PDB-7cys: Crystal structure of barley agmatine coumaroyltransferase (HvACT)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cys

タイトル

Crystal structure of barley agmatine coumaroyltransferase (HvACT), an N-acyltransferase in BAHD superfamily

要素

Agmatine coumaroyltransferase-1

キーワード

TRANSFERASE / acyltransferase

機能・相同性

agmatine N4-coumaroyltransferase / agmatine N4-coumaroyltransferase activity / : / Transferase family / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Agmatine coumaroyltransferase-1

機能・相同性情報

生物種

Hordeum vulgare (オオムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Yamane, M. / Takenoya, M. / Sue, M. / Yajima, S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of barley agmatine coumaroyltransferase, an N-acyltransferase from the BAHD superfamily.
著者: Yamane, M. / Takenoya, M. / Yajima, S. / Sue, M.

履歴

登録	2020年9月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cys.cif.gz	107.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cys.ent.gz	76 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cys.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/7cys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/7cys	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dd2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ozu-d 4fwp-d 2rcl-2 5xa3-1 4e77-d 1fag-3 5zlh-1 5e9z-4 2j4s-2 2f96-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Agmatine coumaroyltransferase-1

51.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.632, 59.521, 73.627
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.285, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Agmatine coumaroyltransferase-1 分子量: 51628.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 遺伝子: ACT-1, ACT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9ZPJ6, agmatine N4-coumaroyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.08 M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.16 M magnesium acetate, 16% (w/v) polyethylene glycol 8,000, and 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 44594 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.81→1.85 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2201 / CC_1/2: 0.914 / CC star: 0.237 / % possible all: 82.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6dd2

6dd2

解像度: 1.81→46.326 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.544 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2033	2175	4.879 %
R_work	0.1906	42403	-
all	0.191	-	-
obs	-	44578	97.746 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.607 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.252 Å²	-0 Å²	0.11 Å²
2-	-	0.691 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.556 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→46.326 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3304	0	0	226	3530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	3395
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.661	4623
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.257	1.606	7274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.923	5	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.366	21.118	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.828	15	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.664	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	442
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3842
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	612
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.287	2.4	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.287	2.398	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.166	3.588	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.166	3.589	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.587	2.607	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.586	2.609	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.609	3.821	2466
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.609	3.823	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.953	28.152	3613
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.912	28.07	3588

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.857	0.239	124	0.243	2686	X-RAY DIFFRACTION	83.1607
1.857-1.908	0.234	201	0.221	2731	X-RAY DIFFRACTION	91.5964
1.908-1.963	0.223	160	0.21	2998	X-RAY DIFFRACTION	98.5335
1.963-2.023	0.204	146	0.19	2944	X-RAY DIFFRACTION	99.8384
2.023-2.09	0.213	132	0.191	2849	X-RAY DIFFRACTION	99.8326
2.09-2.163	0.233	134	0.184	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.9654
2.163-2.245	0.234	145	0.185	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.7514
2.245-2.336	0.197	124	0.183	2550	X-RAY DIFFRACTION	99.6646
2.336-2.44	0.197	140	0.185	2449	X-RAY DIFFRACTION	99.8072
2.44-2.559	0.209	135	0.181	2340	X-RAY DIFFRACTION	99.718
2.559-2.697	0.214	87	0.177	2268	X-RAY DIFFRACTION	99.8728
2.697-2.861	0.224	95	0.191	2110	X-RAY DIFFRACTION	99.6385
2.861-3.058	0.195	121	0.195	1978	X-RAY DIFFRACTION	99.3845
3.058-3.302	0.192	96	0.195	1842	X-RAY DIFFRACTION	99.3846
3.302-3.617	0.23	76	0.195	1707	X-RAY DIFFRACTION	98.7812
3.617-4.042	0.185	72	0.192	1542	X-RAY DIFFRACTION	99.3842
4.042-4.665	0.181	56	0.166	1392	X-RAY DIFFRACTION	99.3141
4.665-5.708	0.158	45	0.189	1179	X-RAY DIFFRACTION	99.4314
5.708-8.048	0.198	57	0.208	900	X-RAY DIFFRACTION	99.2739
8.048-46.326	0.171	29	0.201	521	X-RAY DIFFRACTION	97.8648

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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