PDB-7d66: Crystal structure of retroviral protease-like domain of Ddi1 from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d66

タイトル

Crystal structure of retroviral protease-like domain of Ddi1 from Toxoplasma gondii

要素

Ubiquitin family protein

キーワード

HYDROLASE / Retroviral protease

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii GT1 (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.126 Å

データ登録者

Biswas, I.B. / Killivalavan, A.K. / Suguna, K.S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and functional insights into the DNA damage-inducible protein 1 (Ddi1) from protozoa.
著者: Asaithambi, K. / Biswas, I. / Suguna, K.

履歴

登録	2020年9月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d66.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d66.ent.gz	859.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7efyC 2i1aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pic-d 6at1-d 4fyx-d 1rai-d 2qg9-d 2fzc-d 1rad-d 5at1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Ubiquitin family protein

A: Ubiquitin family protein

D: Ubiquitin family protein

C: Ubiquitin family protein

F: Ubiquitin family protein

E: Ubiquitin family protein

H: Ubiquitin family protein

G: Ubiquitin family protein

J: Ubiquitin family protein

I: Ubiquitin family protein

L: Ubiquitin family protein

K: Ubiquitin family protein

ヘテロ分子

175 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Ubiquitin family protein

A: Ubiquitin family protein

D: Ubiquitin family protein

C: Ubiquitin family protein

F: Ubiquitin family protein

E: Ubiquitin family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
87.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: Ubiquitin family protein

G: Ubiquitin family protein

J: Ubiquitin family protein

I: Ubiquitin family protein

L: Ubiquitin family protein

K: Ubiquitin family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
87.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.601, 184.601, 184.338
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Ubiquitin family protein / retroviral protease-like domain of Ddi1 分子量: 14466.896 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii GT1 (トキソプラズマ) 株: ATCC 50853 / GT1 / 遺伝子: TGGT1_304680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S7W9N7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 2 M ammonium citrate tribasic, 30 % 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→65.27 Å / Num. obs: 176969 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2.126→2.182 Å / Num. unique obs: 8844 / CC_1/2: 0.365

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2I1A

2i1a

解像度: 2.126→65.266 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 8.396 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2475	8844	4.997 %
R_work	0.1922	168125	-
all	0.195	-	-
obs	-	176969	99.688 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.448 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.886 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-8.886 Å²	-0 Å²
3-	-	-	17.773 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.126→65.266 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11178	0	96	585	11859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	11420
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	11178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.833	1.635	15352
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.464	1.583	25636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.418	5	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.989	22.109	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.095	15	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.911	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	12615
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.226	0.2	11668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	5522
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	6551
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.126	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.652	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.535	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.606	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.444	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.856	3.328	5790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.85	3.327	5789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.752	4.992	7192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.752	4.992	7193
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.212	3.44	5630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.211	3.44	5631
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.112	5.127	8160
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.112	5.127	8161
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.732	63.737	43972
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.732	63.737	43973
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.042	3	22596
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.14	0.05	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.155	0.05	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.149	0.05	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.139	0.05	3170
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.136	0.05	2956
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.143	0.05	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.149	0.05	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.156	0.05	3151
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.144	0.05	3218
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.148	0.05	3267
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.145	0.05	3157
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.143	0.05	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.157	0.05	3082
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.136	0.05	3201
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.134	0.05	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.141	0.05	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.135	0.05	3203
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.14	0.05	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.13	0.05	3304
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.14	0.05	3266
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.149	0.05	3164
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.158	0.05	3033
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.141	0.05	3055
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.125	0.05	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.148	0.05	3103
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.142	0.05	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.164	0.05	3033
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.154	0.05	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.155	0.05	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.154	0.05	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_31	0.153	0.05	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_32	0.144	0.05	2830
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_33	0.149	0.05	3038
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_34	0.151	0.05	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_35	0.166	0.05	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_36	0.154	0.05	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_37	0.16	0.05	3122
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_38	0.158	0.05	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_39	0.131	0.05	2867
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_40	0.144	0.05	3202
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_41	0.14	0.05	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_42	0.155	0.05	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_43	0.133	0.05	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_44	0.147	0.05	3195
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_45	0.153	0.05	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_46	0.145	0.05	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_47	0.146	0.05	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_48	0.158	0.05	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_49	0.14	0.05	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_50	0.142	0.05	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_51	0.147	0.05	2897
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_52	0.145	0.05	3130
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_53	0.154	0.05	3061
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_54	0.145	0.05	3176
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_55	0.128	0.05	3249
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_56	0.145	0.05	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_57	0.154	0.05	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_58	0.138	0.05	3233
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_59	0.151	0.05	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_60	0.149	0.05	3099
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_61	0.157	0.05	3136
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_62	0.157	0.05	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_63	0.159	0.05	3083
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_64	0.137	0.05	3273
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_65	0.14	0.05	3177
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_66	0.153	0.05	3183

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.126-2.182	0.224	591	0.15	11830	X-RAY DIFFRACTION	95.8041
2.13-2.18	0.21	92	0.206	2155	X-RAY DIFFRACTION	99.6011
2.182-2.241	0.244	600	0.155	12078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.241-2.306	0.244	706	0.166	11649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.306-2.377	0.283	574	0.189	11363	X-RAY DIFFRACTION	100
2.377-2.455	0.28	488	0.187	11146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.455-2.541	0.299	566	0.221	10643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.541-2.637	0.301	646	0.2	10256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.637-2.745	0.289	555	0.202	9893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.745-2.867	0.292	530	0.211	9529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.867-3.007	0.282	424	0.207	9190	X-RAY DIFFRACTION	100
3.007-3.169	0.269	448	0.207	8715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.169-3.362	0.225	401	0.194	8279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.362-3.593	0.242	423	0.193	7750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.593-3.881	0.228	368	0.191	7255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.881-4.251	0.226	375	0.184	6690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.251-4.752	0.211	395	0.151	6028	X-RAY DIFFRACTION	100
4.752-5.486	0.204	283	0.178	5378	X-RAY DIFFRACTION	100
5.486-6.716	0.307	211	0.253	4652	X-RAY DIFFRACTION	99.9794
6.716-9.486	0.296	168	0.215	3646	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)