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- PDB-7clx: Crystal structure of the DOCK8 DHR-1 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7clx
タイトルCrystal structure of the DOCK8 DHR-1 domain
要素Dedicator of cytokinesis protein 8
キーワードSIGNALING PROTEIN / Guanine nucleotide exchange factor / Dock / Rho GTPase / Cdc42 / membrane / phosphoinositide
機能・相同性
機能・相同性情報


memory T cell proliferation / RHOJ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / dendritic cell migration / immunological synapse formation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / negative regulation of T cell apoptotic process / cellular response to chemokine / positive regulation of establishment of T cell polarity ...memory T cell proliferation / RHOJ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / dendritic cell migration / immunological synapse formation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / negative regulation of T cell apoptotic process / cellular response to chemokine / positive regulation of establishment of T cell polarity / small GTPase-mediated signal transduction / cell leading edge / lamellipodium membrane / positive regulation of T cell migration / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dedicator of cytokinesis C, C2 domain / Dedicator of cytokinesis C/D, N-terminal / Dedicator of cytokinesis C/D, N terminal / Dedicator of cytokinesis / C2 DOCK-type domain / DOCKER domain / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe A / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe C / DOCKER, Lobe A / DOCKER, Lobe B ...Dedicator of cytokinesis C, C2 domain / Dedicator of cytokinesis C/D, N-terminal / Dedicator of cytokinesis C/D, N terminal / Dedicator of cytokinesis / C2 DOCK-type domain / DOCKER domain / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe A / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe C / DOCKER, Lobe A / DOCKER, Lobe B / DOCKER, Lobe C / DHR-2, Lobe A / C2 domain in Dock180 and Zizimin proteins / DHR-2, Lobe C / DHR-2, Lobe B / C2 DOCK-type domain profile. / DOCKER domain profile. / C2 domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dedicator of cytokinesis protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kukimoto-Niino, M. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Fukui, Y. / Uruno, T.
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2021
タイトル: A conserved PI(4,5)P2-binding domain is critical for immune regulatory function of DOCK8.
著者: Sakurai, T. / Kukimoto-Niino, M. / Kunimura, K. / Yamane, N. / Sakata, D. / Aihara, R. / Yasuda, T. / Yokoyama, S. / Shirouzu, M. / Fukui, Y. / Uruno, T.
履歴
登録2020年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dedicator of cytokinesis protein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4821
ポリマ－21,4821
非ポリマー00
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.275, 89.275, 49.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-890-

HOH

21A-904-

HOH

31A-1030-

HOH

41A-1031-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dedicator of cytokinesis protein 8


分子量: 21482.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dock8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Cell-free protein synthesis / 参照: UniProt: Q8C147
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3350, di-sodium hydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 32687 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 35.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3182 / Rrim(I) all: 0.886 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→33.146 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1986 1668 5.11 %
Rwork0.1753 --
obs0.1764 32634 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.146 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1439 0 0 234 1673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8482015
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.691543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.498-1.54210.28531420.2572485X-RAY DIFFRACTION98
1.5421-1.59190.27231350.22692528X-RAY DIFFRACTION100
1.5919-1.64880.23591360.21732544X-RAY DIFFRACTION100
1.6488-1.71480.21811210.19612560X-RAY DIFFRACTION100
1.7148-1.79280.21311380.19692533X-RAY DIFFRACTION100
1.7928-1.88730.21561390.18192579X-RAY DIFFRACTION100
1.8873-2.00560.19291520.16142546X-RAY DIFFRACTION100
2.0056-2.16040.19011390.16772570X-RAY DIFFRACTION100
2.1604-2.37780.19331570.17042575X-RAY DIFFRACTION100
2.3778-2.72170.23361360.18492610X-RAY DIFFRACTION100
2.7217-3.42850.18561350.16582649X-RAY DIFFRACTION100
3.4285-33.15380.16971380.16172787X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12020.5468-1.23832.0241-0.5572.12080.0963-0.16350.04240.0682-0.155-0.1218-0.17020.22960.01230.1664-0.0104-0.00130.15160.02940.1927-15.93116.8458-2.9144
24.25351.2174-3.19282.3739-0.09024.35240.0182-0.73510.05460.3502-0.17030.43020.16030.00880.0740.188-0.02810.04410.1774-0.01160.2038-28.9737-8.69232.2263
35.48391.32172.58136.35142.48047.43830.1701-0.04850.08640.3089-0.0051-0.26770.2510.0358-0.17080.10750.00130.00490.10830.02770.1208-10.8144-5.8388-4.4261
41.6582-2.1102-1.24423.0070.39491.5491-0.1591-0.25940.11330.37880.2101-0.0288-0.12560.0266-0.03210.18460.0339-0.00060.173-0.02330.1508-20.39850.20446.4312
52.65630.9756-0.02182.6049-0.41483.10150.0164-0.0341-0.0639-0.08170.07320.07760.1124-0.0692-0.04760.07730.01330.00180.07790.02520.1122-17.507-4.641-7.4005
64.46773.1472-1.59718.73650.71054.97070.08451.36760.71750.67740.85631.2326-0.3224-0.404-0.80281.24480.01750.35890.87560.18250.9497-30.6793-25.137910.8055
73.35730.3355-0.44824.9781-2.69956.33460.0021-0.2211-0.29840.18270.0670.01220.3788-0.1302-0.02880.1692-0.0292-0.01490.13990.02550.1654-25.0625-12.0711-4.9807
84.3080.9835-1.11262.26170.04721.8984-0.07140.84640.3791-0.39410.16350.2828-0.1341-0.3172-0.22740.205-0.0133-0.02820.26960.09510.2385-24.70312.1469-15.3639
94.89812.3235-1.42732.19550.92273.6592-0.23750.6488-0.3099-0.25460.115-0.01750.206-0.28750.07970.1917-0.0321-0.00450.2336-0.00990.1934-28.052-14.4725-14.8135
101.2172-0.3714-1.34220.64630.11341.41570.208-0.13330.55240.1175-0.13420.2732-0.11190.0853-0.06980.13580.0071-0.02150.16360.03860.16-23.51672.7209-5.1148
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 557 through 571 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 572 through 590 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 591 through 607 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 608 through 631 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 632 through 653 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 654 through 663 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 664 through 673 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 674 through 687 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 688 through 715 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 716 through 736 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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