PDB-7cpn: CRYSTAL STRUCTURE OF DODECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE FROM THERM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cpn

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF DODECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE FROM THERMOBIFIDA FUSCA

要素

Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

キーワード

TRANSFERASE / prenyltransferase

機能・相同性

trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific] / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / prenyltransferase activity / magnesium ion binding / Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

機能・相同性情報

生物種

Thermobifida fusca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Kurokawa, H. / Ambo, T. / Takahasi, S. / Koyama, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Thermobifida fusca cis-prenyltransferase reveals the dynamic nature of its RXG motif-mediated inter-subunit interactions critical for its catalytic activity.
著者: Kurokawa, H. / Ambo, T. / Takahashi, S. / Koyama, T.

履歴

登録	2020年8月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cpn.cif.gz	513.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cpn.ent.gz	430 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cpn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cpn_validation.pdf.gz	500.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cpn_full_validation.pdf.gz	515.5 KB	表示
XML形式データ	7cpn_validation.xml.gz	52.1 KB	表示
CIF形式データ	7cpn_validation.cif.gz	72.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/7cpn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/7cpn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cpmC 1f75S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3o3a-1 1n2r-d 6mt4-d 4o2f-1 3wl9-d 3bh9-d 3uxy-5 3gsv-d 2vab-d 5gr7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

B: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

C: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

D: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

E: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

F: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

ヘテロ分子

193 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

B: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

D: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

F: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.095, 137.878, 168.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific) / Cis-prenyltransferase / Dodecaprenyl diphosphate synthase 分子量: 32015.104 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) 株: YX / 遺伝子: Tfu_0853 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q47RM6, trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific]
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M citric acid sodium citrate pH 5.0, 0.7 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→47.534 Å / Num. obs: 77502 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 63.647
反射シェル	解像度: 2.28→2.32 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 8.564 / Num. unique obs: 3826 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F75

1f75

解像度: 2.28→47.534 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / WR_factor R_free: 0.246 / WR_factor R_work: 0.207 / Average fsc free: 0.9117 / Average fsc work: 0.9275 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.222 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2394	3830	5.019 %
R_work	0.2028	72481	-
all	0.205	-	-
obs	-	76311	99.877 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.909 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.595 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.417 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.178 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→47.534 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11068	0	71	406	11545

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	11413
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	10414
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.41	1.646	15503
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.309	1.576	23838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.784	5	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.031	19.21	734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.27	15	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.237	15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	13006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	9257
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	5480
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	5256
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.01	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.227	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.933	5.416	5524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.928	5.415	5523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.008	8.113	6891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.009	8.114	6892
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.464	6.117	5889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.374	6.088	5838
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.247	8.912	8612
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.2	8.87	8535
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.836	62.487	12703
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.836	62.487	12704

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.28-2.339	0.303	260	0.249	5265	X-RAY DIFFRACTION	99.9096
2.339-2.403	0.304	259	0.236	5155	X-RAY DIFFRACTION	99.9077
2.403-2.472	0.303	264	0.234	5035	X-RAY DIFFRACTION	99.8681
2.472-2.548	0.277	225	0.217	4924	X-RAY DIFFRACTION	99.903
2.548-2.632	0.29	266	0.22	4690	X-RAY DIFFRACTION	99.9194
2.632-2.724	0.278	244	0.229	4597	X-RAY DIFFRACTION	99.9174
2.724-2.826	0.265	252	0.216	4410	X-RAY DIFFRACTION	99.9143
2.826-2.941	0.255	224	0.211	4244	X-RAY DIFFRACTION	99.9106
2.941-3.071	0.254	216	0.219	4087	X-RAY DIFFRACTION	99.9535
3.071-3.221	0.25	234	0.209	3884	X-RAY DIFFRACTION	99.9515
3.221-3.394	0.239	201	0.204	3762	X-RAY DIFFRACTION	99.9244
3.394-3.599	0.22	192	0.203	3531	X-RAY DIFFRACTION	99.9463
3.599-3.846	0.226	172	0.194	3338	X-RAY DIFFRACTION	100
3.846-4.152	0.229	174	0.182	3118	X-RAY DIFFRACTION	99.8786
4.152-4.544	0.179	139	0.166	2885	X-RAY DIFFRACTION	99.7361
4.544-5.075	0.212	150	0.172	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.7849
5.075-5.849	0.242	112	0.202	2330	X-RAY DIFFRACTION	99.8365
5.849-7.136	0.27	110	0.236	2008	X-RAY DIFFRACTION	99.8586
7.136-9.981	0.208	84	0.183	1590	X-RAY DIFFRACTION	99.8211
9.981-47.534	0.224	51	0.23	965	X-RAY DIFFRACTION	99.4129

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