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- PDB-7cme: Crystal structure of human P-cadherin MEC12 (X dimer) in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cme
タイトルCrystal structure of human P-cadherin MEC12 (X dimer) in complex with 2-(5-chloro-2-methyl-1H-indol-3-yl)ethan-1-amine (inhibitor)
要素Cadherin-3
キーワードCELL ADHESION / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tyrosinase activity / negative regulation of timing of catagen / positive regulation of melanosome transport / hair cycle process / positive regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of melanin biosynthetic process / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell-cell adhesion mediated by cadherin / adherens junction organization / catenin complex ...positive regulation of tyrosinase activity / negative regulation of timing of catagen / positive regulation of melanosome transport / hair cycle process / positive regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of melanin biosynthetic process / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell-cell adhesion mediated by cadherin / adherens junction organization / catenin complex / cell-cell junction assembly / Adherens junctions interactions / retina homeostasis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / keratinization / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / visual perception / adherens junction / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / beta-catenin binding / cell morphogenesis / cell junction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell migration / cell adhesion / cadherin binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain ...Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(5-chloro-2-methyl-1H-indol-3-yl)ethan-1-amine / Cadherin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Senoo, A. / Ito, S. / Ueno, G. / Nagatoishi, S. / Tsumoto, K.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Regulation of cadherin dimerization by chemical fragments as a trigger to inhibit cell adhesion
著者: Senoo, A. / Ito, S. / Nagatoishi, S. / Saito, Y. / Ueno, G. / Kuroda, D. / Yoshida, K. / Tashima, T. / Kudo, S. / Sando, S. / Tsumoto, K.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadherin-3
B: Cadherin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,86713
ポリマ－46,8442
非ポリマー1,02311
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area20900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.828, 99.113, 107.928
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cadherin-3 / Placental cadherin / P-cadherin


分子量: 23422.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH3, CDHP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22223
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-G60 / 2-(5-chloro-2-methyl-1H-indol-3-yl)ethan-1-amine / 2-(2-メチル-5-クロロ-1H-インド-ル-3-イル)エチルアミン


分子量: 208.687 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13ClN2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.17M Sodium acetate trihydrate, 0.085M TRIS pH 8.5, w/v 25.5% PEG 4000, 15% v/v Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→45.04 Å / Num. obs: 31971 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.38 % / Biso Wilson estimate: 68.736 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.862 / Net I/σ(I): 19.21 / Num. measured all: 235947
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.45-2.67.4661.5581.337762507050580.5381.67499.8
2.6-2.787.5180.8292.5235997479047880.8340.89100
2.78-37.5070.3855.2233497446244620.9620.414100
3-3.297.4890.16511.6130990413841380.9920.177100
3.29-3.677.4360.0822.3827876374937490.9980.086100
3.67-4.247.3060.04637.2624328333033300.9990.05100
4.24-5.187.2020.03447.0520541285228520.9990.036100
5.18-7.287.1040.03546.4116006225322530.9990.038100
7.28-45.046.6740.02257.8489501349134110.02499.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.19 Å45.04 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4zmq

4zmq


解像度: 2.45→45.04 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 1647 5.15 %
Rwork0.2087 30317 -
obs0.2107 31964 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.93 Å2 / Biso mean: 76.5952 Å2 / Biso min: 38.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→45.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3280 0 107 29 3416
Biso mean--121.66 59.52 -
残基数----428
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.45-2.530.35711380.339124622600
2.53-2.610.34621550.318424762631
2.61-2.70.39151360.308724772613
2.7-2.810.32571450.288524742619
2.81-2.940.36231350.274625142649
2.94-3.090.29221360.248725062642
3.09-3.290.31571400.238324982638
3.29-3.540.29751400.237525242664
3.54-3.890.2561370.196725182655
3.89-4.460.19151090.1825922701
4.46-5.610.17911360.168325682704
5.61-45.040.21771400.181527082848

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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