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万見
- PDB-7d7v: Crystal Structure of the Domain1 of NAD+ Riboswitch with nicotina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d7v
タイトルCrystal Structure of the Domain1 of NAD+ Riboswitch with nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) and U1A protein
要素
  • 17delU1A (58-MER)
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードRNA / riboswitch / RNA structure / RNA folding / RNA-ligand interactions / RNA crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Acidobacterium capsulatum ATCC 51196 (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen, H. / Ren, A.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural distinctions between NAD+ riboswitch domains 1 and 2 determine differential folding and ligand binding.
著者: Chen, H. / Egger, M. / Xu, X. / Flemmich, L. / Krasheninina, O. / Sun, A. / Micura, R. / Ren, A.
履歴
登録2020年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 17delU1A (58-MER)
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,33312
ポリマ－28,9522
非ポリマー1,38110
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.593, 68.593, 333.848
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: RNA鎖 17delU1A (58-MER)


分子量: 18270.900 Da / 分子数: 1 / 変異: G4del A51del G29C30G31A32 TO AUUGCACUCC / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidobacterium capsulatum ATCC 51196 (バクテリア)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)
#2: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A


分子量: 10681.421 Da / 分子数: 1 / 変異: Y27H, Q32R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: bacterium (バクテリア) / 参照: UniProt: P09012

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非ポリマー , 4種, 51分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Mg(OAc)2, 0.1 M C2H6AsNaO2, pH 6.5, 30% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 12481 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 21.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.842 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.919.80.76111910.9570.1540.7790.42599.2
2.9-3.0221.90.39711950.9780.0760.4060.43999.1
3.02-3.1521.30.22511940.9930.0430.2290.46899.2
3.15-3.3221.10.15512050.9960.030.1580.4999.7
3.32-3.5320.50.12612130.9980.0250.1290.51599.6
3.53-3.819.80.09812440.9980.020.10.54599.6
3.8-4.1818.10.08112150.9990.0170.0830.57899.8
4.18-4.7921.10.06412670.9990.0130.0660.64799.9
4.79-6.0323.50.05613050.9990.0110.0570.621100
6.03-5025.60.06114520.9990.0120.0622.763100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.14精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 602 -
Rwork0.25 --
obs-12306 99.11 %
原子変位パラメータBiso max: 139.72 Å2 / Biso mean: 76.524 Å2 / Biso min: 31.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数746 1242 52 41 2081
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.0795 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3619 153
Rwork0.3608 -
obs-2810

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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