PDB-7d5m: Crystal structure of inositol dehydrogenase homolog complexed wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d5m

タイトル

Crystal structure of inositol dehydrogenase homolog complexed with NAD+ from Azotobacter vinelandii

要素

Oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Fukano, K. / Ono, T. / Suzuki, M. / Takenoya, M. / Ito, S. / Sasaki, Y. / Yajima, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of inositol dehydrogenase complexed with NAD+ from Azotobacter vinelandii
著者: Fukano, K. / Ono, T. / Suzuki, M. / Takenoya, M. / Ito, S. / Sasaki, Y. / Yajima, S.

履歴

登録	2020年9月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d5m.cif.gz	100.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d5m.ent.gz	71.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7d5m_validation.pdf.gz	755.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7d5m_full_validation.pdf.gz	757 KB	表示
XML形式データ	7d5m_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	7d5m_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/7d5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/7d5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dtyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7d5n-1 3dty-d 6a3g-d 5et6-1 4gwx-1 4ari-d 1y10-d 6a3i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Oxidoreductase

ヘテロ分子

44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oxidoreductase

ヘテロ分子

A: Oxidoreductase

ヘテロ分子

A: Oxidoreductase

ヘテロ分子

A: Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
179 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.250, 107.997, 156.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-691- HOH
2	1	A-699- HOH
3	1	A-833- HOH

#1: タンパク質	Oxidoreductase 分子量: 44131.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (窒素固定) 株: DJ / ATCC BAA-1303 / 遺伝子: Avin_50260 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C1DLC3
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M ammonium tartrate dibasic, pH 7.0, 12% (w/v) PEG 3350, 10 mM NAD+

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 46835 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 33.1
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 2284 / CC_1/2: 0.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DTY

3dty

解像度: 1.75→37.663 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 1.843 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1933	2274	4.857 %
R_work	0.1789	44543	-
all	0.18	-	-
obs	-	46817	99.541 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.538 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.523 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.692 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→37.663 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3027	0	44	273	3344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.337	1.64	4272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.383	1.572	6546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.026	5	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.432	20.538	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.502	15	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.127	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	731
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	635
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	2729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	189
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.244	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.085	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.82	1.534	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.82	1.534	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.338	2.297	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.337	2.298	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.366	1.723	1591
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.366	1.723	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.119	2.523	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.118	2.523	2331
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.103	18.385	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.03	18.138	3519

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.748-1.794	0.221	164	0.207	3157	X-RAY DIFFRACTION	97.1337
1.794-1.843	0.229	163	0.201	3186	X-RAY DIFFRACTION	99.9403
1.843-1.896	0.22	136	0.224	3130	X-RAY DIFFRACTION	99.7252
1.896-1.954	0.227	156	0.206	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
1.954-2.019	0.24	158	0.185	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.089	0.191	156	0.175	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.089-2.168	0.186	137	0.17	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.9652
2.168-2.257	0.226	125	0.191	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.9273
2.257-2.357	0.219	135	0.176	2546	X-RAY DIFFRACTION	99.7025
2.357-2.472	0.193	131	0.169	2413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.472-2.605	0.188	108	0.164	2305	X-RAY DIFFRACTION	99.9586
2.605-2.763	0.191	114	0.167	2170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.763-2.954	0.193	119	0.169	2038	X-RAY DIFFRACTION	99.8611
2.954-3.19	0.163	99	0.184	1962	X-RAY DIFFRACTION	99.8547
3.19-3.494	0.219	94	0.18	1739	X-RAY DIFFRACTION	99.9455
3.494-3.906	0.17	68	0.171	1643	X-RAY DIFFRACTION	99.7086
3.906-4.509	0.139	78	0.146	1437	X-RAY DIFFRACTION	99.7367
4.509-5.519	0.157	62	0.177	1220	X-RAY DIFFRACTION	99.5342
5.519-7.79	0.229	44	0.186	976	X-RAY DIFFRACTION	99.5122
7.79-37.663	0.179	27	0.21	526	X-RAY DIFFRACTION	90.6557

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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