PDB-7d08: Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans1 conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d08

タイトル

Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans1 conformation

要素

ABC transporter ATP-binding protein
Anti-sigma factor antagonist
Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE
MCE family protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipid transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / phospholipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å

データ登録者

Zhang, Y.Y. / Fan, Q.X. / Chi, X.M. / Zhou, Q. / Li, Y.Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of Acinetobacter baumannii glycerophospholipid transporter.
著者: Yuanyuan Zhang / Qiongxuan Fan / Ximin Chi / Qiang Zhou / Yanyan Li /

履歴

登録	2020年9月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-30526 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d08.cif.gz	404.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d08.ent.gz	324.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7d08_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7d08_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7d08_validation.xml.gz	74.8 KB	表示
CIF形式データ	7d08_validation.cif.gz	109.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/7d08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/7d08	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	30526MC 30525C 30527C 30528C 7d06C 7d09C 7d0aC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7d09-d 7d06-d 7d0a-d 6ic4-d 6z5u-d 6voy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (3) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE

B: ABC transporter ATP-binding protein

C: Anti-sigma factor antagonist

D: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE

E: ABC transporter ATP-binding protein

F: Anti-sigma factor antagonist

G: MCE family protein

H: MCE family protein

I: MCE family protein

J: MCE family protein

K: MCE family protein

L: MCE family protein

ヘテロ分子

282 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

#1: タンパク質	Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE 分子量: 27322.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: V5V9F4
#2: タンパク質	ABC transporter ATP-binding protein / ATP-binding cassette domain-containing protein / Iron(III) ABC transporter / ATP-binding protein / ...ATP-binding cassette domain-containing protein / Iron(III) ABC transporter / ATP-binding protein / Phospholipid ABC transporter ATP-binding protein MlaF / Toluene tolerance efflux transporter (ABC superfamily / ATP-bind) 分子量: 30070.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A086HZU3
#3: タンパク質	Anti-sigma factor antagonist / Phospholipid transport system transporter-binding protein / STAS domain protein / STAS domain- ...Phospholipid transport system transporter-binding protein / STAS domain protein / STAS domain-containing protein / Toluene tolerance protein / Ttg2E 分子量: 11913.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: V5V9K5
#4: タンパク質	MCE family protein / Mammalian cell entry protein / Mce related family protein / Outer membrane lipid asymmetry ...Mammalian cell entry protein / Mce related family protein / Outer membrane lipid asymmetry maintenance protein MlaD / Phospholipid/cholesterol/gamma-HCH transport system substrate-binding protein / Putative phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / Toluene tolerance efflux transporter / Toluene tolerance efflux transporter 分子量: 23672.824 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: V5V921
#5: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Acinetobacter MlaFEDB complex in ATP-bound Vtrans1 conformation タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア	名称: RELION / バージョン: 3.0.6 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48606 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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