PDB-7clf: PigF with SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7clf

タイトル

PigF with SAH

要素

Methyltransferase domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / prodigiosin / PigF / methyl-transferase / induce-fit

機能・相同性

機能・相同性情報

O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.982 Å

データ登録者

Qiu, S. / Xu, D. / Han, N. / Sun, B. / Ran, T. / Wang, W.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of PigF, an O-methyltransferase involved in the prodigiosin synthetic pathway, reveal an induced-fit substrate-recognition mechanism.
著者: Qiu, S. / Xu, D. / Xu, M. / Zhou, H. / Sun, N. / Zhang, L. / Zhao, M. / He, J. / Ran, T. / Sun, B. / Wang, W.

履歴

登録	2020年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7clf.cif.gz	255.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7clf.ent.gz	208.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7clf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/7clf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/7clf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cluC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5icg-1 6i5q-2 4a6d-1 4u6s-1 4a6e-1 5uyy-1 4gjt-d 6v89-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltransferase domain-containing protein

B: Methyltransferase domain-containing protein

ヘテロ分子

78.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.900, 109.200, 63.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.100, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Methyltransferase domain-containing protein / Putative O-methyl transferase / SAM-dependent methyltransferase 分子量: 38710.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: pigF, AR325_07835, E4655_02280, FOT62_11605 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5W249
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.08 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.0087 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0087 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→20 Å / Num. obs: 41497 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.77 % / CC_1/2: 0.995 / R_rim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 10.53
反射シェル	解像度: 1.98→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6708 / CC_1/2: 0.707 / R_rim(I) all: 0.936 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.982→19.675 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2489	2090	5.037 %
R_work	0.188	39407	-
all	0.191	-	-
obs	-	41497	99.508 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.754 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.054 Å²	-0 Å²	-0.762 Å²
2-	-	-1.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.446 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.982→19.675 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5254	0	60	321	5635

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5448
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.174	0.017	5019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.73	1.636	7386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.529	1.577	11578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.402	5	668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.458	21.364	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.158	15	866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.141	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	692
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.026	0.02	6200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.022	0.02	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.228	0.2	5038
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	2658
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.138	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.326	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.307	2.583	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.307	2.583	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.818	3.854	3350
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.817	3.854	3351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.184	2.736	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.184	2.736	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.917	4.011	4036
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.916	4.01	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.219	30.18	6307
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.218	30.18	6308

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.982-2.033	0.356	161	0.283	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.0853
2.033-2.089	0.32	150	0.259	2852	X-RAY DIFFRACTION	99.7011
2.089-2.15	0.296	156	0.243	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.5854
2.15-2.216	0.291	164	0.223	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.7894
2.216-2.288	0.323	137	0.225	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.6352
2.288-2.368	0.257	126	0.215	2506	X-RAY DIFFRACTION	99.7347
2.368-2.458	0.27	124	0.205	2452	X-RAY DIFFRACTION	99.845
2.458-2.558	0.329	133	0.197	2319	X-RAY DIFFRACTION	99.5938
2.558-2.671	0.243	128	0.202	2216	X-RAY DIFFRACTION	99.6175
2.671-2.802	0.264	113	0.199	2150	X-RAY DIFFRACTION	99.6477
2.802-2.953	0.291	111	0.193	2044	X-RAY DIFFRACTION	99.7685
2.953-3.132	0.268	87	0.189	1942	X-RAY DIFFRACTION	99.9015
3.132-3.347	0.238	88	0.187	1816	X-RAY DIFFRACTION	99.6337
3.347-3.614	0.201	87	0.171	1697	X-RAY DIFFRACTION	99.3872
3.614-3.958	0.216	86	0.155	1557	X-RAY DIFFRACTION	99.7571
3.958-4.423	0.18	72	0.129	1411	X-RAY DIFFRACTION	99.3302
4.423-5.103	0.187	57	0.152	1240	X-RAY DIFFRACTION	99.0833
5.103-6.241	0.203	48	0.171	1079	X-RAY DIFFRACTION	99.9113
6.241-8.783	0.206	51	0.159	817	X-RAY DIFFRACTION	99.7701
8-10	0.156	11	0.152	438	X-RAY DIFFRACTION	90.342

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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