PDB-7d2c: The Crystal Structure of human PARP14 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d2c

タイトル

The Crystal Structure of human PARP14 from Biortus.

要素

Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14

キーワード

TRANSFERASE / protein binding / enzyme binding / catalytic activity

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / Nicotinamide salvage / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Wang, F. / Miao, Q. / Lv, Z. / Cheng, W. / Lin, D. / Xu, X. / Tan, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of human PARP14 from Biortus.
著者: Wang, F. / Miao, Q. / Lv, Z. / Cheng, W. / Lin, D. / Xu, X. / Tan, J.

履歴

登録	2020年9月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d2c.cif.gz	53.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d2c.ent.gz	34.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d2c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d2c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5qi5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4geq-2 5qhz-d 4rs2-2 2dbt-1 2gwo-2 4abl-d 4jpj-4 3sud-4 7bwx-3 5qhu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14

ヘテロ分子

21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.761, 41.281, 109.683
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 8 / ARTD8 / B aggressive lymphoma protein 2 / Poly ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 8 / ARTD8 / B aggressive lymphoma protein 2 / Poly [ADP-ribose] polymerase 14 / PARP-14 分子量: 21576.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP14, BAL2, KIAA1268 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q460N5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Tris pH8.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97936 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→28.766 Å / Num. obs: 22373 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 1.56→1.59 Å / R_merge(I) obs: 0.137 / Num. unique obs: 1006

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5qi5

5qi5

解像度: 1.56→28.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 1.223 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1969	1083	4.85 %
R_work	0.1752	21249	-
all	0.176	-	-
obs	-	22332	98.718 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.332 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.446 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.649 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.202 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→28.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1367	0	14	108	1489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.235	1.627	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.369	1.582	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.043	5	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.685	25.238	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.02	15	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.489	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	254
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	679
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	612
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.171	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.663	1.192	719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.656	1.191	718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.12	1.787	897
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.12	1.788	898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.165	1.406	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.164	1.408	676
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.82	2.029	975
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.819	2.031	976
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.086	14.891	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.022	14.769	1494

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.601	0.185	78	0.174	1430	X-RAY DIFFRACTION	91.616
1.601-1.644	0.238	67	0.176	1490	X-RAY DIFFRACTION	97.0698
1.644-1.692	0.185	77	0.174	1454	X-RAY DIFFRACTION	98.52
1.692-1.744	0.233	60	0.183	1419	X-RAY DIFFRACTION	98.7316
1.744-1.801	0.201	60	0.176	1406	X-RAY DIFFRACTION	99.1881
1.801-1.864	0.22	57	0.174	1357	X-RAY DIFFRACTION	99.3675
1.864-1.935	0.179	58	0.168	1314	X-RAY DIFFRACTION	99.4924
1.935-2.013	0.18	75	0.17	1242	X-RAY DIFFRACTION	99.5465
2.013-2.103	0.164	69	0.171	1207	X-RAY DIFFRACTION	99.7654
2.103-2.205	0.218	55	0.161	1155	X-RAY DIFFRACTION	99.5066
2.205-2.324	0.195	71	0.155	1095	X-RAY DIFFRACTION	99.8288
2.324-2.465	0.155	58	0.165	1046	X-RAY DIFFRACTION	99.9095
2.465-2.635	0.184	47	0.172	997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.635-2.846	0.182	49	0.169	928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.846-3.116	0.204	50	0.19	860	X-RAY DIFFRACTION	99.6714
3.116-3.483	0.183	42	0.163	785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.483-4.019	0.211	42	0.173	682	X-RAY DIFFRACTION	99.3141
4.019-4.915	0.243	30	0.17	605	X-RAY DIFFRACTION	99.5298
4.915-6.924	0.245	21	0.25	490	X-RAY DIFFRACTION	99.8047
6.924-28.75	0.18	17	0.213	287	X-RAY DIFFRACTION	98.3819

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)