PDB-7ct6: Crystal structure of GCL from Deinococcus metallilatus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ct6

タイトル

Crystal structure of GCL from Deinococcus metallilatus

要素

Glyoxylate carboligase

キーワード

LIGASE / glyoxylate carboligase / GCL / Deinococcus metallilatus

機能・相同性

機能・相同性情報

tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glyoxylate catabolic process / thiamine pyrophosphate binding / ligase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus metallilatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kim, J.H. / Kim, J.S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Green Chem / 年: 2022
タイトル: Glyoxylate carboligase-based whole-cell biotransformation of formaldehyde into ethylene glycol via glycolaldehyde.
著者: Jo, H.J. / Kim, J.H. / Kim, Y.N. / Seo, P.W. / Kim, C.Y. / Kim, J.W. / Yu, H.N. / Cheon, H.J. / Lee, E.Y. / Kim, J.S. / Park, J.B.

履歴

登録	2020年8月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ct6.cif.gz	437.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ct6.ent.gz	358.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ct6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ct6_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ct6_full_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示
XML形式データ	7ct6_validation.xml.gz	42.7 KB	表示
CIF形式データ	7ct6_validation.cif.gz	60.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7ct6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7ct6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2panS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zus-1 2zuu-2 2zuw-2 2zut-2 22174 2zut-1 1svd-4 2zuv-d 4r29-d 2zuu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (8) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glyoxylate carboligase

B: Glyoxylate carboligase

124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyoxylate carboligase

B: Glyoxylate carboligase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.055, 106.469, 89.093
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 124.090, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-605- HOH
2	1	B-605- HOH

#1: タンパク質	Glyoxylate carboligase 分子量: 61977.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus metallilatus (バクテリア) 遺伝子: gcl, FCS05_00325 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A5R8UVM6, tartronate-semialdehyde synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: (18) % (w/v) PEG 400 0.1 M Sodium citrate tribasic pH5.6 0.1 M Sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 11C / 波長: 0.979415 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979415 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 66471 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.094 / Χ²: 0.692 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 435191

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	6	0.666	3282	0.888	0.289	0.728	0.453	98.4
2.14-2.18	5.7	0.606	3274	0.883	0.273	0.667	0.446	97
2.18-2.22	6	0.501	3262	0.945	0.22	0.549	0.41	98
2.22-2.26	6.5	0.472	3324	0.954	0.196	0.511	0.725	99.2
2.26-2.31	6.5	0.394	3292	0.97	0.163	0.427	0.509	99
2.31-2.37	6.7	0.37	3370	0.97	0.152	0.4	0.491	99.1
2.37-2.42	6.6	0.326	3316	0.976	0.134	0.353	0.5	99.3
2.42-2.49	6.7	0.296	3348	0.974	0.123	0.321	0.518	99.3
2.49-2.56	6.6	0.266	3313	0.981	0.11	0.288	0.534	99.3
2.56-2.65	6.6	0.22	3314	0.986	0.091	0.239	0.586	99.2
2.65-2.74	6.4	0.222	3330	0.982	0.094	0.242	0.652	98.2
2.74-2.85	6	0.175	3260	0.988	0.077	0.192	0.608	96.7
2.85-2.98	7	0.138	3344	0.994	0.055	0.149	0.652	99.7
2.98-3.14	7	0.113	3363	0.996	0.045	0.121	0.754	99.8
3.14-3.33	7	0.093	3347	0.997	0.037	0.101	0.82	99.6
3.33-3.59	6.9	0.078	3342	0.997	0.032	0.085	0.953	99.1
3.59-3.95	6.5	0.067	3342	0.996	0.028	0.072	1.063	98.9
3.95-4.52	6.6	0.053	3292	0.998	0.022	0.057	0.995	97
4.52-5.7	7.1	0.046	3382	0.998	0.018	0.049	1.07	99.5
5.7-50	6.7	0.035	3374	0.999	0.014	0.038	0.925	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PAN

2pan

解像度: 2.1→46.504 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2149	2631	4 %
R_work	0.1765	63075	-
obs	0.178	65706	98.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 238.21 Å² / B_iso mean: 55.2104 Å² / B_iso min: 24.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→46.504 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8590	0	0	326	8916
B_iso mean	-	-	-	48.09	-
残基数	-	-	-	-	1116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8786
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917	11940
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1330
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.158	5252

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1-2.1382	0.3406	144	0.2757	3317	98
2.1382-2.1793	0.3203	112	0.2461	3240	97
2.1793-2.2238	0.2581	152	0.2181	3282	98
2.2238-2.2722	0.3338	137	0.2297	3280	98
2.2722-2.325	0.2528	130	0.1979	3323	99
2.325-2.3832	0.2596	144	0.1941	3327	99
2.3832-2.4476	0.2649	142	0.1855	3293	99
2.4476-2.5196	0.2317	141	0.182	3362	99
2.5196-2.6009	0.2086	141	0.1716	3327	98
2.6009-2.6939	0.2443	137	0.177	3326	99
2.6939-2.8017	0.252	134	0.183	3225	97
2.8017-2.9292	0.1997	141	0.1819	3333	99
2.9292-3.0836	0.2332	136	0.1731	3352	99
3.0836-3.2768	0.2029	141	0.1795	3347	100
3.2768-3.5297	0.1821	138	0.1594	3360	99
3.5297-3.8847	0.2137	143	0.1645	3335	99
3.8847-4.4465	0.1885	136	0.1525	3285	97
4.4465-5.6006	0.1774	140	0.1658	3391	99
5.6006-46.504	0.201	142	0.1753	3370	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -37.7394 Å / Origin y: 6.494 Å / Origin z: 8.6703 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3596 Å²	0.007 Å²	0.0458 Å²	-	0.1985 Å²	0.0037 Å²	-	-	0.3631 Å²
L	0.4093 °²	0.0112 °²	-0.0453 °²	-	0.1201 °²	-0.0173 °²	-	-	0.082 °²
S	-0.0428 Å °	-0.0576 Å °	-0.0001 Å °	0.039 Å °	0.0218 Å °	0.0095 Å °	-0.0137 Å °	0.002 Å °	0.0234 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 558
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 558
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 326

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