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- PDB-7cnc: cystal structure of human ERH in complex with DGCR8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cnc
タイトルcystal structure of human ERH in complex with DGCR8
要素
  • Enhancer of rudimentary homolog
  • Microprocessor complex subunit DGCR8
キーワードPROTEIN BINDING / Protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine nucleoside metabolic process / positive regulation of pre-miRNA processing / microprocessor complex / protein-RNA adaptor activity / primary miRNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / primary miRNA processing / regulation of stem cell proliferation / methylosome / methyl-CpG binding ...pyrimidine nucleoside metabolic process / positive regulation of pre-miRNA processing / microprocessor complex / protein-RNA adaptor activity / primary miRNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / primary miRNA processing / regulation of stem cell proliferation / methylosome / methyl-CpG binding / nucleobase-containing compound metabolic process / MicroRNA (miRNA) biogenesis / double-stranded RNA binding / site of double-strand break / midbody / protein-macromolecule adaptor activity / postsynaptic density / nuclear body / heme binding / DNA damage response / nucleolus / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Enhancer of rudimentary signature. / Enhancer of rudimentary / Enhancer of rudimentary superfamily / Enhancer of rudimentary / Microprocessor complex subunit DGCR8 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / WW domain superfamily ...Enhancer of rudimentary signature. / Enhancer of rudimentary / Enhancer of rudimentary superfamily / Enhancer of rudimentary / Microprocessor complex subunit DGCR8 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Enhancer of rudimentary homolog / Microprocessor complex subunit DGCR8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Li, F. / Shen, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: ERH facilitates microRNA maturation through the interaction with the N-terminus of DGCR8.
著者: Kwon, S.C. / Jang, H. / Shen, S. / Baek, S.C. / Kim, K. / Yang, J. / Kim, J. / Kim, J.S. / Wang, S. / Shi, Y. / Li, F. / Kim, V.N.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhancer of rudimentary homolog
B: Microprocessor complex subunit DGCR8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8072
ポリマ－16,8072
非ポリマー00
水3,513195
1
A: Enhancer of rudimentary homolog
B: Microprocessor complex subunit DGCR8

A: Enhancer of rudimentary homolog
B: Microprocessor complex subunit DGCR8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6144
ポリマ－33,6144
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3660 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.848, 45.072, 43.479
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Enhancer of rudimentary homolog


分子量: 13291.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84090
#2: タンパク質・ペプチド Microprocessor complex subunit DGCR8 / DiGeorge syndrome critical region 8


分子量: 3516.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DGCR8, C22orf12, DGCRK6, LP4941 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WYQ5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Imidazole malate pH 6, 8% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 20184 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 127866
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.634.50.4067510.8270.1970.4540.90971.8
1.63-1.664.70.4217670.830.1990.4680.96573
1.66-1.695.30.3938810.8910.1770.4330.96482.8
1.69-1.725.60.3819620.9110.1710.4190.93592.6
1.72-1.765.90.3510190.9220.1520.3830.95696.5
1.76-1.86.20.31310770.9490.1330.3410.98398.4
1.8-1.856.40.30810130.9510.1310.3351.00899
1.85-1.96.40.26910520.9650.1140.2930.99999
1.9-1.956.40.22910450.9740.0960.2481.07397.1
1.95-2.026.40.1989940.980.0830.2151.08395.4
2.02-2.096.90.17910660.9850.0730.1941.14799.5
2.09-2.176.80.15310710.9880.0630.1661.16499.9
2.17-2.276.80.13710340.9890.0560.1481.18899.9
2.27-2.396.80.1210690.9910.0490.131.15499.3
2.39-2.546.30.10310090.9920.0440.1131.04696.2
2.54-2.7470.09310840.9950.0370.11.03899.4
2.74-3.017.10.0810510.9940.0320.0860.97299.4
3.01-3.456.70.06310760.9960.0260.0680.84499.4
3.45-4.346.60.05210630.9980.0210.0560.798.2
4.34-406.60.05211000.9970.0210.0560.66399

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W9G

1w9g


解像度: 1.6→39.593 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1859 920 4.83 %
Rwork0.168 18120 -
obs0.169 19040 89.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 48.3 Å2 / Biso mean: 18.5273 Å2 / Biso min: 6.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→39.593 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1041 0 0 195 1236
Biso mean---26.81 -
残基数----130
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6-1.68390.2268540.2065167457
1.6839-1.78940.19591100.1918228679
1.7894-1.92760.19321390.1867270694
1.9276-2.12160.22711290.1625282597
2.1216-2.42850.17041530.16222884100
2.4285-3.05950.17821620.1694283098
3.0595-39.5930.1811730.1599291599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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