PDB-7ctw: Wild-type Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidyla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ctw

タイトル

Wild-type Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS) complexed with fragment 820, NADPH, dUMP

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Anti-folate / anti-malarial / plasmodium falciparum / dihydrofolate reductase / fragment / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2021
タイトル: Discovery of new non-pyrimidine scaffolds as Plasmodium falciparum DHFR inhibitors by fragment-based screening.
著者: Hoarau, M. / Vanichtanankul, J. / Srimongkolpithak, N. / Vitsupakorn, D. / Yuthavong, Y. / Kamchonwongpaisan, S.

履歴

登録	2020年8月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_reflns_twin / Item: _pdbx_reflns_twin.diffrn_id
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ctw.cif.gz	408.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ctw.ent.gz	340.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ctw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ctw_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ctw_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7ctw_validation.xml.gz	41 KB	表示
CIF形式データ	7ctw_validation.cif.gz	55.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7ctw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7ctw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ctyC 7ctzC 4dpdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lhi-d 1j3j-d 4dp3-d 6lhj-d 6lh9-d 3qg2-d 4dpd-d 3um8-d 6kpr-d 3qgt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.185, 154.730, 163.816
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 71828.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: DHFR-TS, dhfr-ts / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7UD81
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-GEX / 1-(2-methylsulfanylphenyl)piperazine 分子量: 208.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆N₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.81 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Na malonate, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2019年10月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.89
pseudo-merohedral	2	1	-H, -L, -K	2	0.11

反射

解像度: 2.51→24.812 Å / Num. obs: 41512 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.68 % / R_merge(I) obs: 0.1395 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

解像度: 2.65→2.75 Å / R_merge(I) obs: 0.3911 / Num. unique obs: 4275 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DPD

4dpd

解像度: 2.51→24.812 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.872 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.768 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2947	2043	4.922 %
R_work	0.2205	39468	-
all	0.224	-	-
obs	-	41511	83.26 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.124 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.455 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	11.879 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.424 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→24.812 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8797	0	115	65	8977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	9127
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	8293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.693	1.645	12345
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.334	1.579	19316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.624	5	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.771	23.74	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.702	15	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.549	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.445	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.232	0.2	8484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	4204
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	4058
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.068	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.214	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.273	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.501	3.007	4220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.501	3.007	4219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.221	4.49	5261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.22	4.49	5262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.011	3.105	4907
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.007	3.102	4905
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.424	4.617	7084
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.424	4.618	7085
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.617	34.178	10175
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.617	34.185	10175

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.51-2.575			0		X-RAY DIFFRACTION
2.575-2.645					X-RAY DIFFRACTION
2.645-2.722	0.373	177	0.366	3267	X-RAY DIFFRACTION
2.722-2.806	0.399	169	0.306	3136	X-RAY DIFFRACTION	98.0712
2.806-2.898	0.321	173	0.264	2978	X-RAY DIFFRACTION	97.0733
2.898-2.999	0.32	165	0.236	2942	X-RAY DIFFRACTION	98.8232
2.999-3.113	0.304	143	0.222	2842	X-RAY DIFFRACTION	98.0296
3.113-3.24	0.263	133	0.204	2726	X-RAY DIFFRACTION	98.2474
3.24-3.384	0.261	126	0.2	2574	X-RAY DIFFRACTION	95.9488
3.384-3.549	0.313	128	0.209	2512	X-RAY DIFFRACTION	97.6693
3.549-3.741	0.328	122	0.217	2401	X-RAY DIFFRACTION	96.5557
3.741-3.967	0.272	105	0.21	2261	X-RAY DIFFRACTION	98.3375
3.967-4.241	0.272	114	0.188	2107	X-RAY DIFFRACTION	96.86
4.241-4.581	0.276	97	0.176	1991	X-RAY DIFFRACTION	96.5772
4.581-5.018	0.195	88	0.175	1829	X-RAY DIFFRACTION	96.6717
5.018-5.609	0.267	87	0.195	1693	X-RAY DIFFRACTION	97.6948
5.609-6.476	0.339	70	0.223	1497	X-RAY DIFFRACTION	98.0601
6.476-7.928	0.268	62	0.194	1289	X-RAY DIFFRACTION	97.5451
7.928-11.199	0.205	56	0.176	1012	X-RAY DIFFRACTION	97.0909

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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