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- PDB-7cqt: Crystal structure of Brassica juncea HMG-CoA synthase 1 mutant - ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cqt
タイトルCrystal structure of Brassica juncea HMG-CoA synthase 1 mutant - S359A in complex with acetyl-CoA
要素3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / HMGS / S359A / mevalonate pathway (メバロン酸経路) / acetyl-CoA (アセチルCoA) / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


ヒドロキシメチルグルタリルCoAシンターゼ / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / acetyl-CoA metabolic process / sterol biosynthetic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, active site / Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, eukaryotic / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase active site. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, C-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase N terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase C terminal / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / ACETYL COENZYME *A / ヒドロキシメチルグルタリルCoAシンターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica juncea (カラシナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liao, P. / Hu, M. / Kong, G.K.W. / Hao, Q. / Chye, M.L.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)0910159039, 1007160002, 1511159010 香港
引用ジャーナル: Plant Cell.Physiol. / 年: 2021
タイトル: Overexpression and Inhibition of 3-Hydroxy-3-Methylglutaryl-CoA Synthase Affect Central Metabolic Pathways in Tobacco.
著者: Liao, P. / Lung, S.C. / Chan, W.L. / Hu, M. / Kong, G.K. / Bach, T.J. / Hao, Q. / Lo, C. / Chye, M.L.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase
C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase
D: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,4307
ポリマ－204,3844
非ポリマー2,0463
水0
1
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,8114
ポリマ－102,1922
非ポリマー1,6192
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8570 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area30420 Å2
手法PISA
2
C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase
D: 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6193
ポリマ－102,1922
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area31830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.61, 121.61, 118.61
Angle α, β, γ (deg.)90, 91.71, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase / HMG-CoA synthase


分子量: 51095.938 Da / 分子数: 4 / 変異: S359A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brassica juncea (カラシナ) / 遺伝子: HMGS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9M6U3, ヒドロキシメチルグルタリルCoAシンターゼ
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) / アセチルCoA


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸 / アデノシン-3',5'-ビスリン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 17% (wt to vol) PEG 20000, 0.27M, trimethylamine N-oxide, 100mM Pipes (pH 6.7), 2 mM DT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97939 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→34.624 Å / Num. obs: 44202 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.71 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Num. unique obs: 3158 / Rsym value: 0.087 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F82

2f82


解像度: 2.8→34.624 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 --
Rwork0.227 --
obs-44202 94.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.624 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14019 0 129 0 14148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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