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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dty | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an Oxidoreductase from Pseudomonas syringae | ||||||
要素 | Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family酸化還元酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / GFO/IDH/MOCA / MgCl2 / tetramer (四量体) / psi-2 / 11131 / NYSGXRC / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas syringae pv. tomato (シュードモナス・シリンガエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å | ||||||
データ登録者 | Eswaramoorthy, S. / Mahmood, A. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of an Oxidoreductase from Pseudomonas syringae 著者: Eswaramoorthy, S. / Mahmood, A. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dty.cif.gz | 304.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dty.ent.gz | 257.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dty.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/3dty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/3dty | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44767.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (シュードモナス・シリンガエ) 遺伝子: PSPTO3019, PSPTO_3019 / プラスミド: BC-pSGX3 (BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) CODON+RIL / 参照: UniProt: Q880Y1 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, HEPES, MgCl2 and KCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9788 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月29日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9788 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→50 Å / Num. all: 104600 / Num. obs: 104600 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 7.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Num. unique all: 10006 / % possible all: 94.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.04→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.04→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.04→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
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