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- PDB-7cmz: Crystal Structure of BRCT7/8 in Complex with the APS Motif of PHF8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cmz
タイトルCrystal Structure of BRCT7/8 in Complex with the APS Motif of PHF8
要素
  • DNA topoisomerase 2-binding protein 1
  • Histone lysine demethylase PHF8
キーワードPROTEIN BINDING/HYDROLASE / TOPBP1 / PROTEIN BINDING-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


broken chromosome clustering / histone H4K20 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / FAD-dependent histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / BRCA1-B complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation ...broken chromosome clustering / histone H4K20 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / FAD-dependent histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / BRCA1-B complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / phosphorylation-dependent protein binding / histone H3K36 demethylase activity / homologous recombination / DNA replication checkpoint signaling / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / chromatin-protein adaptor activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / mitotic DNA replication checkpoint signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / DNA metabolic process / response to ionizing radiation / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / histone H3K9 demethylase activity / site of DNA damage / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / histone demethylase activity / DNA replication initiation / chromosome organization / : / male germ cell nucleus / protein serine/threonine kinase activator activity / Condensation of Prophase Chromosomes / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / double-strand break repair via homologous recombination / HDMs demethylate histones / G2/M DNA damage checkpoint / brain development / PML body / G1/S transition of mitotic cell cycle / spindle pole / actin cytoskeleton / site of double-strand break / chromosome / Processing of DNA double-strand break ends / nuclear membrane / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / nuclear body / chromatin remodeling / iron ion binding / DNA repair / centrosome / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / TopBP1, BRCT0 domain / TopBP1, first BRCT domain / : / TopBP1/SLF1, BRCT domain / Secretoglobin superfamily / Jumonji, helical domain / twin BRCT domain / Jumonji helical domain / : ...: / TopBP1, BRCT0 domain / TopBP1, first BRCT domain / : / TopBP1/SLF1, BRCT domain / Secretoglobin superfamily / Jumonji, helical domain / twin BRCT domain / Jumonji helical domain / : / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / JmjC domain, hydroxylase / breast cancer carboxy-terminal domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / BRCT domain profile. / BRCT domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / BRCT domain superfamily / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA topoisomerase 2-binding protein 1 / Histone lysine demethylase PHF8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.695 Å
データ登録者Che, S.Y. / Ma, S. / Cao, C. / Yao, Z. / Shi, L. / Yang, N.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81972660 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31671474 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0107004 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508902 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: PHF8-promoted TOPBP1 demethylation drives ATR activation and preserves genome stability.
著者: Ma, S. / Cao, C. / Che, S. / Wang, Y. / Su, D. / Liu, S. / Gong, W. / Liu, L. / Sun, J. / Zhao, J. / Wang, Q. / Song, N. / Ge, T. / Guo, Q. / Tian, S. / Chen, C.D. / Zhang, T. / Wang, J. / ...著者: Ma, S. / Cao, C. / Che, S. / Wang, Y. / Su, D. / Liu, S. / Gong, W. / Liu, L. / Sun, J. / Zhao, J. / Wang, Q. / Song, N. / Ge, T. / Guo, Q. / Tian, S. / Chen, C.D. / Zhang, T. / Wang, J. / Ding, X. / Yang, F. / Ying, G. / Yang, J. / Zhang, K. / Zhu, Y. / Yao, Z. / Yang, N. / Shi, L.
履歴
登録2020年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2-binding protein 1
B: Histone lysine demethylase PHF8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5444
ポリマ－28,4822
非ポリマー622
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.517, 60.350, 66.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 2-binding protein 1 / DNA topoisomerase II-beta-binding protein 1 / TopBP1 / DNA topoisomerase II-binding protein 1


分子量: 26059.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOPBP1, KIAA0259 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92547
#2: タンパク質・ペプチド Histone lysine demethylase PHF8 / PHD finger protein 8 / [histone H3]-dimethyl-L-lysine(36) demethylase PHF8 / [histone H3]-dimethyl- ...PHD finger protein 8 / [histone H3]-dimethyl-L-lysine(36) demethylase PHF8 / [histone H3]-dimethyl-L-lysine(9) demethylase PHF8


分子量: 2422.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9UPP1, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase, [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.55 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Sodium phosphate monobasic monohydrate, Potassium phosphate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月31日
放射モノクロメーター: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.695→40 Å / Num. obs: 24740 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.695-1.736.20.37511980.9290.1620.4090.85299.9
1.73-1.766.40.34212120.9460.1450.3720.83899.9
1.76-1.796.50.29312100.9490.1240.3190.904100
1.79-1.836.40.25812410.9690.110.2810.90699.9
1.83-1.876.40.21212090.9750.090.2310.93399.9
1.87-1.916.10.19512030.9760.0850.2130.98499.6
1.91-1.9660.16412230.9780.0720.181.073100
1.96-2.026.70.13512320.9880.0560.1471.10299.9
2.02-2.076.70.1212280.990.050.131.109100
2.07-2.146.60.10312290.9920.0430.1121.09599.8
2.14-2.226.50.09412100.9930.040.1031.104100
2.22-2.316.20.08712270.9930.0380.0951.05399.8
2.31-2.416.20.07612320.9940.0330.0831.04599.8
2.41-2.546.70.06712330.9960.0280.0730.98399.9
2.54-2.76.60.06112480.9970.0260.0670.892100
2.7-2.916.50.05512510.9970.0230.0590.89699.7
2.91-3.26.20.0512460.9970.0220.0550.89499.8
3.2-3.666.70.04612550.9980.0190.050.90499.9
3.66-4.616.10.04412870.9970.020.0490.90799.8
4.61-406.10.04113660.9980.0170.0440.68899.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3al2

3al2


解像度: 1.695→34.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.231 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1223 5 %RANDOM
Rwork0.1782 ---
obs0.18 23251 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.52 Å2 / Biso mean: 14.848 Å2 / Biso min: 4.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å20 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.695→34.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1853 0 2 289 2144
Biso mean--18.24 27.01 -
残基数----232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0131925
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6791.6322612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4891.5714105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6725239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.99522.212104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.07215329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7921512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02417
LS精密化 シェル解像度: 1.695→1.739 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 84 -
Rwork0.231 1473 -
obs--87.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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