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万見
- PDB-7d11: Solution structure of a WKRY DNA-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d11
タイトルSolution structure of a WKRY DNA-binding domain
要素WRKY transcription factor 1
キーワードTRANSCRIPTION / transcroption factor
機能・相同性
機能・相同性情報


salicylic acid mediated signaling pathway / response to salicylic acid / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
WRKY transcription factor, plant / WRKY domain / WRKY domain superfamily / WRKY DNA -binding domain / WRKY domain profile. / DNA binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
WRKY transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Li, Q.W. / Hu, Y.F. / Jin, C.W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2016YFA0501201 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a WKRY DNA-binding domain
著者: Li, Q.W. / Hu, Y.F. / Jin, C.W.
履歴
登録2020年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WRKY transcription factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6572
ポリマ－9,5921
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 WRKY transcription factor 1 / Transcription factor ZAP1 / WRKY DNA-binding protein 1 / Zinc-dependent activator protein 1


分子量: 9591.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: WRKY1, ZAP1, At2g04880, F1O13.1, F28I8.34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SI37
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-15N HSQC
132isotropic12D 1H-13C HSQC
142isotropic22D 1H-13C HSQC
152isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
162isotropic13D HNCA
172isotropic13D HN(CO)CA
182isotropic13D HN(CA)CB
192isotropic13D CBCA(CO)NH
1102isotropic13D HBHA(CO)NH
1112isotropic13D HNCO
1122isotropic13D C(CO)NH
1132isotropic13D H(CCO)NH
1142isotropic13D (H)CCH-COSY
1152isotropic13D CCH-TOCSY
1161isotropic23D 1H-15N NOESY
1172isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1182isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.8 mM [U-95% 15N] WRKY1-N, 5 % v/v [U-99% 2H] D2O, 95 % v/v H2O, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 20 uM ZnCl2, 10 mM DTT, 2 % v/v protease inhibitor, 0.2 % v/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
solution21.8 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] WRKY1-N, 5 % v/v [U-99% 2H] D2O, 95 % v/v H2O, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 20 uM ZnCl2, 10 mM DTT, 5 % v/v DSS, 2 % v/v protease inhibitor, 0.2 % v/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O15N13C_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.8 mMWRKY1-N[U-95% 15N]1
5 % v/vD2O[U-99% 2H]1
95 % v/vH2Onatural abundance1
25 mMHEPESnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
20 uMZnCl2natural abundance1
10 mMDTTnatural abundance1
2 % v/vprotease inhibitornatural abundance1
0.2 % v/vsodium azidenatural abundance1
1.8 mMWRKY1-N[U-95% 13C; U-95% 15N]2
5 % v/vD2O[U-99% 2H]2
95 % v/vH2Onatural abundance2
25 mMHEPESnatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
20 uMZnCl2natural abundance2
10 mMDTTnatural abundance2
5 % v/vDSSnatural abundance2
2 % v/vprotease inhibitornatural abundance2
0.2 % v/vsodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 125 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
DYANAGuntert, Braun and Wuthrichstructure calculation
SANEDuggan, Legge, Dyson & Wrightstructure calculation
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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