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- PDB-7cxb: Structure of mouse Galectin-3 CRD in complex with TD-139 belongin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cxb
タイトルStructure of mouse Galectin-3 CRD in complex with TD-139 belonging to P6522 space group.
要素Galectin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / beta-galactose binding protein / CARBOHYDRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immunological synapse formation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / cornified envelope / negative regulation of endocytosis / IgE binding / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / glial cell projection / immunological synapse / Neutrophil degranulation / extracellular matrix organization ...negative regulation of immunological synapse formation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / cornified envelope / negative regulation of endocytosis / IgE binding / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / glial cell projection / immunological synapse / Neutrophil degranulation / extracellular matrix organization / extracellular matrix / RNA splicing / skeletal system development / spliceosomal complex / mRNA processing / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / cell differentiation / external side of plasma membrane / innate immune response / cell surface / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TD2 / Galectin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Kumar, A.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanism of interspecies differences in the binding affinity of TD139 to Galectin-3.
著者: Kumar, A. / Paul, M. / Panda, M. / Jayaram, S. / Kalidindi, N. / Sale, H. / Vetrichelvan, M. / Gupta, A. / Mathur, A. / Beno, B. / Regueiro-Ren, A. / Cheng, D. / Ramarao, M. / Ghosh, K.
履歴
登録2020年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3233
ポリマ－18,6391
非ポリマー6842
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.880, 63.880, 136.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-475-

HOH

21A-486-

HOH

31A-532-

HOH

41A-540-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / IgE-binding protein / L-34 galactoside-binding lectin / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 18639.246 Da / 分子数: 1 / 断片: Carbohydrate Recognition Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lgals3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16110
#2: 化合物 ChemComp-TD2 / 3-deoxy-3-[4-(3-fluorophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-beta-D-galactopyranosyl 3-deoxy-3-[4-(3-fluorophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-thio-beta-D-galactopyranoside


分子量: 648.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30F2N6O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 24%-35% (PEG 4000/PEG 6000), 0.1M Tris (pH 7.5 to pH 8.5), 0.4M NaSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→55.32 Å / Num. obs: 29378 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 22.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 19.3 / Num. measured all: 591876 / Scaling rejects: 1
反射 シェル解像度: 1.46→1.5 Å / 冗長度: 21.2 % / Rmerge(I) obs: 1.599 / Num. measured all: 44742 / Num. unique obs: 2113 / CC1/2: 0.834 / Rpim(I) all: 0.353 / Rrim(I) all: 1.638 / Net I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CXA

7cxa


解像度: 1.46→51.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU R Cruickshank DPI: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.074 / SU Rfree Blow DPI: 0.076 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.071
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1425 4.86 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.196 29306 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 75.49 Å2 / Biso mean: 24.36 Å2 / Biso min: 12.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0245 Å20 Å20 Å2
2---2.0245 Å20 Å2
3---4.049 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→51.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1094 0 151 163 1408
Biso mean--18.21 36.12 -
残基数----138
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d538SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes462HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2417HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion169SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2558SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2417HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4365HARMONIC21.18
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.86
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.47 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 40 6.81 %
Rwork0.2331 547 -
all0.233 587 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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