PDB-7clj: Crystal structure of Thermoplasmatales archaeon heliorhodopsin E1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7clj

タイトル

Crystal structure of Thermoplasmatales archaeon heliorhodopsin E108D mutant

要素

heliorhodopsin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Alpha-helical

機能・相同性

Heliorhodopsin / Heliorhodopsin / identical protein binding / membrane / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Heliorhodopsin HeR

機能・相同性情報

生物種

Thermoplasmatales archaeon SG8-52-1 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Tanaka, T. / Shihoya, W. / Yamashita, K. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for unique color tuning mechanism in heliorhodopsin.
著者: Tanaka, T. / Singh, M. / Shihoya, W. / Yamashita, K. / Kandori, H. / Nureki, O.

履歴

登録	2020年7月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.2	2020年11月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7clj.cif.gz	75.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7clj.ent.gz	51.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7clj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7clj_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7clj_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	7clj_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	7clj_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/7clj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/7clj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6is6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6vpm-d 5kgp-d 4c3p-d 5kgh-d 3a6o-2 5kf1-d 1zhh-d 2h08-d 6kmn-1 6i8q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.3871080 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (2) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (2)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: heliorhodopsin

ヘテロ分子

35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: heliorhodopsin

ヘテロ分子

A: heliorhodopsin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.860, 72.860, 115.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	heliorhodopsin 分子量: 29872.273 Da / 分子数: 1 / 変異: E108D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoplasmatales archaeon SG8-52-1 (古細菌) 遺伝子: AYK20_03510 / プラスミド: pET21a (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 (Rosetta) / 参照: UniProt: A0A151EDA9
#2: 化合物	ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5 詳細: 25% PEG 350 MME, 100mM Na-citrate, 100mM ammonium sulfate or lithium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 9975 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.71 % / CC_1/2: 0.982 / R_rim(I) all: 0.38 / Net I/σ(I): 5.36

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
7.58-30	7.26	15.99	464	0.997	0.121	96.5
5.44-7.58	7.78	10.01	732	0.986	0.194	100
4.47-5.44	6.97	11.01	894	0.982	0.187	98.5
3.88-4.47	7.28	9.71	1032	0.97	0.215	98.8
3.48-3.88	7.72	5.76	1173	0.959	0.374	99.7
3.18-3.48	7.91	3.83	1288	0.92	0.568	99.6
2.94-3.18	8.03	2.26	1382	0.792	0.965	99.4
2.76-2.94	8.21	1.67	1480	0.71	1.238	99.5
2.6-2.76	7.6	1.04	1530	0.484	1.806	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6is6

6is6

解像度: 2.6→28.368 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 16.319 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.428 / ESU R Free: 0.368 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2834	502	5.033 %
R_work	0.2215	9473	-
all	0.225	-	-
obs	-	9975	99.096 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.753 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.017 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.017 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.033 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.368 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2007	0	250	15	2272

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.359	1.725	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.166	1.723	5195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.284	5	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.561	21.758	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.287	15	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.758	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.249	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.435	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.884	3.763	999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.885	3.758	998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.158	5.635	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.156	5.642	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.988	4.362	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.987	4.364	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.25	6.341	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.249	6.344	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.992	72.38	9091
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.991	72.384	9092

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.668	0.298	36	0.312	662	X-RAY DIFFRACTION	98.1716
2.668-2.741	0.372	36	0.292	666	X-RAY DIFFRACTION	98.7342
2.741-2.82	0.34	34	0.267	647	X-RAY DIFFRACTION	99.5614
2.82-2.907	0.342	34	0.257	635	X-RAY DIFFRACTION	99.2582
2.907-3.002	0.236	32	0.242	594	X-RAY DIFFRACTION	99.523
3.002-3.107	0.304	30	0.234	601	X-RAY DIFFRACTION	99.2138
3.107-3.224	0.287	31	0.227	574	X-RAY DIFFRACTION	99.5066
3.224-3.355	0.291	30	0.226	561	X-RAY DIFFRACTION	99.8311
3.355-3.504	0.352	29	0.229	544	X-RAY DIFFRACTION	99.6522
3.504-3.674	0.287	26	0.218	511	X-RAY DIFFRACTION	99.8141
3.674-3.872	0.242	27	0.205	491	X-RAY DIFFRACTION	99.6154
3.872-4.106	0.189	24	0.211	462	X-RAY DIFFRACTION	99.3865
4.106-4.388	0.274	23	0.19	431	X-RAY DIFFRACTION	99.1266
4.388-4.738	0.308	21	0.179	406	X-RAY DIFFRACTION	96.3883
4.738-5.187	0.277	21	0.18	388	X-RAY DIFFRACTION	99.7561
5.187-5.794	0.312	18	0.238	348	X-RAY DIFFRACTION	99.187
5.794-6.68	0.295	17	0.23	322	X-RAY DIFFRACTION	100
6.68-8.158	0.2	15	0.203	275	X-RAY DIFFRACTION	100
8.158-11.437	0.173	11	0.157	221	X-RAY DIFFRACTION	99.5708
11.437-28.368	0.394	7	0.333	134	X-RAY DIFFRACTION	98.6014

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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