PDB-7coi: Crystal structure of the b-carbonic anhydrase CafA of the fungal ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7coi

タイトル

Crystal structure of the b-carbonic anhydrase CafA of the fungal pathogen Aspergillus fumigatus

要素

Carbonic anhydrase

キーワード

LYASE / b-class carbonic anhydrase / CafA / zinc metalloenzyme / Aspergillus fumigatus

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to carbon dioxide / carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / cellular response to oxidative stress / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Neosartorya fumigata (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Jin, M.S. / Kim, S. / Yeon, J. / Sung, J.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of beta-Carbonic Anhydrase CafA from the Fungal Pathogen Aspergillus fumigatus .
著者: Kim, S. / Yeon, J. / Sung, J. / Jin, M.S.

履歴

登録	2020年8月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7coi.cif.gz	190.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7coi.ent.gz	147.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7coi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7coi_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7coi_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	7coi_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	7coi_validation.cif.gz	56.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/7coi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/7coi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cojC 4o1kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7coj-d 3uck-1 3ucn-1 3ucm-1 3uco-1 6d2j-2 4rxy-2 3ucj-1 4o1k-1 6d2o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase

B: Carbonic anhydrase

C: Carbonic anhydrase

D: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

124 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.656, 88.713, 144.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	A	A	79 - 284	79 - 284
2	1	ASP	ASP	LYS	LYS	B	B	79 - 284	79 - 284
1	2	LEU	LEU	THR	THR	A	A	77 - 285	77 - 285
2	2	LEU	LEU	THR	THR	C	C	77 - 285	77 - 285
1	3	ASP	ASP	LYS	LYS	A	A	79 - 284	79 - 284
2	3	ASP	ASP	LYS	LYS	D	D	79 - 284	79 - 284
1	4	ASP	ASP	LYS	LYS	B	B	79 - 284	79 - 284
2	4	ASP	ASP	LYS	LYS	C	C	79 - 284	79 - 284
1	5	ASP	ASP	ASP	ASP	B	B	79 - 286	79 - 286
2	5	ASP	ASP	ASP	ASP	D	D	79 - 286	79 - 286
1	6	ASP	ASP	LYS	LYS	C	C	79 - 284	79 - 284
2	6	ASP	ASP	LYS	LYS	D	D	79 - 284	79 - 284

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase / Carbonate dehydratase 分子量: 30867.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ) 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_4G11250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WQ18, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 28.77 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES (or Tris-HCl) pH 6.0-7.5 24-30% (w/v) PEG2000MME 0.2-0.4 M sodium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 80179 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 1.888 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 579711

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	7.2	0.705	3946	0.925	0.281	0.76	1.526	100
1.83-1.86	7.3	0.593	3963	0.941	0.235	0.638	1.568	100
1.86-1.9	7.3	0.49	3971	0.969	0.194	0.527	1.61	100
1.9-1.94	7.3	0.412	3963	0.967	0.163	0.443	1.658	100
1.94-1.98	7.3	0.342	3962	0.979	0.136	0.368	1.7	100
1.98-2.03	7.3	0.286	3980	0.98	0.114	0.308	1.733	100
2.03-2.08	7.3	0.251	3941	0.983	0.099	0.27	1.8	100
2.08-2.13	7.3	0.212	3979	0.989	0.084	0.228	1.8	100
2.13-2.2	7.3	0.176	3960	0.99	0.07	0.19	1.83	100
2.2-2.27	7.3	0.167	4010	0.991	0.066	0.18	1.859	100
2.27-2.35	7.3	0.141	3964	0.994	0.056	0.152	1.874	100
2.35-2.44	7.3	0.125	3999	0.994	0.05	0.135	1.837	100
2.44-2.55	7.3	0.11	4010	0.996	0.044	0.119	1.933	100
2.55-2.69	7.3	0.093	4020	0.996	0.037	0.1	1.936	100
2.69-2.86	7.3	0.082	4005	0.998	0.033	0.088	2.017	100
2.86-3.08	7.2	0.073	4039	0.998	0.029	0.079	2.044	100
3.08-3.39	7.2	0.061	4044	0.998	0.025	0.066	2.099	100
3.39-3.88	7.1	0.053	4079	0.998	0.022	0.058	2.227	100
3.88-4.88	7	0.049	4103	0.998	0.02	0.053	2.351	100
4.88-50	6.4	0.053	4241	0.998	0.023	0.058	2.403	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4O1K

4o1k

解像度: 1.8→29.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.576 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2039	4066	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1725	-	-	-
obs	0.1741	76053	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.99 Å² / B_iso mean: 24.287 Å² / B_iso min: 8.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.63 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.57 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6388	0	20	700	7108
B_iso mean	-	-	26.66	32.45	-
残基数	-	-	-	-	834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	6548
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6326
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.626	1.633	8872
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.44	1.573	14662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.675	5	838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.375	22.102	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.45	15	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.683	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	846
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1282

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6312	0.07
1	2	B	6312	0.07
2	1	A	6413	0.06
2	2	C	6413	0.06
3	1	A	6272	0.07
3	2	D	6272	0.07
4	1	B	6331	0.07
4	2	C	6331	0.07
5	1	B	6343	0.07
5	2	D	6343	0.07
6	1	C	6295	0.07
6	2	D	6295	0.07

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.844 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	262	-
R_work	0.236	5438	-
obs	-	-	96.91 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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