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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d3u | |||||||||
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タイトル | Structure of Mrp complex from Dietzia sp. DQ12-45-1b | |||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Sodium/proton antiporter | |||||||||
機能・相同性 | ![]() : / monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
![]() | Li, B. / Zhang, K.D. / Wu, X.L. / Zhang, X.C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the Mrp complex reveals molecular mechanism of this giant bacterial sodium proton pump. 著者: Bin Li / Kaiduan Zhang / Yong Nie / Xianping Wang / Yan Zhao / Xuejun C Zhang / Xiao-Lei Wu / ![]() 要旨: Multiple resistance and pH adaptation (Mrp) complexes are sophisticated cation/proton exchangers found in a vast variety of alkaliphilic and/or halophilic microorganisms, and are critical for their ...Multiple resistance and pH adaptation (Mrp) complexes are sophisticated cation/proton exchangers found in a vast variety of alkaliphilic and/or halophilic microorganisms, and are critical for their survival in highly challenging environments. This family of antiporters is likely to represent the ancestor of cation pumps found in many redox-driven transporter complexes, including the complex I of the respiratory chain. Here, we present the three-dimensional structure of the Mrp complex from a sp. strain solved at 3.0-Å resolution using the single-particle cryoelectron microscopy method. Our structure-based mutagenesis and functional analyses suggest that the substrate translocation pathways for the driving substance protons and the substrate sodium ions are separated in two modules and that symmetry-restrained conformational change underlies the functional cycle of the transporter. Our findings shed light on mechanisms of redox-driven primary active transporters, and explain how driving substances of different electric charges may drive similar transport processes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 330 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 262.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 60.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 88.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Monovalent Na+/H+ antiporter subunit ... , 5種, 5分子 DACFG
#1: タンパク質 | 分子量: 59028.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: amnhD, GJR88_00771 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 100097.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: amnhA, GJR88_00777 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 14310.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: amnhC, GJR88_00774 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 8960.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: amnhF, GJR88_00768 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 12780.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: amnhG, GJR88_00766 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 29分子 E![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
#6: タンパク質 | 分子量: 13878.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: amnhE, GJR88_00770 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#7: 糖 | ChemComp-LMT / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Mrp complex of Dietzia sp. DQ12-45-1b / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 93505 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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