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万見
- PDB-7cq1: Solution structure of the C-terminal domain of Mycobacterium Tube... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cq1
タイトルSolution structure of the C-terminal domain of Mycobacterium Tuberculosis ribosome maturation factor protein RimM
要素Ribosome maturation factor RimM
キーワードPROTEIN BINDING / Ribosome maturation / 30S subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA processing / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RimM, N-terminal / 16S rRNA processing protein RimM / RimM, N-terminal domain superfamily / RimM N-terminal domain / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / PRC-barrel-like superfamily / Translation protein, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome maturation factor RimM
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Zhang, H. / Lin, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0500600 中国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for the C-Terminal Domain of Mycobacterium tuberculosis Ribosome Maturation Factor RimM to Bind Ribosomal Protein S19.
著者: Zhang, H. / Zhou, Q. / Guo, C. / Feng, L. / Wang, H. / Liao, X. / Lin, D.
履歴
登録2020年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome maturation factor RimM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2931
ポリマ－9,2931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4660 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Ribosome maturation factor RimM


分子量: 9293.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rimM, Rv2907c, MTCY274.38c / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WH19

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
133isotropic13D HN(CA)CB
143isotropic13D CBCA(CO)NH
153isotropic13D HNCA
163isotropic13D HN(CO)CA
173isotropic13D HNCO
183isotropic13D HN(CA)CO
193isotropic13D (H)CCH-COSY
1103isotropic13D H(CCO)NH
1113isotropic13D HBHA(CO)NH
1123isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1133isotropic13D C(CO)NH
1142isotropic13D 15N-edited NOESY-HSQC
1153isotropic13D 13C-edited NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.6 mM C-terminal domain of ribosome maturation factor RimM, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2Onon-labelled_sample90% H2O/10% D2O
solution20.6 mM [U-99% 15N] C-terminal domain of ribosome maturation factor RimM, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution30.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] C-terminal domain of ribosome maturation factor RimM, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O13C/15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMC-terminal domain of ribosome maturation factor RimMnatural abundance1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
100 mMpotassium chloridenatural abundance1
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance1
0.6 mMC-terminal domain of ribosome maturation factor RimM[U-99% 15N]2
20 mMpotassium phosphatenatural abundance2
100 mMpotassium chloridenatural abundance2
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance2
0.6 mMC-terminal domain of ribosome maturation factor RimM[U-99% 13C; U-99% 15N]3
20 mMpotassium phosphatenatural abundance3
100 mMpotassium chloridenatural abundance3
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance3
試料状態イオン強度: 120 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSAria2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
NMRFAM-SPARKY1.4.7Lee W., Tonelli M., Markley J. L.chemical shift assignment
CNSAria2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing2
simulated annealing1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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