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- PDB-7d4i: Cryo-EM structure of 90S small ribosomal precursors complex with ... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d4i

タイトル

Cryo-EM structure of 90S small ribosomal precursors complex with the DEAH-box RNA helicase Dhr1 (State F)

要素

(40S ribosomal protein ...) x 18
(Exosome complex component ...) x 9
(Exosome complex exonuclease ...) x 2
(Nucleolar complex protein ...) x 2
(Nucleolar protein ...) x 2
(Ribosomal RNA-processing protein ...) x 2
(U3 small nucleolar RNA-associated protein ...) x 17
(U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ...) x 2
(Unassigned peptides ...) x 2
(rRNA-processing protein ...) x 2
13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
18S rRNA
5' ETS
ATP-dependent RNA helicase DOB1
Bud site selection protein 21
Essential nuclear protein 1
Exosome complex protein LRP1
M-phase phosphoprotein 6 homolog
NET1-associated nuclear protein 1
Periodic tryptophan protein 2
Pno1
Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1
Protein SOF1
RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
Regulator of rDNA transcription protein 14
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
Ribosome biogenesis protein BMS1
Something about silencing protein 10
U3 snoRNA
rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
rRNA biogenesis protein RRP5

キーワード

RIBOSOME / ribosome assembly / 90S to pre-40S transition / cryo-EM / Dhr1 / Utp24

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing ...nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / box H/ACA snoRNA binding / regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / U1 snRNA 3'-end processing / Noc4p-Nop14p complex / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / RNA fragment catabolic process / rRNA 2'-O-methylation / U5 snRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / cytoplasmic exosome (RNase complex) / exosome (RNase complex) / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / CURI complex / UTP-C complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear microtubule / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / t-UTP complex / nuclear exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / Mpp10 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / regulation of rRNA processing / histone H2AQ104 methyltransferase activity / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D sno(s)RNA binding / snRNA binding / tRNA re-export from nucleus / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / septum digestion after cytokinesis / regulation of transcription by RNA polymerase I / 3'-5' RNA helicase activity / histone mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rDNA heterochromatin / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA catabolic process / rRNA methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / positive regulation of rRNA processing / single-stranded telomeric DNA binding / U4/U6 snRNP / tRNA export from nucleus / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 90S preribosome assembly / poly(A) binding / rRNA base methylation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / rRNA primary transcript binding / SUMOylation of RNA binding proteins / O-methyltransferase activity / protein localization to nucleolus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / U4 snRNA binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / box C/D methylation guide snoRNP complex / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / RNA catabolic process / rRNA methylation / poly(U) RNA binding / U4 snRNP / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nonfunctional rRNA decay / regulation of telomere maintenance / U3 snoRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / poly(A)+ mRNA export from nucleus / preribosome, small subunit precursor / establishment of cell polarity / snoRNA binding / precatalytic spliceosome / rRNA metabolic process / maturation of 5.8S rRNA / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spliceosomal complex assembly
類似検索 - 分子機能

Exosome-associated factor Rrp47/DNA strand repair C1D / M-phase phosphoprotein 6 / M-phase phosphoprotein 6 / Regulator of rDNA transcription 14 / : / Regular of rDNA transcription protein 14 / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain ...Exosome-associated factor Rrp47/DNA strand repair C1D / M-phase phosphoprotein 6 / M-phase phosphoprotein 6 / Regulator of rDNA transcription 14 / : / Regular of rDNA transcription protein 14 / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / : / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / PMC2NT (NUC016) domain / RRP4, S1 domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / PIN domain / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / Rrp44-like cold shock domain / Utp8, N-terminal beta propeller / Rrp44-like cold shock domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / rRNA biogenesis protein Rrp5 / : / : / KH domain / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 snoRNA associated / Nucleolar complex protein 4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, C-terminal / : / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 snoRNA associated / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, C-terminal / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / Nucleolar protein 14 / Nop14-like family / Ribonuclease II/R / : / RNB domain / RNB / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / NOL6/Upt22 / Small-subunit processome, Utp11 / Sof1-like protein / BING4, C-terminal domain / Fcf2 pre-rRNA processing, C-terminal / Nrap protein domain 1 / Nrap protein, domain 2 / Nrap protein, domain 3 / Nrap protein, domain 4 / Nrap protein, domain 5 / Nrap protein, domain 6 / Fcf2/DNTTIP2 / WD repeat-containing protein WDR46/Utp7 / : / : / : / Nrap protein domain 1 / Utp11 protein / Sof1-like domain / BING4CT (NUC141) domain / Fcf2 pre-rRNA processing / Nrap protein PAP/OAS-like domain / Nrap protein domain 3 / Nrap protein nucleotidyltransferase domain 4 / Nrap protein PAP/OAS1-like domain 5 / Nrap protein domain 6 / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / BING4CT (NUC141) domain / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Ribosomal RNA-processing protein 7, C-terminal domain / Ribosomal RNA-processing protein 7 / Rrp7, RRM-like N-terminal domain / Fcf1 / Ribosomal RNA-processing protein 7 (RRP7) C-terminal domain / Rrp7 RRM-like N-terminal domain / Small-subunit processome, Utp14 / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like
類似検索 - ドメイン・相同性

ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Exosome complex component RRP43 / Ribosomal RNA-processing protein 7 / Periodic tryptophan protein 2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Small ribosomal subunit protein eS1A / Protein SOF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 / Small ribosomal subunit protein eS27A / Essential nuclear protein 1 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex protein LRP1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / Regulator of rDNA transcription protein 14 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Exosome complex component SKI6 / ATP-dependent RNA helicase DOB1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / Exosome complex component MTR3 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / Exosome complex component RRP46 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / M-phase phosphoprotein 6 homolog / Exosome complex component CSL4 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / NET1-associated nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / rRNA biogenesis protein RRP5 / rRNA-processing protein FCF1 / Exosome complex component RRP45 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / Nucleolar complex protein 4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / Exosome complex exonuclease DIS3 / Exosome complex component RRP40 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 16 / Ribosome biogenesis protein BMS1 / rRNA-processing protein FCF2 / Something about silencing protein 10 / Exosome complex exonuclease RRP6 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / Exosome complex component RRP42 / Nucleolar protein 56 / Nucleolar protein 58 / Small ribosomal subunit protein eS28A / Small ribosomal subunit protein uS8B / Nucleolar complex protein 14
類似検索 - 構成要素

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å

データ登録者

Du, Y. / Zhang, J. / An, W. / Ye, K.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of 90S small ribosomal precursors complex with Dhr1
著者: Ye, K.

履歴

登録	2020年9月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-30574 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-30574 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d4i.cif.gz	5.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d4i.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d4i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/7d4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/7d4i	HTTPS FTP

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関連構造データ

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-
集合体

登録構造単位

3A: U3 snoRNA

5A: 5' ETS

SA: 18S rRNA

SC: 40S ribosomal protein S1-A

SF: 40S ribosomal protein S4-A

SG: 40S ribosomal protein S5

SH: 40S ribosomal protein S6-A

SI: 40S ribosomal protein S7-A

SJ: 40S ribosomal protein S8-A

SK: 40S ribosomal protein S9-A

SM: 40S ribosomal protein S11-A

SO: 40S ribosomal protein S13

SP: 40S ribosomal protein S14-A

SR: 40S ribosomal protein S16-A

ST: 40S ribosomal protein S18-A

SU: 40S ribosomal protein S19-A

SX: 40S ribosomal protein S22-B

SY: 40S ribosomal protein S23-A

SZ: 40S ribosomal protein S24-A

Sc: 40S ribosomal protein S27-A

Sd: 40S ribosomal protein S28-A

3B: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin

3C: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin

3D: Nucleolar protein 56

3E: Nucleolar protein 58

3F: Ribosomal RNA-processing protein 9

3G: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein

3H: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein

A4: U3 small nucleolar RNA-associated protein 4

A5: U3 small nucleolar RNA-associated protein 5

A8: U3 small nucleolar RNA-associated protein 8

A9: U3 small nucleolar RNA-associated protein 9

AE: U3 small nucleolar RNA-associated protein 10

AF: U3 small nucleolar RNA-associated protein 15

AG: NET1-associated nuclear protein 1

B1: Periodic tryptophan protein 2

B2: U3 small nucleolar RNA-associated protein 12

B3: U3 small nucleolar RNA-associated protein 13

B8: U3 small nucleolar RNA-associated protein 18

BE: U3 small nucleolar RNA-associated protein 21

B6: U3 small nucleolar RNA-associated protein 6

5B: Bud site selection protein 21

5C: U3 small nucleolar RNA-associated protein 7

5D: U3 small nucleolar RNA-associated protein 11

5E: U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10

5F: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3

5G: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4

5H: Something about silencing protein 10

5I: Protein SOF1

5J: rRNA-processing protein FCF2

5K: rRNA-processing protein FCF1

RD: rRNA biogenesis protein RRP5

RE: U3 small nucleolar RNA-associated protein 22

RF: Ribosomal RNA-processing protein 7

RG: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1

RH: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1

RJ: Ribosome biogenesis protein BMS1

RK: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein

RN: Nucleolar complex protein 14

RO: Nucleolar complex protein 4

RP: U3 small nucleolar RNA-associated protein 20

RQ: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14

RS: Essential nuclear protein 1

RT: Pno1

RW: Regulator of rDNA transcription protein 14

RZ: Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1

X1: Unassigned peptides 1

X2: Unassigned peptides 2

R5: Exosome complex component RRP45

R1: Exosome complex component SKI6

R3: Exosome complex component RRP43

R6: Exosome complex component RRP46

R2: Exosome complex component RRP42

M3: Exosome complex component MTR3

R0: Exosome complex component RRP40

r4: Exosome complex component RRP4

C4: Exosome complex component CSL4

R4: Exosome complex exonuclease DIS3

r6: Exosome complex exonuclease RRP6

R7: Exosome complex protein LRP1

M4: ATP-dependent RNA helicase DOB1

M6: M-phase phosphoprotein 6 homolog

ヘテロ分子

5.3 MDa, 82 ポリマー
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登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

-
要素

+
RNA鎖 , 3種, 3分子 3A5ASA

#1: RNA鎖	U3 snoRNA 分子量: 106487.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c
#2: RNA鎖	5' ETS 分子量: 225543.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c
#3: RNA鎖	18S rRNA 分子量: 583714.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c

+
40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 SCSFSGSHSISJSKSMSOSPSRSTSUSXSYSZScSd

#4: タンパク質	40S ribosomal protein S1-A / RP10A 分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33442
#5: タンパク質	40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / YS6 分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX35
#6: タンパク質	40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / YS8 分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26783
#7: タンパク質	40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / YS4 分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX37
#8: タンパク質	40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40 分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26786
#9: タンパク質	40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / YS9 分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX39
#10: タンパク質	40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / YP28 / YS11 分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O13516
#11: タンパク質	40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / YS12 分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX47
#12: タンパク質	40S ribosomal protein S13 / Rps13 / S27a / YS15 分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05756
#13: タンパク質	40S ribosomal protein S14-A / Rps14 / RP59A 分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P06367
#14: タンパク質	40S ribosomal protein S16-A / Rps16 / RP61R 分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX51
#15: タンパク質	40S ribosomal protein S18-A / Rps18 / Small ribosomal subunit protein uS13-A 分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX55
#16: タンパク質	40S ribosomal protein S19-A / RP55A / S16a / Small ribosomal subunit protein eS19-A / YP45 / YS16A 分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07280
#17: タンパク質	40S ribosomal protein S22-B / Rps22 / RP50 / S24 / Small ribosomal subunit protein uS8-B / YP58 / YS22 分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7Y3
#18: タンパク質	40S ribosomal protein S23-A / Rps23 / RP37 / S28 / YS14 分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX29
#19: タンパク質	40S ribosomal protein S24-A / Rps24 / RP50 分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX31
#20: タンパク質	40S ribosomal protein S27-A / Rps27 / RP61 / YS20 分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35997
#21: タンパク質	40S ribosomal protein S28-A / Rps28 / S33 / YS27 分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7X9

+
タンパク質 , 18種, 21分子 3B3C3G3HAGB15B5H5IRDRGRHRJRKRSRTRWRZR7M4M6

#22: タンパク質	rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Nop1 / Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 ...Nop1 / Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 snoRNA-associated protein NOP1 分子量: 34525.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P15646, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#26: タンパク質	13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Snu13 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein 1 分子量: 13582.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39990
#33: タンパク質	NET1-associated nuclear protein 1 / Utp17 / U three protein 17 / t-17 / U3 protein 17 required for transcription / U3 small nucleolar ...Utp17 / U three protein 17 / t-17 / U3 protein 17 required for transcription / U3 small nucleolar RNA-associated protein 17 / U3 snoRNA-associated protein 17 分子量: 101341.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02931
#34: タンパク質	Periodic tryptophan protein 2 / U three protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 1 / U3 snoRNA-associated protein 1 分子量: 101467.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25635
#40: タンパク質	Bud site selection protein 21 / Bud21 / U three protein 16 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 16 / U3 snoRNA-associated protein 16 分子量: 24431.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08492
#46: タンパク質	Something about silencing protein 10 / Sas10 / U three protein 3 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 3 / U3 snoRNA-associated protein 11 分子量: 70364.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12136
#47: タンパク質	Protein SOF1 / Sof1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein SOF1 / U3 snoRNA-associated protein SOF1 分子量: 56888.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33750
#50: タンパク質	rRNA biogenesis protein RRP5 / Ribosomal RNA-processing protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein RRP5 / U3 snoRNA- ...Ribosomal RNA-processing protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein RRP5 / U3 snoRNA-associated protein RRP5 分子量: 193411.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05022
#53: タンパク質	Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / Emg1 / 18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / ...Emg1 / 18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / Essential for mitotic growth protein 1 / Nucleolar essential protein 1 分子量: 27936.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: Q06287, rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1
#54: タンパク質	Ribosome biogenesis protein BMS1 / Bms1 分子量: 135792.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08965
#55: タンパク質	RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / Rcl1 分子量: 40220.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08096
#60: タンパク質	Essential nuclear protein 1 分子量: 54879.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38333
#61: タンパク質	Pno1 分子量: 36356.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c
#62: タンパク質	Regulator of rDNA transcription protein 14 / Rrt14 分子量: 23898.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40470
#63: タンパク質	Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1 / DEAH box RNA helicase DHR1 / Extracellular mutant protein 16 分子量: 145171.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04217, RNA helicase
#77: タンパク質	Exosome complex protein LRP1 / Like an rRNA processing protein 1 / Yeast C1D domain-containing protein / rRNA processing protein 47 分子量: 21086.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38801
#78: タンパク質	ATP-dependent RNA helicase DOB1 / mRNA transport regulator MTR4 分子量: 122228.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47047, RNA helicase
#79: タンパク質	M-phase phosphoprotein 6 homolog / Exosome-associated RNA-binding protein MPP6 分子量: 21185.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53725

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Nucleolar protein ... , 2種, 2分子 3D3E

#23: タンパク質	Nucleolar protein 56 / Nop56 / Ribosome biosynthesis protein SIK1 / Suppressor of I kappa b protein 1 分子量: 56961.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12460
#24: タンパク質	Nucleolar protein 58 / Nucleolar protein 5 分子量: 57060.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12499

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Ribosomal RNA-processing protein ... , 2種, 2分子 3FRF

#25: タンパク質	Ribosomal RNA-processing protein 9 / Rrp9 分子量: 65146.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06506
#52: タンパク質	Ribosomal RNA-processing protein 7 / Rrp7 分子量: 34526.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25368

+
U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 17種, 17分子 A4A5A8A9AEAFB2B3B8BEB65C5D5ERERPRQ

#27: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / Utp4 / U3 snoRNA-associated protein 4 / U three protein 4 / U3 protein 4 required for transcription / t-UTP4 分子量: 87909.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06679
#28: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / Utp5 / U3 snoRNA-associated protein 5 / U three protein 5 / U3 protein 5 required for transcription / t-UTP5 分子量: 72079.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04177
#29: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / Utp8 / U3 snoRNA-associated protein 8 / U three protein 8 / U3 protein 8 required for transcription / t-UTP8 分子量: 80269.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53276
#30: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / Utp9 / U3 snoRNA-associated protein 9 / U three protein 9 / U3 protein 9 required for transcription / t-UTP9 分子量: 65347.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38882
#31: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Utp10 / U3 snoRNA-associated protein 10 / U three protein 10 / U3 protein 10 required for ...Utp10 / U3 snoRNA-associated protein 10 / U three protein 10 / U3 protein 10 required for transcription / t-UTP10 分子量: 200298.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P42945
#32: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / Utp15 / U3 snoRNA-associated protein 15 / U three protein 15 / U3 protein 15 required for ...Utp15 / U3 snoRNA-associated protein 15 / U three protein 15 / U3 protein 15 required for transcription / t-UTP15 分子量: 57765.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04305
#35: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / Utp12 / U3 snoRNA-associated protein 12 / DOM34-interacting protein 2 / U three protein 12 分子量: 106481.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12220
#36: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / Utp13 / U3 snoRNA-associated protein 13 / U three protein 13 分子量: 91132.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05946
#37: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / Utp18 / U3 snoRNA-associated protein 18 / U three protein 18 分子量: 66494.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40362
#38: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / Utp21 / U3 snoRNA-associated protein 21 / U three protein 21 分子量: 104927.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06078
#39: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / Utp6 / U3 snoRNA-associated protein 6 / U three protein 6 分子量: 52495.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02354
#41: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / Utp7 / U3 snoRNA-associated protein 7 / U three protein 7 分子量: 62418.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40055
#42: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / Utp11 / U3 snoRNA-associated protein 11 / U three protein 11 分子量: 29806.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P34247
#43: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / Mpp10 / U3 snoRNA-associated protein MPP10 / M phase phosphoprotein 10 分子量: 67042.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47083
#51: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / Utp22 / U3 snoRNA-associated protein 22 / U three protein 22 分子量: 140660.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53254
#58: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 / U3 snoRNA-associated protein 20 / U three protein 20 分子量: 287915.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35194
#59: タンパク質	U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / Utp14 / U3 snoRNA-associated protein 14 / U three protein 14 分子量: 103189.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04500

+
U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ... , 2種, 2分子 5F5G

#44: タンパク質	U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Imp3 / U3 snoRNP protein IMP3 / Interacting with MPP10 protein 3 分子量: 21928.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32899
#45: タンパク質	U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / Imp4 / U3 snoRNP protein IMP4 / Interacting with MPP10 protein 4 分子量: 33536.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53941

+
RRNA-processing protein ... , 2種, 2分子 5J5K

#48: タンパク質	rRNA-processing protein FCF2 / FAF1 copurifying factor 2 分子量: 25689.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12035
#49: タンパク質	rRNA-processing protein FCF1 / Utp24 / FAF1-copurifying factor 1 分子量: 21649.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05498

+
Nucleolar complex protein ... , 2種, 2分子 RNRO

#56: タンパク質	Nucleolar complex protein 14 / Nop14 / U three protein 2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 2 / U3 snoRNA-associated protein 2 分子量: 94463.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99207
#57: タンパク質	Nucleolar complex protein 4 / Noc4 / U three protein 19 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 19 / U3 snoRNA-associated protein 19 分子量: 63707.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06512

+
Unassigned peptides ... , 2種, 2分子 X1X2

#64: タンパク質	Unassigned peptides 1 分子量: 52017.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c
#65: タンパク質	Unassigned peptides 2 分子量: 59080.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c

+
Exosome complex component ... , 9種, 9分子 R5R1R3R6R2M3R0r4C4

#66: タンパク質	Exosome complex component RRP45 / Ribosomal RNA-processing protein 45 分子量: 34001.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05636
#67: タンパク質	Exosome complex component SKI6 / Extracellular mutant protein 20 / Ribosomal RNA-processing protein 41 / Superkiller protein 6 分子量: 27599.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P46948
#68: タンパク質	Exosome complex component RRP43 / Ribosomal RNA-processing protein 43 分子量: 44060.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25359
#69: タンパク質	Exosome complex component RRP46 / Ribosomal RNA-processing protein 46 分子量: 24430.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53256
#70: タンパク質	Exosome complex component RRP42 / Ribosomal RNA-processing protein 42 分子量: 29085.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12277
#71: タンパク質	Exosome complex component MTR3 / mRNA transport regulator 3 分子量: 27603.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48240
#72: タンパク質	Exosome complex component RRP40 / Ribosomal RNA-processing protein 40 分子量: 26583.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08285
#73: タンパク質	Exosome complex component RRP4 / Ribosomal RNA-processing protein 4 分子量: 39470.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38792
#74: タンパク質	Exosome complex component CSL4 / CEP1 synthetic lethal protein 4 分子量: 31619.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53859

+
Exosome complex exonuclease ... , 2種, 2分子 R4r6

#75: タンパク質	Exosome complex exonuclease DIS3 / Chromosome disjunction protein 3 / Ribosomal RNA-processing protein 44 分子量: 113857.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: Q08162, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q08162, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#76: タンパク質	Exosome complex exonuclease RRP6 / Ribosomal RNA-processing protein 6 分子量: 84160.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: Q12149, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

#75: タンパク質

Exosome complex exonuclease DIS3 / Chromosome disjunction protein 3 / Ribosomal RNA-processing protein 44

分子量: 113857.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: Q08162, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; ...

#76: タンパク質

Exosome complex exonuclease RRP6 / Ribosomal RNA-processing protein 6

分子量: 84160.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: Q12149, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

+
非ポリマー , 4種, 5分子

#80: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#81: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#82: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#83: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験情報

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: 90S pre-ribosome (state F) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#79 / 由来: NATURAL

分子量

値: 5 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

緩衝液

pH: 7.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	100 mM	potassium acetate	CH₃COOK	1
2	20 mM	HEPES-K	HEPES-K	1

試料

濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 10 / 実像数: 18538
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	SerialEM		画像取得
4	CTFFIND	4.1.8	CTF補正
7	UCSF Chimera		モデルフィッティング
8	Coot		モデルフィッティング
10	PHENIX		モデル精密化
11	RELION		初期オイラー角割当
12	RELION	3	最終オイラー角割当
13	RELION	3	分類
14	RELION		３次元再構成
15	cryoSPARC		３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 913852

3次元再構成

解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 219545 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

PDB-ID: 6LQS

6lqs

Accession code: 6LQS / Source name: PDB / タイプ: experimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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+40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 SCSFSGSHSISJSKSMSOSPSRSTSUSXSYSZScSd

+タンパク質 , 18種, 21分子 3B3C3G3HAGB15B5H5IRDRGRHRJRKRSRTRWRZR7M4M6

+Nucleolar protein ... , 2種, 2分子 3D3E

+Ribosomal RNA-processing protein ... , 2種, 2分子 3FRF

+U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 17種, 17分子 A4A5A8A9AEAFB2B3B8BEB65C5D5ERERPRQ

+U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ... , 2種, 2分子 5F5G

+RRNA-processing protein ... , 2種, 2分子 5J5K

+Nucleolar complex protein ... , 2種, 2分子 RNRO

+Unassigned peptides ... , 2種, 2分子 X1X2

+Exosome complex component ... , 9種, 9分子 R5R1R3R6R2M3R0r4C4

+Exosome complex exonuclease ... , 2種, 2分子 R4r6

+非ポリマー , 4種, 5分子

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-実験情報

-実験

-試料調製

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