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万見
- PDB-7ct4: Crystal structure of D-amino acid oxidase from Rasamsonia emerson... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ct4
タイトルCrystal structure of D-amino acid oxidase from Rasamsonia emersonii strain YA
要素D-amino acid oxidase
キーワードFLAVOPROTEIN / Oxidase / D-amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


D-amino acid metabolic process / D-amino-acid oxidase activity / FAD binding
類似検索 - 分子機能
D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino-acid oxidase / D-amino acid oxidases signature. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / D-amino acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Talaromyces emersonii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shimekake, Y. / Hirato, Y. / Okazaki, S. / Funabashi, R. / Goto, M. / Furuichi, T. / Suzuki, H. / Takahashi, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: X-ray structure analysis of a unique D-amino-acid oxidase from the thermophilic fungus Rasamsonia emersonii strain YA.
著者: Shimekake, Y. / Hirato, Y. / Funabashi, R. / Okazaki, S. / Goto, M. / Furuichi, T. / Suzuki, H. / Kera, Y. / Takahashi, S.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-amino acid oxidase
B: D-amino acid oxidase
C: D-amino acid oxidase
D: D-amino acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,2028
ポリマ－170,0604
非ポリマー3,1424
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13730 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area48600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.130, 79.130, 366.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
D-amino acid oxidase


分子量: 42514.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces emersonii (菌類) / 遺伝子: ReDAO / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A499UB99
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG3350, Tris-HCl, sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→68.529 Å / Num. all: 87291 / Num. obs: 87291 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.094 / Net I/av σ(I): 6 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 885584
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.11101.0560.7128143127720.371.1751.0562.2100
2.11-2.2410.50.7331.1126097120070.250.8120.7333.3100
2.24-2.3910.10.4611.7114490113460.1610.5120.4615100
2.39-2.5810.10.32.6106618105250.1040.3330.37.4100
2.58-2.8310.60.23.810324997250.0680.220.210.7100
2.83-3.1610.10.126.28867987710.0420.1330.1216.4100
3.16-3.6510.30.0759.37901377050.0260.0840.07526100
3.65-4.479.60.05611.66313965470.0210.0640.05635.4100
4.47-6.329.70.0512.74934450720.0180.0560.0538100
6.32-45.619.50.04213.52681228210.0150.0460.04240.599.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WGT

3wgt


解像度: 2→41.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.2326 / WRfactor Rwork: 0.1964 / FOM work R set: 0.862 / SU B: 3.26 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.0471 / SU Rfree: 0.0385 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 4229 4.9 %RANDOM
Rwork0.2063 ---
obs0.2082 82916 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.6 Å2 / Biso mean: 42.243 Å2 / Biso min: 26.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→41.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10382 0 212 367 10961
Biso mean--35.18 43.22 -
残基数----1376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01910876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3211.96514884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.89351370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.14723.914465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.585151585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5661569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218379
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 262 -
Rwork0.21 6193 -
all-6455 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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