PDB-7ctz: Wild-type plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidyla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ctz

タイトル

Wild-type plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS) complexed with fragment 148, NADPH, and dUMP

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Anti-folate / anti-malarial / plasmodium falciparum / dihydrofolate reductase / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Vitsupakorn, D.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2021
タイトル: Discovery of new non-pyrimidine scaffolds as Plasmodium falciparum DHFR inhibitors by fragment-based screening.
著者: Hoarau, M. / Vanichtanankul, J. / Srimongkolpithak, N. / Vitsupakorn, D. / Yuthavong, Y. / Kamchonwongpaisan, S.

履歴

登録	2020年8月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ctz.cif.gz	418.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ctz.ent.gz	346.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ctz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ctz_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ctz_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	7ctz_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	7ctz_validation.cif.gz	38.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7ctz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7ctz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ctwC 7ctyC 4dpdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lh9-d 6kp7-d 4dpd-d 4dp3-d 6kot-d 3dga-d 1j3j-d 6lhi-d 6lev-d 6lez-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.638, 155.639, 164.614
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 71828.000 Da / 分子数: 2 / 断片: fragment 148 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: DHFR-TS, dhfr-ts / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7UD81
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#4: 化合物	ChemComp-GF6 / 1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea / 1-[3-(トリフルオロメチル)フェニル]尿素分子量: 204.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇F₃N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.37 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1M NaOAc, 0.17 M Ammonium acetate, 18% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2019年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→24.83 Å / Num. obs: 42316 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.85 % / R_merge(I) obs: 0.1612 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 4.65 % / R_merge(I) obs: 0.5087 / Num. unique obs: 1884 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
Coot	0.8.9.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DPD

4dpd

解像度: 2.65→24.826 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.828 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3245	2095	4.951 %
R_work	0.255	40221	-
all	0.258	-	-
obs	-	42316	97.82 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.691 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.229 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.457 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.686 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→24.826 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8867	0	158	58	9083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	9256
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	8376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.843	1.645	12524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.342	1.579	19512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.037	5	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.6	23.794	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.155	15	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.533	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	10103
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.223	0.2	8225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.141	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.277	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.27	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.107	3.322	4255
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.107	3.321	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.062	4.958	5303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.062	4.959	5304
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.881	3.483	5001
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.881	3.484	4998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.728	5.12	7221
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.728	5.12	7222
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.347	36.4	10134
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.347	36.402	10133

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.719	0.658	162	0.549	3011	X-RAY DIFFRACTION	99.7799
2.719-2.793	0.465	126	0.465	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.793-2.874	0.615	133	0.397	2849	X-RAY DIFFRACTION	99.9665
2.874-2.963	0.414	175	0.379	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.963-3.06	0.351	158	0.318	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.167	0.41	134	0.3	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.9272
3.167-3.287	0.352	144	0.263	2451	X-RAY DIFFRACTION	98.8571
3.287-3.421	0.316	122	0.254	2316	X-RAY DIFFRACTION	96.5927
3.421-3.573	0.263	122	0.21	2197	X-RAY DIFFRACTION	94.23
3.573-3.747	0.281	113	0.233	2020	X-RAY DIFFRACTION	91.5058
3.747-3.95	0.248	106	0.2	1947	X-RAY DIFFRACTION	91.9803
3.95-4.189	0.232	84	0.201	1952	X-RAY DIFFRACTION	96.0377
4.189-4.478	0.253	84	0.195	1899	X-RAY DIFFRACTION	99.1005
4.478-4.837	0.229	85	0.168	1777	X-RAY DIFFRACTION	99.7322
4.837-5.298	0.216	72	0.164	1651	X-RAY DIFFRACTION	99.8841
5.298-5.922	0.274	72	0.198	1493	X-RAY DIFFRACTION	99.8724
5.922-6.837	0.342	75	0.205	1328	X-RAY DIFFRACTION	99.9288
6.837-8.37	0.225	46	0.177	1162	X-RAY DIFFRACTION	100
8.37-11.822	0.236	56	0.16	901	X-RAY DIFFRACTION	100
11.822-24.826	0.345	26	0.314	356	X-RAY DIFFRACTION	67.2535

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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