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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cox | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Neisseria meningitidis EarP R268A mutant | ||||||
![]() | Elongation factor P maturation arginine rhamnosyltransferase EarP | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Arginine rhamnosyltransferase | ||||||
機能・相同性 | protein-arginine rhamnosyltransferase activity / Protein-arginine rhamnosyltransferase EarP / Elongation-Factor P (EF-P) rhamnosyltransferase EarP / translation elongation factor activity / Protein-arginine rhamnosyltransferase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cho, H.S. / Yoo, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Neisseria meningitidis EarP R268A mutant 著者: Cho, H.S. / Yoo, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 464.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43987.848 Da / 分子数: 2 / 変異: E89G, R268A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CNQ34_12095, ERS040961_00525, ERS514851_01386, JY21_02145, NMA510612_1261 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.21 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Sodium cacodylate pH6.5, 1.26M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→49.05 Å / Num. obs: 24389 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 89.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1211 / Rpim(I) all: 0.04105 / Net I/σ(I): 15.41 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.107 Å / Rmerge(I) obs: 1.574 / Num. unique obs: 2372 / CC1/2: 0.623 / CC star: 0.876 / Rpim(I) all: 0.5177 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→49.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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