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- PDB-7cu3: Structure of mammalian NALCN-FAM155A complex at 2.65 angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cu3
タイトルStructure of mammalian NALCN-FAM155A complex at 2.65 angstrom
要素
  • Sodium leak channel non-selective protein
  • Transmembrane protein FAM155A
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NALCN / Channel / FAM155 / NCA / NLF
機能・相同性
機能・相同性情報


Stimuli-sensing channels / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / leak channel activity / regulation of resting membrane potential / voltage-gated sodium channel activity / monoatomic ion channel complex / monoatomic cation channel activity / potassium ion transmembrane transport / sodium ion transmembrane transport / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic ...Stimuli-sensing channels / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / leak channel activity / regulation of resting membrane potential / voltage-gated sodium channel activity / monoatomic ion channel complex / monoatomic cation channel activity / potassium ion transmembrane transport / sodium ion transmembrane transport / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / calcium ion transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium leak channel NALCN / : / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6OU / CHOLESTEROL / Sodium leak channel NALCN / NALCN channel auxiliary factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Chen, L. / Kang, Y.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0502004 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31622021 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91857000 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31821091 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870833 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of voltage-modulated sodium-selective NALCN-FAM155A channel complex.
著者: Yunlu Kang / Jing-Xiang Wu / Lei Chen /
要旨: Resting membrane potential determines the excitability of the cell and is essential for the cellular electrical activities. The NALCN channel mediates sodium leak currents, which positively adjust ...Resting membrane potential determines the excitability of the cell and is essential for the cellular electrical activities. The NALCN channel mediates sodium leak currents, which positively adjust resting membrane potential towards depolarization. The NALCN channel is involved in several neurological processes and has been implicated in a spectrum of neurodevelopmental diseases. Here, we report the cryo-EM structure of rat NALCN and mouse FAM155A complex to 2.7 Å resolution. The structure reveals detailed interactions between NALCN and the extracellular cysteine-rich domain of FAM155A. We find that the non-canonical architecture of NALCN selectivity filter dictates its sodium selectivity and calcium block, and that the asymmetric arrangement of two functional voltage sensors confers the modulation by membrane potential. Moreover, mutations associated with human diseases map to the domain-domain interfaces or the pore domain of NALCN, intuitively suggesting their pathological mechanisms.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30470
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium leak channel non-selective protein
B: Transmembrane protein FAM155A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,53119
ポリマ－253,4782
非ポリマー10,05317
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6770 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area65560 Å2

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要素

#1: タンパク質 Sodium leak channel non-selective protein / Four domain-type voltage-gated ion channel alpha-1 subunit / Rb21-channel / Voltage gated channel- ...Four domain-type voltage-gated ion channel alpha-1 subunit / Rb21-channel / Voltage gated channel-like protein 1


分子量: 200682.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nalcn, Nca, Rb21, Vgcnl1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6Q760
#2: タンパク質 Transmembrane protein FAM155A


分子量: 52795.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fam155a / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8CCS2
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE


分子量: 717.996 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NALCN-FAM155A complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18rc1_3777: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
9PHENIXモデル精密化
13cisTEM３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 135043 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00612508
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63616895
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.8724599
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441909
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052052

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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