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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d2w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PHIT/PHISTa-like subfamily PF3D7_1372300 protein from plasmodium falciparum | ||||||
![]() | PRESAN domain-containing protein | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / four-helix bundle structure | ||||||
機能・相同性 | Exported protein, PHISTa/b/c, conserved domain, Plasmodium / Plasmodium RESA, N-terminal / Plasmodium RESA N-terminal / : / PRESAN domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gao, Y. / Yang, B.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of binding between Plasmodium falciparum PHIST and the parasite virulence factor PfEMP1 protein 著者: Yang, B.L. / Gao, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22455.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PF3D7_1372300 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A143ZZR8 #2: 化合物 | ChemComp-HG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.27 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 16% PEG 8000, 50mM KH2PO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月31日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0082 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 24930 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 32.35 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 45.45 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 20.5 % / Num. unique obs: 2472 / CC1/2: 0.972 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→40.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 8.04585106279 Å / Origin y: 38.8152267928 Å / Origin z: 38.4751052902 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |