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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cse | ||||||
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タイトル | AtPrR1 with NADP+ and (-)lariciresinol | ||||||
要素 | Pinoresinol reductase 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / AtPrR1 / NADP+ / lariciresinol / PLANT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (+)-pinoresinol reductase / (-)-pinoresinol reductase / lignan biosynthetic process / pinoresinol reductase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4401905733 Å | ||||||
データ登録者 | Shao, K. / Zhang, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure-based engineering of substrate specificity for pinoresinol-lariciresinol reductases. 著者: Xiao, Y. / Shao, K. / Zhou, J. / Wang, L. / Ma, X. / Wu, D. / Yang, Y. / Chen, J. / Feng, J. / Qiu, S. / Lv, Z. / Zhang, L. / Zhang, P. / Chen, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cse.cif.gz | 477.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cse.ent.gz | 318.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cse.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7cse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7cse | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7cs2C 7cs3C 7cs4C 7cs5C 7cs6C 7cs7C 7cs8C 7cs9C 7csaC 7csbC 7cscC 7csdC 7csfC 7csgC 7cshC 1qydS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35594.844 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PRR1, PLR1, At1g32100, F3C3.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9FVQ6, (+)-pinoresinol reductase, (-)-pinoresinol reductase #2: 化合物 | ChemComp-GFR / #3: 化合物 | ChemComp-NDP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.92 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M sodium malonate, pH 6.0, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9798 Å |
検出器 | タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→47.752 Å / Num. obs: 106057 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 43.7933252506 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 1.082 / Num. unique obs: 10355 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1QYD 解像度: 2.4401905733→47.7501931008 Å / SU ML: 0.258059460965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.337501968 / 位相誤差: 24.4638691898 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.6600492891 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4401905733→47.7501931008 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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