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- PDB-7coh: Dimeric Form of Bovine Heart Cytochrome c Oxidase in the Fully Ox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7coh
タイトルDimeric Form of Bovine Heart Cytochrome c Oxidase in the Fully Oxidized State
要素(Cytochrome c oxidase subunit ...) x 13
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dimer / Fully Oxidized
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / aerobic respiration / central nervous system development / respiratory electron transport chain / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV ...Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / EICOSANE / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Cytochrome c oxidase subunit 1 ...CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / EICOSANE / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Shinzawa-Itoh, K. / Muramoto, K.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP17H03646 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22370060 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18K06162 日本
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2021
タイトル: The 1.3-A Resolution structure of bovine cytochrome c oxidase suggests a dimerization mechanism
著者: Shinzawa-Itoh, K. / Hatanaka, M. / Fujita, K. / Yano, N. / Ogasawara, Y. / Iwata, J. / Yamashita, E. / Tsukihara, T. / Yoshikawa, S. / Muramoto, K.
履歴
登録2020年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,733159
ポリマ－409,97226
非ポリマー50,762133
水36,1562007
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,33679
ポリマ－204,98613
非ポリマー25,35066
水16,232901
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,39880
ポリマ－204,98613
非ポリマー25,41267
水13,241735
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)181.998, 204.193, 177.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21N
12B
22O
13C
23P
14D
24Q
15E
25R
16F
26S
17G
27T
18H
28U
19I
29V
110J
210W
111K
211X
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NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 526
2116N1 - 526
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ID
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2
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7
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11
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NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.992874, -0.004209, 0.119096), (-0.000825, -0.999109, -0.042192), (0.119167, -0.041989, 0.991986)164.909286, 626.181702, 3.40094
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4given(-0.993064, 0.000737, 0.117572), (-0.006167, -0.99893, -0.045827), (0.117413, -0.046234, 0.992006)163.56012, 627.472656, 5.05428
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9given(1), (1), (1)
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11given(1), (1), (1)
12given(-0.992978, -0.007816, 0.11804), (0.00355, -0.999334, -0.036306), (0.118245, -0.035632, 0.992345)166.351074, 624.475769, 1.46164
13given(1), (1), (1)
14given(-0.992674, -0.003588, 0.120769), (-0.001624, -0.999073, -0.043026), (0.120812, -0.042906, 0.991748)164.317001, 626.455872, 3.54662
15given(1), (1), (1)
16given(-0.992199, -0.000173, 0.124663), (-0.00553, -0.998954, -0.045397), (0.12454, -0.045732, 0.99116)162.653839, 627.273132, 4.10646
17given(1), (1), (1)
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19given(1), (1), (1)
20given(-0.992775, 0.004855, 0.119889), (-0.010977, -0.998666, -0.050455), (0.119484, -0.051406, 0.991504)162.190308, 628.970703, 6.23286
21given(1), (1), (1)
22given(-0.993621, 0.004438, 0.112682), (-0.007432, -0.99963, -0.026169), (0.112524, -0.026839, 0.993286)163.377777, 624.583435, -0.59852
23given(1), (1), (1)
24given(-0.992657, -0.009419, 0.120592), (0.004188, -0.999042, -0.043556), (0.120887, -0.042731, 0.991746)166.12204, 625.789307, 3.38452
25given(1), (1), (1)
26given(-0.992883, -0.017581, 0.117792), (0.012109, -0.998821, -0.047014), (0.118479, -0.045253, 0.991925)169.179886, 625.112427, 4.35528

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 26分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: MT-CO1, COI, COXI, MTCO1 / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530, cytochrome-c oxidase
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: MT-CO3, COIII, COXIII, MTCO3 / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415, cytochrome-c oxidase
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: COX4I1, COX4 / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: COX5A / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9549.802 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: COX6A2, COX6A / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: COX6B1, COX6B / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / Cytochrome c oxidase subunit STA


分子量: 8494.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: COX6C / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1 / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: COX7A1, COX7A, COX7AH / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7B / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: COX7B / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: COX7C, COX7CP1 / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8B / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: COX8B, COX8H / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175

-
糖 , 1種, 42分子

#20: 糖...
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 15種, 2098分子

#14: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#18: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID


分子量: 408.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#22: 化合物...
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT


分子量: 282.547 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: C20H42 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#24: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#25: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 749.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#26: 化合物 ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#29: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2007 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6.8
詳細: 40 mM sodium phosphate pH 6.8, 0.2% decylmaltoside, 1% polyethylene glycol 4000, 2% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 60 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→200 Å / Num. obs: 1596005 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.55 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 39.7
反射 シェル解像度: 1.3→1.31 Å / Num. unique obs: 39643 / Rpim(I) all: 0.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B1A

5b1a


解像度: 1.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.771 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1704 79183 5 %RANDOM
Rwork0.1485 ---
obs0.1496 1510822 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 158.86 Å2 / Biso mean: 30.499 Å2 / Biso min: 13.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å2-0 Å20 Å2
2---1.58 Å20 Å2
3---1.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27834 0 2608 2080 32522
Biso mean--50.74 40.92 -
残基数----3474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.01531953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01730504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.271.66843078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5261.58470978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17253573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.91121.71359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.983154675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.27115124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4660.24065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0233225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.026798
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.786362383
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A8860LOOSE POSITIONAL0.195
1A8860LOOSE THERMAL5.2110
2B3671LOOSE POSITIONAL0.375
2B3671LOOSE THERMAL9.1310
3C4854LOOSE POSITIONAL0.235
3C4854LOOSE THERMAL5.610
4D2242LOOSE POSITIONAL0.395
4D2242LOOSE THERMAL12.5210
5E1628LOOSE POSITIONAL0.445
5E1628LOOSE THERMAL8.9210
6F1380LOOSE POSITIONAL0.315
6F1380LOOSE THERMAL5.5310
7G1160LOOSE POSITIONAL0.425
7G1160LOOSE THERMAL7.8810
8H1180LOOSE POSITIONAL0.245
8H1180LOOSE THERMAL8.910
9I1147LOOSE POSITIONAL0.415
9I1147LOOSE THERMAL9.3510
10J858LOOSE POSITIONAL0.235
10J858LOOSE THERMAL7.0710
11K738LOOSE POSITIONAL0.325
11K738LOOSE THERMAL10.1610
12L712LOOSE POSITIONAL0.225
12L712LOOSE THERMAL7.0910
13M618LOOSE POSITIONAL0.295
13M618LOOSE THERMAL10.1710
LS精密化 シェル解像度: 1.301→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 5557 -
Rwork0.351 110987 -
all-116544 -
obs--99.15 %
精密化 TLS

L33: 0.0002 °2 / T12: 0.0001 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.000100.00010-0-0.0002-0.0002-0.0003-0.00040-00.00010.00010.00020.0050.00010.0096-0.00010.001661.443306.81198.507
20.00060.00070.00030.00090.0003-0.0005-0.00040.0006-0.00080.00010.00070.00020.00020.00040.005600.00980.00020.0006126.101311.423194.549
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 513
2X-RAY DIFFRACTION1A515 - 825
3X-RAY DIFFRACTION1A1002 - 1830
4X-RAY DIFFRACTION1B1 - 227
5X-RAY DIFFRACTION1B228 - 805
6X-RAY DIFFRACTION1B1001 - 1806
7X-RAY DIFFRACTION1C4 - 261
8X-RAY DIFFRACTION1C262 - 827
9X-RAY DIFFRACTION1C1021 - 1827
10X-RAY DIFFRACTION1D4 - 146
11X-RAY DIFFRACTION1D1045 - 1333
12X-RAY DIFFRACTION1E7 - 108
13X-RAY DIFFRACTION1E811 - 815
14X-RAY DIFFRACTION1E1059 - 1815
15X-RAY DIFFRACTION1F3 - 93
16X-RAY DIFFRACTION1F99 - 819
17X-RAY DIFFRACTION1F1058 - 1819
18X-RAY DIFFRACTION1G12 - 83
19X-RAY DIFFRACTION1G86 - 821
20X-RAY DIFFRACTION1G1072 - 1821
21X-RAY DIFFRACTION1H11 - 85
22X-RAY DIFFRACTION1H1068 - 1358
23X-RAY DIFFRACTION1I3 - 72
24X-RAY DIFFRACTION1I1101 - 1360
25X-RAY DIFFRACTION1J1 - 56
26X-RAY DIFFRACTION1J61 - 732
27X-RAY DIFFRACTION1J1062 - 1261
28X-RAY DIFFRACTION1K6 - 54
29X-RAY DIFFRACTION1K1006 - 1315
30X-RAY DIFFRACTION1L3 - 46
31X-RAY DIFFRACTION1L747
32X-RAY DIFFRACTION1L1071 - 1514
33X-RAY DIFFRACTION1M1 - 40
34X-RAY DIFFRACTION1M746
35X-RAY DIFFRACTION1M1239 - 1332
36X-RAY DIFFRACTION2N1 - 513
37X-RAY DIFFRACTION2N515 - 829
38X-RAY DIFFRACTION2N2002 - 2830
39X-RAY DIFFRACTION2O1 - 227
40X-RAY DIFFRACTION2O228 - 805
41X-RAY DIFFRACTION2O2001 - 2806
42X-RAY DIFFRACTION2P4 - 261
43X-RAY DIFFRACTION2P262 - 827
44X-RAY DIFFRACTION2P2021 - 2827
45X-RAY DIFFRACTION2Q10 - 146
46X-RAY DIFFRACTION2Q2045 - 2333
47X-RAY DIFFRACTION2R7 - 108
48X-RAY DIFFRACTION2R811 - 815
49X-RAY DIFFRACTION2R2059 - 2815
50X-RAY DIFFRACTION2S3 - 93
51X-RAY DIFFRACTION2S99 - 819
52X-RAY DIFFRACTION2S2058 - 2819
53X-RAY DIFFRACTION2T12 - 83
54X-RAY DIFFRACTION2T86 - 821
55X-RAY DIFFRACTION2T1196 - 2821
56X-RAY DIFFRACTION2U11 - 85
57X-RAY DIFFRACTION2U2003 - 2358
58X-RAY DIFFRACTION2V3 - 72
59X-RAY DIFFRACTION2V2074 - 2322
60X-RAY DIFFRACTION2W1 - 56
61X-RAY DIFFRACTION2W61 - 732
62X-RAY DIFFRACTION2W2062 - 2261
63X-RAY DIFFRACTION2X6 - 54
64X-RAY DIFFRACTION2X2006 - 2315
65X-RAY DIFFRACTION2Y3 - 46
66X-RAY DIFFRACTION2Y747
67X-RAY DIFFRACTION2Y2071 - 2514
68X-RAY DIFFRACTION2Z1 - 40
69X-RAY DIFFRACTION2Z746
70X-RAY DIFFRACTION2Z2097 - 2332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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