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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cnc | ||||||
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タイトル | cystal structure of human ERH in complex with DGCR8 | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of pre-miRNA processing / pyrimidine nucleoside metabolic process / protein-RNA adaptor activity / primary miRNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / primary miRNA processing / regulation of stem cell proliferation / microprocessor complex / methylosome / methyl-CpG binding ...positive regulation of pre-miRNA processing / pyrimidine nucleoside metabolic process / protein-RNA adaptor activity / primary miRNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / primary miRNA processing / regulation of stem cell proliferation / microprocessor complex / methylosome / methyl-CpG binding / nucleobase-containing compound metabolic process / MicroRNA (miRNA) biogenesis / double-stranded RNA binding / midbody / postsynaptic density / nuclear body / 細胞周期 / glutamatergic synapse / heme binding / 核小体 / protein homodimerization activity / RNA binding / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Li, F. / Shen, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020 タイトル: ERH facilitates microRNA maturation through the interaction with the N-terminus of DGCR8. 著者: Kwon, S.C. / Jang, H. / Shen, S. / Baek, S.C. / Kim, K. / Yang, J. / Kim, J. / Kim, J.S. / Wang, S. / Shi, Y. / Li, F. / Kim, V.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cnc.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cnc.ent.gz | 29.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cnc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/7cnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/7cnc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13291.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84090 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3516.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DGCR8, C22orf12, DGCRK6, LP4941 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WYQ5 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Imidazole malate pH 6, 8% w/v PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月23日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 20184 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 127866 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1W9G 解像度: 1.6→39.593 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.45 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 48.3 Å2 / Biso mean: 18.5273 Å2 / Biso min: 6.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→39.593 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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