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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cy9 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a biodegradable plastic-degrading cutinase from Paraphoma sp. B47-9 solved by getting the phase from anomalous scattering of uncovalently coordinated arsenic (cacodylate). | |||||||||
![]() | Cutinase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Serine hydrolase / Cutinase / Biodegradable plastic-degrading enzyme / cacodylate | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Suzuki, K. / Koitabashi, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a biodegradable plastic-degrading cutinase from Paraphoma sp. B47-9 solved by getting the phase from anomalous scattering of uncovalently coordinated arsenic (cacodylate). 著者: Suzuki, K. / Koitabashi, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19952.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.865 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Sodium acetate, 0.1M Sodium cacodylate, 1mM Calcium chloride, 30% w/v Polyethylene glycol 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.36→36.69 Å / Num. obs: 55832 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 218677 / Scaling rejects: 93 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.81 Å2 / Biso mean: 9.15 Å2 / Biso min: 4.58 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.36→36.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.36→1.395 Å / Rfactor Rfree error: 0
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