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- PDB-7d6l: Crystal structure of Trx2 from D. radiodurans R1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d6l
タイトルCrystal structure of Trx2 from D. radiodurans R1
要素Thioredoxin 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / antioxidant / thioredoxin / redox control / cysteine thiol-disulfide exchange
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.947 Å
データ登録者Kim, M.-K. / Zhang, J. / Zhao, L.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2020R1F1A1057780 韓国
引用ジャーナル: Antioxidants / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Thioredoxin-2 from Deinococcus radiodurans.
著者: Kim, M.-K. / Zhao, L. / Jeong, S. / Zhang, J. / Jung, J.-H. / Seo, H.S. / Choi, J.- / Lim, S.
履歴
登録2020年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4492
ポリマ－16,3841
非ポリマー651
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7560 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)101.887, 57.819, 36.152
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin 2 / Trx2


分子量: 16383.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: DR_A0164 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RYY9
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.947→50 Å / Num. obs: 14566 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 50.779
反射 シェル解像度: 1.947→1.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 11.628 / Num. unique obs: 685 / CC1/2: 0.971 / Rpim(I) all: 0.118 / Rrim(I) all: 0.262

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1v98

1v98


解像度: 1.947→18.935 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 22.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 1453 10 %
Rwork0.1911 13073 -
obs0.1947 14526 94.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.28 Å2 / Biso mean: 38.3938 Å2 / Biso min: 13.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.947→18.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1087 0 1 74 1162
Biso mean--25.68 48.57 -
残基数----142
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.947-2.01620.28761350.2263123088
2.0162-2.09680.33391450.2369128994
2.0968-2.19210.22591550.1987136299
2.1921-2.30750.30291260.2197113983
2.3075-2.45170.2151580.1843138699
2.4517-2.64060.24681630.19061374100
2.6406-2.90550.25231390.20691377100
2.9055-3.32390.20771390.19191407100
3.3239-4.18040.22161380.1685120987
4.1804-18.9350.19071550.184130092
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.221 Å / Origin y: 50.7825 Å / Origin z: 6.1787 Å
111213212223313233
T0.1436 Å2-0.0062 Å20.0084 Å2-0.154 Å2-0.017 Å2--0.1672 Å2
L1.3291 °2-0.5564 °20.8443 °2-1.1786 °2-0.3234 °2--1.9199 °2
S0.0246 Å °-0.1532 Å °-0.0219 Å °-0.0462 Å °0.0361 Å °-0.0736 Å °0.0437 Å °-0.1221 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 142
2X-RAY DIFFRACTION1allA201
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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