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万見
- PDB-7col: Crystal structure of 5-ketofructose reductase complexed with NADPH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7col
タイトルCrystal structure of 5-ketofructose reductase complexed with NADPH
要素5-ketofructose reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Gluconobacter / reductase / 5-ketofructose
機能・相同性Chem-NDP
機能・相同性情報
生物種Gluconobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hodoya, Y. / Noda, S. / Nguyen, T.M. / Kataoka, N. / Adachi, O. / Matsutani, M. / Matsushita, K. / Yakushi, T. / Goto, M.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2021
タイトル: The 5-Ketofructose Reductase of Gluconobacter sp. Strain CHM43 Is a Novel Class in the Shikimate Dehydrogenase Family.
著者: Nguyen, T.M. / Goto, M. / Noda, S. / Matsutani, M. / Hodoya, Y. / Kataoka, N. / Adachi, O. / Matsushita, K. / Yakushi, T.
履歴
登録2020年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-ketofructose reductase
B: 5-ketofructose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5204
ポリマ－59,0292
非ポリマー1,4912
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.500, 61.528, 96.855
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 5-ketofructose reductase


分子量: 29514.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gluconobacter sp. (バクテリア) / 株: CHM43 / プラスミド: pBBR1MCS-4 / 発現宿主: Gluconobacter sp. (バクテリア) / 株 (発現宿主): CHM43
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, HEPES-Na, Ammonium fluoride, MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→96.169 Å / Num. all: 33451 / Num. obs: 33451 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.072 / Rsym value: 0.06 / Net I/av σ(I): 7.4 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 105580
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-2.0630.1515.11391646790.1030.1840.1516.393.1
2.06-2.183.20.1136.61487246860.0740.1360.1138.499
2.18-2.333.10.0917.91376843770.0610.110.09110.597.8
2.33-2.523.20.0788.91310841170.0510.0930.07811.798.5
2.52-2.763.20.079.31197237630.0460.0840.0713.598.2
2.76-3.083.20.05910.31085834040.0390.0710.0591697.5
3.08-3.563.20.05410.9945229560.0350.0650.05418.796.6
3.56-4.363.20.05111.6803124990.0330.0610.05120.895.7
4.36-6.173.20.05110.9624219240.0320.060.05121.294.7
6.17-37.8873.20.0511336110460.0320.060.0521.391.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NVT

1nvt


解像度: 1.95→40.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 5.273 / SU ML: 0.149 / SU R Cruickshank DPI: 0.2399 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2637 1723 5.2 %RANDOM
Rwork0.2085 ---
obs0.2113 31710 96.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.87 Å2 / Biso mean: 24.366 Å2 / Biso min: 12.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å2-0 Å2-1.36 Å2
2---0.17 Å2-0 Å2
3---1.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→40.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4005 0 96 399 4500
Biso mean--33.97 33.31 -
残基数----558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.9895690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5295556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.64324.929140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.00115640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4031518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213036
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 106 -
Rwork0.251 2118 -
all-2224 -
obs--87.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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