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- PDB-7ctp: Crystal Structure of Human FAM129B/MINERVA/NIBAN2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ctp
タイトルCrystal Structure of Human FAM129B/MINERVA/NIBAN2
要素Protein Niban 2
キーワードPROTEIN BINDING / PH domain / cytosol / plasma membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


gonadotropin secretion / positive regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of embryonic development / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / negative regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of Notch signaling pathway / axon guidance / negative regulation of angiogenesis ...gonadotropin secretion / positive regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of embryonic development / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / negative regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of Notch signaling pathway / axon guidance / negative regulation of angiogenesis / adherens junction / cell differentiation / transcription coactivator activity / cadherin binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Niban-like / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hahn, H. / Kim, H.S. / Han, B.W.
資金援助 韓国, 4件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019R1A2C1090251 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF_2011_0030001 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2020R1C1C1009512 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2017R1C1B2012225 韓国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Structural Insight on Functional Regulation of Human MINERVA Protein.
著者: Hahn, H. / Lee, D.E. / Jang, D.M. / Kim, J. / Lee, Y. / Cheong, H. / Han, B.W. / Kim, H.S.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Niban 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1374
ポリマ－64,8601
非ポリマー2763
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area27780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.559, 56.283, 201.007
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Protein Niban 2 / Meg-3 / Melanoma invasion by ERK / MINERVA / Niban-like protein 1 / Protein FAM129B


分子量: 64860.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NIBAN2, C9orf88, FAM129B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96TA1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium acetate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.11 Å / Num. obs: 59778 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Num. unique obs: 5794 / CC1/2: 0.793

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→49.11 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2355 --
Rwork0.2038 --
obs-59470 99.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 37.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4519 0 18 269 4806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00594628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76886240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.75591777
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3414 259 4.6 %
Rwork0.2943 5547 -
obs--99.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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