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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7csd | ||||||
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タイトル | AtPrR1 with NADP+ and (+)lariciresinol | ||||||
![]() | Pinoresinol reductase 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / AtPrR1 / NADP+ / (+)lariciresinol / PLANT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() (+)-pinoresinol reductase / (-)-pinoresinol reductase / lignan biosynthetic process / pinoresinol reductase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shao, K. / Zhang, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based engineering of substrate specificity for pinoresinol-lariciresinol reductases. 著者: Xiao, Y. / Shao, K. / Zhou, J. / Wang, L. / Ma, X. / Wu, D. / Yang, Y. / Chen, J. / Feng, J. / Qiu, S. / Lv, Z. / Zhang, L. / Zhang, P. / Chen, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 347.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 227.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7cs2C ![]() 7cs3C ![]() 7cs4C ![]() 7cs5C ![]() 7cs6C ![]() 7cs7C ![]() 7cs8C ![]() 7cs9C ![]() 7csaC ![]() 7csbC ![]() 7cscC ![]() 7cseC ![]() 7csfC ![]() 7csgC ![]() 7cshC ![]() 1qydS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35594.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRR1, PLR1, At1g32100, F3C3.10 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9FVQ6, (+)-pinoresinol reductase, (-)-pinoresinol reductase #2: 化合物 | ChemComp-GFU / #3: 化合物 | ChemComp-NDP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium fluoride, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.797→34.642 Å / Num. obs: 129808 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 31.1572375186 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 27.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.857 / Num. unique obs: 11685 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1QYD 解像度: 1.79709972859→34.641233627 Å / SU ML: 0.21122410403 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34864890178 / 位相誤差: 24.8355954694 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.0484577379 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79709972859→34.641233627 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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