PDB-7csm: Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine met...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7csm

タイトル

Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine methyltransferase C120S variant

要素

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsunoda, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Roles of the hydroxy group of tyrosine in crystal structures of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine-DNA methyltransferase.
著者: Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsunoda, M.

履歴

登録	2020年8月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7csm.cif.gz	55.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7csm.ent.gz	35.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7csm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7csm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7csm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d4vC 7dknC 7dqqC 7dqrC 7dqtC 7e1pC 1wrjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2lh2-d 1lh7-d 6hlt-2 1lh2-d 2lh5-d 1ut0-1 5ziq-3 3fvi-4 1lh1-d 1eh8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

ヘテロ分子

18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.213, 52.868, 62.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase 分子量: 17960.887 Da / 分子数: 1 / 変異: C120S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌) 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: ogt, STK_09670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q973C7, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.25→48.21 Å / Num. obs: 44164 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 27 / Num. measured all: 285375 / Scaling rejects: 2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.25-1.27	6.5	0.18	13707	2124	0.984	0.075	0.195	9.3	97.9
6.85-48.21	5.8	0.032	1912	328	0.999	0.014	0.035	48.3	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS	Mar 15, 2019	データ削減
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WRJ

1wrj

解像度: 1.25→38.109 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.196 / WR_factor R_work: 0.174 / SU B: 0.546 / SU ML: 0.025 / Average fsc free: 0.9562 / Average fsc work: 0.9614 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1924	2184	4.951 %
R_work	0.1688	41926	-
all	0.17	-	-
obs	-	44110	98.879 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.221 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.002 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→38.109 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1243	0	5	229	1477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.095	1.645	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.538	1.581	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.711	5	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.768	21.692	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.523	15	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.873	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	672
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.341	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.085	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.171	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.461	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.336	1.154	640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.328	1.152	639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.834	1.735	803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.833	1.738	804
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.295	1.388	690
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.27	1.376	684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.346	1.987	995
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.354	1.979	989
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.865	15.979	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.902	15.111	1553

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.282	0.221	154	0.184	2999	X-RAY DIFFRACTION	97.4351
1.282-1.318	0.209	136	0.178	2979	X-RAY DIFFRACTION	97.6795
1.318-1.356	0.19	150	0.169	2862	X-RAY DIFFRACTION	97.7605
1.356-1.397	0.177	145	0.172	2782	X-RAY DIFFRACTION	98.2874
1.397-1.443	0.177	152	0.164	2708	X-RAY DIFFRACTION	98.5188
1.443-1.494	0.173	155	0.154	2648	X-RAY DIFFRACTION	98.7319
1.494-1.55	0.152	131	0.152	2567	X-RAY DIFFRACTION	98.6833
1.55-1.613	0.18	136	0.156	2439	X-RAY DIFFRACTION	98.9623
1.613-1.685	0.2	113	0.155	2379	X-RAY DIFFRACTION	99.0855
1.685-1.767	0.172	133	0.155	2270	X-RAY DIFFRACTION	99.2155
1.767-1.862	0.171	125	0.161	2178	X-RAY DIFFRACTION	99.5677
1.862-1.975	0.168	104	0.159	2073	X-RAY DIFFRACTION	99.5883
1.975-2.111	0.187	97	0.159	1950	X-RAY DIFFRACTION	99.6107
2.111-2.28	0.177	89	0.147	1819	X-RAY DIFFRACTION	99.7908
2.28-2.496	0.208	96	0.16	1682	X-RAY DIFFRACTION	99.9438
2.496-2.79	0.222	69	0.183	1551	X-RAY DIFFRACTION	99.8767
2.79-3.219	0.178	74	0.19	1362	X-RAY DIFFRACTION	100
3.219-3.936	0.21	64	0.169	1176	X-RAY DIFFRACTION	100
3.936-5.54	0.23	36	0.173	940	X-RAY DIFFRACTION	99.8976
5.54-38.109	0.227	25	0.227	562	X-RAY DIFFRACTION	99.3232

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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