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万見
- PDB-7cmo: Crystal structure of human inorganic pyrophosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cmo
タイトルCrystal structure of human inorganic pyrophosphatase
要素Inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / Complex / Monomer
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrophosphate hydrolysis / inorganic diphosphatase / Cytosolic tRNA aminoacylation / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - ドメイン・相同性
Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Hu, F. / Huang, Z. / Li, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81802001 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical characterization of inorganic pyrophosphatase from Homo sapiens.
著者: Hu, F. / Huang, Z. / Zheng, S. / Wu, Q. / Chen, Y. / Lin, H. / Huang, W. / Li, L.
履歴
登録2020年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase
D: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,8204
ポリマ－130,8204
非ポリマー00
水00
1
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4102
ポリマ－65,4102
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
2
C: Inorganic pyrophosphatase
D: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4102
ポリマ－65,4102
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.905, 135.041, 212.707
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 24 through 44 or resid 46 through 124 or resid 133 through 306))
21(chain B and (resid 24 through 44 or resid 46 through 124 or resid 133 through 306))
31(chain C and resid 24 through 306)
41(chain D and (resid 24 through 44 or resid 46 through 124 or resid 133 through 306))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 24 through 44 or resid 46 through 124 or resid 133 through 306))A24 - 44
121(chain A and (resid 24 through 44 or resid 46 through 124 or resid 133 through 306))A46 - 124
131(chain A and (resid 24 through 44 or resid 46 through 124 or resid 133 through 306))A133 - 306
211(chain B and (resid 24 through 44 or resid 46 through 124 or resid 133 through 306))B24 - 44
221(chain B and (resid 24 through 44 or resid 46 through 124 or resid 133 through 306))B46 - 124
231(chain B and (resid 24 through 44 or resid 46 through 124 or resid 133 through 306))B133 - 306
311(chain C and resid 24 through 306)C24 - 306
411(chain D and (resid 24 through 44 or resid 46 through 124 or resid 133 through 306))D24 - 44
421(chain D and (resid 24 through 44 or resid 46 through 124 or resid 133 through 306))D46 - 124
431(chain D and (resid 24 through 44 or resid 46 through 124 or resid 133 through 306))D133 - 306

-
要素

#1: タンパク質
Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho-hydrolase / PPase


分子量: 32705.037 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPA1, IOPPP, PP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15181, inorganic diphosphatase
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20%PEG4K, 50mM Li2SO4,50 Mm Na2SO4,pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.597→48.97 Å / Num. obs: 20300 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.05 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3.4→3.521 Å / Num. unique obs: 20287 / CC1/2: 0.998

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C45

6c45


解像度: 3.4→39.06 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2773 1013 4.99 %
Rwork0.2206 19274 -
obs0.2234 20287 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 190.84 Å2 / Biso mean: 105.8269 Å2 / Biso min: 73.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→39.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8919 0 0 0 8919
残基数----1120
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3285X-RAY DIFFRACTION9.426TORSIONAL
12B3285X-RAY DIFFRACTION9.426TORSIONAL
13C3285X-RAY DIFFRACTION9.426TORSIONAL
14D3285X-RAY DIFFRACTION9.426TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4-3.580.3581440.31332743288799
3.58-3.80.32281380.29432628276696
3.8-4.10.31871450.275327392884100
4.1-4.510.30391460.21427772923100
4.51-5.160.24971440.19062743288799
5.16-6.50.28581470.20862790293798
6.5-39.060.23271490.19212854300396
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.0387 Å / Origin y: -1.2126 Å / Origin z: -39.0941 Å
111213212223313233
T0.8961 Å20.0184 Å20.0776 Å2-1.0049 Å20.045 Å2--0.9895 Å2
L0.1216 °2-0.1389 °20.3829 °2-0.2861 °20.0993 °2--0.6569 °2
S-0.0894 Å °-0.0074 Å °0.058 Å °0.1149 Å °-0.0453 Å °0.016 Å °0.0837 Å °0.1311 Å °0.136 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 288
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 286
3X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 287
4X-RAY DIFFRACTION1allD4 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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