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- PDB-7cvh: Human Fructose-1,6-bisphosphatase 1 in complex with geranylgerany... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cvh
タイトルHuman Fructose-1,6-bisphosphatase 1 in complex with geranylgeranyl diphosphate
要素Fructose-1,6-bisphosphatase 1
キーワードHYDROLASE / gluconeogenesis / cholesterol synthesis / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to raffinose / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / negative regulation of Ras protein signal transduction / Gluconeogenesis / monosaccharide binding ...cellular response to raffinose / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / negative regulation of Ras protein signal transduction / Gluconeogenesis / monosaccharide binding / fructose metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / negative regulation of glycolytic process / cellular hyperosmotic salinity response / regulation of gluconeogenesis / dephosphorylation / AMP binding / cellular response to cAMP / gluconeogenesis / response to nutrient levels / negative regulation of cell growth / cellular response to insulin stimulus / cellular response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE / Fructose-1,6-bisphosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Chen, Y. / Zhang, J. / Li, C. / Cao, Y.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFC1004704 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFC1004703 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670849 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1632132 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structural basis for GGPP activation on the enzymatic activities FBP1
著者: Chen, Y. / Zhang, J. / Li, C. / Cao, Y.
履歴
登録2020年8月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,94421
ポリマ－147,5504
非ポリマー3,39417
水18,9881054
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23500 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area42150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.392, 83.426, 277.355
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ACBD

#1: タンパク質
Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / FBPase 1 / D-fructose-1 / 6-bisphosphate 1-phosphohydrolase 1 / Liver FBPase


分子量: 36887.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, FBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09467, fructose-bisphosphatase
#2: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1067分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-GRG / GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE / ゲラニルゲラニルピロりん酸


分子量: 450.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H36O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1054 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 28% (v/v) polyethylene glycol 600, 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 89144 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.366 / Rpim(I) all: 0.187 / Rrim(I) all: 0.413 / Χ2: 0.942 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.142.51.01942570.3520.6921.240.87493.5
2.14-2.182.51.02142890.3540.691.240.88192.9
2.18-2.222.81.04642280.3890.6581.2440.88593.3
2.22-2.263.11.08743530.4210.6341.2650.89193.6
2.26-2.313.31.09443590.5070.6121.260.92895.9
2.31-2.373.61.06243970.5850.5651.210.89895.5
2.37-2.423.81.06344230.5990.5491.2020.90896.2
2.42-2.493.91.12944590.6360.561.2660.89896.7
2.49-2.5641.07544970.6850.5231.2010.89697.3
2.56-2.654.10.96844240.6990.4711.0810.90596.5
2.65-2.743.90.7944690.7260.3990.8890.89396.3
2.74-2.853.90.63444190.8340.3210.7150.92495.8
2.85-2.984.20.53944790.8810.260.6020.94696.4
2.98-3.144.30.43545250.930.2030.4820.94897.5
3.14-3.334.20.31645610.9620.1490.3511.00897.9
3.33-3.594.20.22445300.9720.1070.2491.05796.8
3.59-3.953.90.16445370.980.0830.1851.07396.9
3.95-4.523.90.1245660.9730.0610.1350.99596.4
4.52-5.74.20.10146050.9920.0480.1130.97596.4
5.7-503.80.07847670.9970.040.0880.91395

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VT5

2vt5


解像度: 2.09→41.25 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 2000 2.25 %
Rwork0.178 86983 -
obs0.1789 88983 95.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.4 Å2 / Biso mean: 20.2401 Å2 / Biso min: 5.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→41.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9779 0 238 1054 11071
Biso mean--19.27 29.57 -
残基数----1278
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.09-2.150.28231320.21715749588189
2.15-2.20.27721380.20535988612693
2.2-2.270.2671380.2016012615094
2.27-2.340.21761410.18726128626995
2.34-2.430.24351430.18316183632696
2.43-2.520.20941430.18976253639697
2.52-2.640.25261440.19676245638997
2.64-2.780.22651430.19316247639097
2.78-2.950.20631430.18436192633596
2.95-3.180.24841450.18326346649198
3.18-3.50.19871460.17356355650198
3.5-40.21131460.15666348649497
4-5.040.16731470.14276399654697
5.04-41.250.20541510.17926538668995
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00030-0.00010.00030.00010.00010.0010.00060.00210.00050.0012-0.00260.00030.002200.0573-0.01630.01260.06460.00470.082226.9701-9.5681-46.7012
20.0006-0.00020.00060.0002-0.00030.0001-0.0073-0.00450.01340.003-0.0109-0.00480.0008-0.008100.01180.0092-0.01330.00610.00530.023411.1897-22.2123-32.799
30.0015-0.0015-0.00130.00120.0003-0.00010.0022-0.0103-0.00190.00340.0060.0087-0.00610.004-00.03410.01680.00480.0005-0.00860.06696.053-7.4684-35.3037
40.002-0.0017-0.00040.00070.00060.0017-0.0141-0.00450.00150.0026-0.00790.002-0.0017-0.0057-00.02610.00730.004-0.0119-0.00130.04593.4569-9.9232-43.3375
50.0024-0.0010.00060.0018-0.00450.00360.02230.00430.0132-0.01630.0128-0.0151-0.0082-0.0006-00.017-0.0019-0.01190.03350.01910.02717.1392-21.3042-55.5408
60.00010.000200.0005-0.00010.00070.0044-0.0012-0.0003-0.0015-0.0014-0.0006-0.00090.0012-00.01350.0047-0.01130.0012-0.01680.0012-1.2107-30.9688-66.2366
7-0.0001-0.0002-00.00010.00010.0003-0.0017-0.0023-0.00170.0029-0.0072-0.00110.0032-0.007500.01320.0126-0.0140.0130.00680.021-1.8511-20.9915-56.0914
8-0.00060.00210.00050.0009-0.00120.00010.00430.00480.0043-0.00750.0008-0.00040.0022-0.002700.02730.0085-0.00930.00910.0435-0.0016-0.8544-12.1858-59.0641
90.0031-0.00150.00020.00570.00360.00040.0074-0.0118-0.00850.00220.0092-0.00550.02530.003800.0693-0.0015-0.0164-0.0848-0.0430.0214.7357-51.47-42.5091
10-0.00050.0019-0.00060.00220.0002-0.00070.00760.01010.001-0.00260.03520.02890.0359-0.0318-0-0.0753-0.1433-0.0912-0.0951-0.0737-0.0252-4.6003-44.9696-49.8011
110.0002-0.0001-0.00050.0004-0-0.0001-0.00030.00030.0023-00.00150.0001-0.0013-0.002600.0640.00860.00240.056-0.01660.102425.7823-5.2691-32.8229
120.00180.0001-0.00030.00020.0002-0.0011-0.00060.00420.0010.001-0.0017-0.002-0.00240.006400.0336-0.0025-0.00960.0401-0.01520.047431.9483-28.6726-36.1767
130.00110.0005-0.00110.00060.00050.00010.00260.0032-0.0011-0.00280.0012-0.00210.00190.0091-00.0223-0.01450.00610.0507-0.00940.060743.6751-19.0236-40.6745
140.00050-0.00110.00180.00150.00040.00510.00240.0155-0.0165-0.0046-0.010700.0116-00.0149-0.0171-0.0130.0466-0.02560.047642.2773-16.7244-29.6734
150.0008-0.0001-0.001-0.00030.00060.00160.0172-0.01060.00860.0104-0.0040.0143-0.0110.016-0-0.0187-0.0282-0.03280.0766-0.0568-0.003940.33-20.6214-10.4869
160.00090.00140.0003-0.0011-0.00020.001-0.0056-0.01540.003-0.005-0.0218-0.01320.00350.01230-0.0284-0.0729-0.04920.0948-0.0803-0.001549.118-16.2912-16.4795
17-0.0001-0.0005-0.00120.0015-0.00290.00210.0137-0.0211-0.0003-0.0056-0.00670.00740.0231-0.013300.0718-0.0052-0.0050.0544-0.00020.031815.2869-42.7307-16.3734
180.00160.00150.00410.0016-0.00760.0034-0.0066-0.035-0.01970.0096-0.00780.00550.03050.0194-00.03040.07-0.03770.04830.03430.016633.7437-43.1751-10.8901
190.0013-0.00120.00150.0009-0.0020.00070.0162-0.0099-0.0008-0.0001-0.011-0.0080.010.01100.08890.0975-0.05240.10.04550.02736.5699-45.5222-2.782
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 29 )A10 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 73 )A30 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 119 )A74 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 120 through 156 )A120 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 157 through 232 )A157 - 232
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 233 through 248 )A233 - 248
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 249 through 275 )A249 - 275
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 276 through 336 )A276 - 336
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 10 through 156 )C10 - 156
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 157 through 336 )C157 - 336
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 10 through 29 )B10 - 29
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 30 through 73 )B30 - 73
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 74 through 119 )B74 - 119
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 120 through 180 )B120 - 180
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 181 through 248 )B181 - 248
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 249 through 336 )B249 - 336
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 10 through 119 )D10 - 119
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 120 through 248 )D120 - 248
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 249 through 336 )D249 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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