+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ct6 | ||||||
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Title | Crystal structure of GCL from Deinococcus metallilatus | ||||||
Components | Glyoxylate carboligase | ||||||
Keywords | LIGASE / glyoxylate carboligase / GCL / Deinococcus metallilatus | ||||||
Function / homology | Function and homology information tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glyoxylate catabolic process / thiamine pyrophosphate binding / ligase activity / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Deinococcus metallilatus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Kim, J.H. / Kim, J.S. | ||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
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Citation | Journal: Green Chem / Year: 2022 Title: Glyoxylate carboligase-based whole-cell biotransformation of formaldehyde into ethylene glycol via glycolaldehyde. Authors: Jo, H.J. / Kim, J.H. / Kim, Y.N. / Seo, P.W. / Kim, C.Y. / Kim, J.W. / Yu, H.N. / Cheon, H.J. / Lee, E.Y. / Kim, J.S. / Park, J.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ct6.cif.gz | 437.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ct6.ent.gz | 358.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ct6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7ct6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7ct6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2panS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 61977.160 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus metallilatus (bacteria) / Gene: gcl, FCS05_00325 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0A5R8UVM6, tartronate-semialdehyde synthase #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: (18) % (w/v) PEG 400 0.1 M Sodium citrate tribasic pH5.6 0.1 M Sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 11C / Wavelength: 0.979415 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 4, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979415 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 66471 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.692 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 435191 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2PAN Resolution: 2.1→46.504 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 24.86 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 238.21 Å2 / Biso mean: 55.2104 Å2 / Biso min: 24.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→46.504 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -37.7394 Å / Origin y: 6.494 Å / Origin z: 8.6703 Å
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Refinement TLS group |
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