PDB-7cqj: Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) C50S/K84A/C207S/C2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cqj

タイトル

Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) C50S/K84A/C207S/C213S mutant (ApPrx*K84A)

要素

Peroxiredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / antioxidant activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Himiyama, T. / Nakamura, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2021
タイトル: Rebuilding Ring-Type Assembly of Peroxiredoxin by Chemical Modification.
著者: Himiyama, T. / Tsuchiya, Y. / Yonezawa, Y. / Nakamura, T.

履歴

登録	2020年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cqj.cif.gz	587 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cqj.ent.gz	474.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cqj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cqj_validation.pdf.gz	522.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cqj_full_validation.pdf.gz	569.6 KB	表示
XML形式データ	7cqj_validation.xml.gz	96 KB	表示
CIF形式データ	7cqj_validation.cif.gz	131 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c87C 7c89C 7c8aC 6krkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ovq-d 6itz-1 5xbr-1 6iu0-1 5721 3233 5ucx-2 5ucx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxiredoxin

B: Peroxiredoxin

C: Peroxiredoxin

D: Peroxiredoxin

E: Peroxiredoxin

F: Peroxiredoxin

G: Peroxiredoxin

H: Peroxiredoxin

I: Peroxiredoxin

J: Peroxiredoxin

K: Peroxiredoxin

L: Peroxiredoxin

344 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.008, 210.575, 308.668
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase / ApTPx / Thioredoxin-dependent peroxiredoxin 分子量: 28637.727 Da / 分子数: 12 / 変異: C50S,K84A,C207S,C213S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌) 株: K1 / 遺伝子: APE_2278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y9L0, thioredoxin-dependent peroxiredoxin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase / ApTPx / Thioredoxin-dependent peroxiredoxin

分子量: 28637.727 Da / 分子数: 12 / 変異: C50S,K84A,C207S,C213S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)
株: K1 / 遺伝子: APE_2278 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y9L0, thioredoxin-dependent peroxiredoxin

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: The reservoir solution contained 0.10 M sodium acetate trihydrate (pH 4.6) 0.20 M calcium chloride dihydrate 20 %v/v 2-propanol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→49.48 Å / Num. obs: 83831 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.9→2.96 Å / R_merge(I) obs: 0.965 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4559 / CC_1/2: 0.763 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6krk

6krk

解像度: 2.9→49.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 16.753 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.413 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2559	4355	5.199 %
R_work	0.1788	79408	-
all	0.183	-	-
obs	-	83763	99.783 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.418 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.072 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.072 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23628	0	0	47	23675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	24288
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	22800
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.656	1.646	33036
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.209	1.574	52512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.767	5	2916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.469	19.831	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.245	15	3960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.907	15	264
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	27144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5712
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	5300
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	23286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	11383
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	11984
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.14	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.216	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.22	5.289	11700
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.22	5.289	11699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.345	7.932	14604
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.345	7.933	14605
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.722	5.827	12588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.722	5.827	12589
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.305	8.524	18432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.305	8.524	18433
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.81	61.27	26806
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.81	61.274	26807

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.975	0.322	311	0.246	5839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.975-3.057	0.325	295	0.232	5629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.057-3.145	0.306	279	0.203	5556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.145-3.242	0.284	299	0.199	5297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.242-3.348	0.315	280	0.192	5244	X-RAY DIFFRACTION	99.9457
3.348-3.466	0.266	261	0.183	4992	X-RAY DIFFRACTION	100
3.466-3.597	0.247	298	0.165	4837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.597-3.744	0.227	262	0.157	4664	X-RAY DIFFRACTION	99.9797
3.744-3.91	0.256	264	0.161	4413	X-RAY DIFFRACTION	99.0051
3.91-4.101	0.263	237	0.163	4329	X-RAY DIFFRACTION	99.6508
4.101-4.322	0.215	234	0.154	4074	X-RAY DIFFRACTION	100
4.322-4.584	0.239	243	0.137	3838	X-RAY DIFFRACTION	100
4.584-4.901	0.204	203	0.14	3697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.901-5.293	0.257	174	0.165	3439	X-RAY DIFFRACTION	100
5.293-5.798	0.253	161	0.185	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
5.798-6.481	0.238	160	0.158	2886	X-RAY DIFFRACTION	99.9344
6.481-7.482	0.229	143	0.149	2526	X-RAY DIFFRACTION	98.5598
7.482-9.159	0.222	122	0.169	2191	X-RAY DIFFRACTION	99.313
9.159-12.935	0.248	86	0.2	1737	X-RAY DIFFRACTION	99.1839
12.935-49.48	0.539	43	0.506	1026	X-RAY DIFFRACTION	96.1331

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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