T.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2475
ポリマ－18,4351
非ポリマー8124
水27015
1
A: Integrase
ヘテロ分子

A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,49310
ポリマ－36,8692
非ポリマー1,6248
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area4390 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area13100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.312, 72.312, 65.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Integrase


分子量: 18434.723 Da / 分子数: 1 / 変異: F1332K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate NY5) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate NY5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P12497, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GZ9 / (2S)-2-[2-(cyclohexylcarbamoylamino)-3,6-dimethyl-5-(5-methyl-3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)pyridin-4-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid


分子量: 523.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H41N3O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M Ammonium sulfate, 1% PEG 8000, 5mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→62.62 Å / Num. obs: 7819 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.358 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.43-2.475.60.563660.748196.8
2.47-2.526.10.554000.7361100
2.52-2.576.40.4743770.7921100
2.57-2.626.30.4313760.7391100
2.62-2.676.30.4113920.7841100
2.67-2.746.50.313850.7741100
2.74-2.816.40.3123800.7771100
2.81-2.886.50.2363900.9391100
2.88-2.976.50.2123770.9961100
2.97-3.066.60.1763951.0731100
3.06-3.176.60.1473791.0781100
3.17-3.36.70.1283971.2151100
3.3-3.456.80.1043881.4731100
3.45-3.636.80.0853991.6691100
3.63-3.866.80.0733741.7571100
3.86-4.156.70.0683992.0931100
4.15-4.576.80.064012.2961100
4.57-5.236.70.0554002.0991100
5.23-6.596.70.0574122.1031100
6.59-5060.0444322.43198.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LMQ

6lmq


解像度: 2.43→62.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 17.868 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.355 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2779 359 4.6 %RANDOM
Rwork0.2239 ---
obs0.2263 7444 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.45 Å2 / Biso mean: 53.344 Å2 / Biso min: 27.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20.42 Å20 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3----1.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→62.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1088 0 53 15 1156
Biso mean--64.01 41.11 -
残基数----139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0431.991580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1845136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.82424.78346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.32915196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.848154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02831
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.492 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 28 -
Rwork0.246 541 -
obs--99.13 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.509 Å / Origin y: -30.137 Å / Origin z: 3.243 Å
111213212223313233
T0.113 Å2-0.021 Å20.0649 Å2-0.08 Å2-0.0117 Å2--0.0548 Å2
L2.6233 °21.9472 °20.4615 °2-1.9657 °2-0.0745 °2--2.0599 °2
S-0.3111 Å °0.1914 Å °-0.1054 Å °-0.3506 Å °0.1515 Å °-0.1876 Å °-0.0222 Å °0.1191 Å °0.1596 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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