PDB-7d1i: Crystal structure of acinetobacter baumannii MurG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d1i

タイトル

Crystal structure of acinetobacter baumannii MurG

要素

UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase

キーワード

TRANSFERASE / undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase Acinetobacter baumannii

機能・相同性

機能・相同性情報

undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase / undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / UDP-N-acetyl-D-glucosamine:N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine-diphosphoundecaprenol 4-beta-N-acetylglucosaminlytransferase activity / lipid glycosylation / cell cycle / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell division / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.487 Å

データ登録者

Park, H.H. / Jeong, k.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Putative hexameric glycosyltransferase functional unit revealed by the crystal structure of Acinetobacter baumannii MurG
著者: Jung, K.H. / Kwon, S. / Kim, C.M. / Lee, J.H. / Park, H.H.

履歴

登録	2020年9月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d1i.cif.gz	200 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d1i.ent.gz	160.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d1i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/7d1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/7d1i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1f0kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vld-d 4uzf-1 3zug-1 5fnz-1 5vlc-d 5vlb-d 5fo1-1 4uze-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase

B: UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase

C: UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase

118 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase

B: UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase

C: UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase

A: UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase

B: UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase

C: UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
237 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.909, 182.909, 156.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase / Undecaprenyl-PP-MurNAc-pentapeptide-UDPGlcNAc GlcNAc transferase 分子量: 39476.723 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: murG, BGC29_11725 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1E3MA13, undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase

#1: タンパク質

UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase / Undecaprenyl-PP-MurNAc-pentapeptide-UDPGlcNAc GlcNAc transferase

分子量: 39476.723 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: murG, BGC29_11725 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1E3MA13, undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Tris pH8.8, 2.6M Sodium chloride 0.15M Ca(OAc)2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 104.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.487→48.264 Å / Num. obs: 31262 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 8.2 % / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 9.45
反射シェル	解像度: 3.487→3.57 Å / Num. unique obs: 1765 / R_sym value: 0.489

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F0K

1f0k

解像度: 3.487→48.259 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.865 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.832 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.555 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2976	1511	4.843 %
R_work	0.2606	29690	-
all	0.262	-	-
obs	-	31201	90.611 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.562 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.487→48.259 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7702	0	0	0	7702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	7838
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	7578
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.05	1.638	10645
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.36	1.566	17580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.661	5	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.848	23.768	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.433	15	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.481	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.278	0.2	7917
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	3861
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.096	0.2	4281
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.151	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.243	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.288	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.374	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.207	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.529	6.723	4080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.528	6.723	4079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.928	10.071	5086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.927	10.071	5087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.164	6.919	3758
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.164	6.919	3759
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.688	10.285	5559
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.687	10.284	5560
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.907	81.812	8640
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.908	81.814	8641

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.487-3.577	0.346	110	0.338	1823	0.339	2474	0.757	0.763	78.1326	0.332
3.577-3.675	0.331	92	0.311	1856	0.312	2424	0.822	0.81	80.363	0.298
3.675-3.781	0.324	94	0.303	1888	0.305	2378	0.819	0.817	83.3474	0.283
3.781-3.896	0.314	96	0.284	1873	0.286	2301	0.863	0.866	85.5715	0.267
3.896-4.023	0.279	97	0.285	1840	0.285	2238	0.903	0.884	86.5505	0.263
4.023-4.163	0.274	93	0.251	1816	0.252	2162	0.89	0.899	88.2979	0.231
4.163-4.319	0.314	82	0.244	1759	0.247	2085	0.878	0.902	88.2974	0.215
4.319-4.494	0.229	81	0.219	1690	0.219	1992	0.929	0.93	88.9056	0.195
4.494-4.692	0.262	78	0.212	1680	0.214	1936	0.909	0.935	90.8058	0.187
4.692-4.919	0.255	84	0.234	1663	0.235	1875	0.924	0.926	93.1733	0.21
4.919-5.182	0.328	99	0.253	1591	0.258	1762	0.889	0.909	95.9137	0.229
5.182-5.492	0.397	78	0.273	1576	0.278	1692	0.864	0.898	97.7541	0.247
5.492-5.866	0.297	69	0.281	1502	0.281	1585	0.882	0.892	99.1167	0.254
5.866-6.328	0.316	69	0.29	1414	0.291	1488	0.883	0.875	99.664	0.256
6.328-6.92	0.341	69	0.264	1297	0.267	1368	0.875	0.908	99.8538	0.233
6.92-7.717	0.258	47	0.243	1216	0.244	1263	0.896	0.924	100	0.222
7.717-8.874	0.256	54	0.225	1077	0.227	1132	0.93	0.94	99.9117	0.217
8.874-10.777	0.235	50	0.195	917	0.197	968	0.95	0.96	99.8967	0.197
10.777-14.875	0.243	37	0.252	740	0.251	778	0.946	0.927	99.8715	0.257
14.875-48.264	0.482	32	0.424	472	0.428	510	0.81	0.811	98.8235	0.396

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