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- PDB-7d34: AtClpS1-peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d34
タイトルAtClpS1-peptide complex
要素ATP-dependent Clp protease adapter protein CLPS1, chloroplastic
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Arabidopsis thaliana / ClpS / N-degron pathway / complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / chloroplast stroma / protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / peptidase activity / ribosome
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein ClpS, core / ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / ALANINE / PHENYLALANINE / ATP-dependent Clp protease adapter protein CLPS1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.007 Å
データ登録者Heo, J. / Kim, L. / Kwon, D.H. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the N-degron specificity of ClpS1 from Arabidopsis thaliana.
著者: Kim, L. / Heo, J. / Kwon, D.H. / Shin, J.S. / Jang, S.H. / Park, Z.Y. / Song, H.K.
履歴
登録2020年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease adapter protein CLPS1, chloroplastic
B: ATP-dependent Clp protease adapter protein CLPS1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1055
ポリマ－17,7912
非ポリマー3143
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area8150 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)81.056, 38.005, 61.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent Clp protease adapter protein CLPS1, chloroplastic


分子量: 8895.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CPLS1, CLPT, At1g68660, F24J5.10, F24J5.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SX29
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#4: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6 (Hampton Research, HR2-731), 2 M NaCl (Hampton Research, HR2-637)

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 13209 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 48.8
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / Num. unique obs: 632 / Rpim(I) all: 0.168

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O2X

4o2x


解像度: 2.007→34.41 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2987 1292 9.97 %
Rwork0.2744 --
obs0.2769 12954 97.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.007→34.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1208 0 20 12 1240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0251689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.377759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0071-2.08750.37171340.31691196X-RAY DIFFRACTION93
2.0875-2.18250.35871370.33731270X-RAY DIFFRACTION97
2.1825-2.29750.37421350.32981209X-RAY DIFFRACTION94
2.2975-2.44140.34461420.31021292X-RAY DIFFRACTION99
2.4414-2.62980.34221430.30961302X-RAY DIFFRACTION99
2.6298-2.89440.3421470.311318X-RAY DIFFRACTION99
2.8944-3.31290.31721470.29491321X-RAY DIFFRACTION100
3.3129-4.17280.29031480.24281323X-RAY DIFFRACTION98
4.1728-34.410.22811590.22811431X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.5346 Å / Origin y: 4.0995 Å / Origin z: 14.6048 Å
111213212223313233
T0.2672 Å2-0.0143 Å2-0.0868 Å2-0.2581 Å20.0095 Å2--0.2271 Å2
L3.9617 °20.8158 °2-0.2327 °2-0.5582 °20.0385 °2--1.2202 °2
S0.0944 Å °-0.6675 Å °-0.1064 Å °0.1448 Å °-0.0807 Å °-0.0629 Å °0.0144 Å °-0.086 Å °-0.0099 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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