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- PDB-7cl2: The crystal structure of KanJ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cl2
タイトルThe crystal structure of KanJ
要素Kanamycin B dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / kanamycin biosynthesis
機能・相同性kanamycin B dioxygenase / : / kanamycin biosynthetic process / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / NICKEL (II) ION / Kanamycin B dioxygenase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces kanamyceticus (カナマイシン生産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kitayama, Y. / Miyanaga, A. / Kudo, F. / Eguchi, T.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Stepwise Post-glycosylation Modification of Sugar Moieties in Kanamycin Biosynthesis.
著者: Kudo, F. / Kitayama, Y. / Miyanaga, A. / Numakura, M. / Eguchi, T.
履歴
登録2020年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Kanamycin B dioxygenase
B: Kanamycin B dioxygenase
C: Kanamycin B dioxygenase
D: Kanamycin B dioxygenase
E: Kanamycin B dioxygenase
F: Kanamycin B dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,73720
ポリマ－201,6256
非ポリマー1,11314
水12,340685
1
A: Kanamycin B dioxygenase
B: Kanamycin B dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6107
ポリマ－67,2082
非ポリマー4025
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Kanamycin B dioxygenase
ヘテロ分子

D: Kanamycin B dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5186
ポリマ－67,2082
非ポリマー3104
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
3
E: Kanamycin B dioxygenase
F: Kanamycin B dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6107
ポリマ－67,2082
非ポリマー4025
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.202, 182.209, 109.228
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETHISHISAA1 - 27517 - 291
21METMETHISHISBB1 - 27517 - 291
12HISHISLEULEUAA0 - 27616 - 292
22HISHISLEULEUCC0 - 27616 - 292
13HISHISHISHISAA0 - 27516 - 291
23HISHISHISHISDD0 - 27516 - 291
14HISHISHISHISAA0 - 27516 - 291
24HISHISHISHISEE0 - 27516 - 291
15HISHISLEULEUAA0 - 27616 - 292
25HISHISLEULEUFF0 - 27616 - 292
16METMETHISHISBB1 - 27517 - 291
26METMETHISHISCC1 - 27517 - 291
17METMETASPASPBB1 - 27917 - 295
27METMETPHEPHEDD1 - 28217 - 298
18METMETHISHISBB1 - 27517 - 291
28METMETHISHISEE1 - 27517 - 291
19METMETHISHISBB1 - 27517 - 291
29METMETHISHISFF1 - 27517 - 291
110HISHISHISHISCC0 - 27516 - 291
210HISHISHISHISDD0 - 27516 - 291
111HISHISHISHISCC0 - 27516 - 291
211HISHISHISHISEE0 - 27516 - 291
112HISHISLEULEUCC0 - 27616 - 292
212HISHISLEULEUFF0 - 27616 - 292
113HISHISHISHISDD0 - 27516 - 291
213HISHISHISHISEE0 - 27516 - 291
114HISHISHISHISDD0 - 27516 - 291
214HISHISHISHISFF0 - 27516 - 291
115HISHISLEULEUEE0 - 27616 - 292
215HISHISLEULEUFF0 - 27616 - 292

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質
Kanamycin B dioxygenase / Kanamycin biosynthesis protein J


分子量: 33604.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces kanamyceticus (カナマイシン生産菌)
遺伝子: kanJ, kacB / プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6L732, kanamycin B dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, Lithium sulfate, Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月26日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 131122 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 6449 / CC1/2: 0.742 / Rpim(I) all: 0.507 / Rrim(I) all: 0.73 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→46.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 8.57 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2062 6620 5.1 %RANDOM
Rwork0.1836 ---
obs0.1847 124456 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 138.31 Å2 / Biso mean: 53.094 Å2 / Biso min: 26.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.62 Å20 Å20.74 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13044 0 48 685 13777
Biso mean--61.47 48.28 -
残基数----1670
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01313515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01712287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3961.64618538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2521.56728533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.27851662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.321.489712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.911151963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.15215103
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022696
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A88110.05
12B88110.05
21A89420.05
22C89420.05
31A88920.05
32D88920.05
41A87840.07
42E87840.07
51A89210.05
52F89210.05
61B87700.06
62C87700.06
71B88760.05
72D88760.05
81B87920.06
82E87920.06
91B87510.06
92F87510.06
101C89090.05
102D89090.05
111C88330.06
112E88330.06
121C88780.05
122F88780.05
131D88200.06
132E88200.06
141D88620.04
142F88620.04
151E88370.06
152F88370.06
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 491 -
Rwork0.269 9190 -
all-9681 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3214-0.3020.34931.4735-0.28491.91340.0056-0.0391-0.0528-0.09630.216-0.00060.2824-0.0235-0.22150.35230.004-0.10920.062-0.01640.0503-11.82848.61292.57
20.98750.0046-0.15041.9785-0.03660.9890.05920.0153-0.0649-0.1406-0.03-0.131-0.03640.0832-0.02910.3291-0.0132-0.05230.1512-0.01870.0282-27.14282.4279.022
31.7651-0.14190.60871.3072-0.42792.2626-0.08940.1159-0.13290.1439-0.0085-0.09140.10780.08790.09780.40940.0312-0.03880.13610.01490.0351-12.9197.833-5.422
41.2641-0.15640.00211.3584-0.35552.76330.08740.01670.0752-0.0976-0.10180.05140.0231-0.07230.01430.3574-0.0035-0.06410.1467-0.01190.020623.213.826-42.158
50.75380.54430.09442.08710.21311.22620.0207-0.1001-0.00880.51310.1177-0.26770.21780.2168-0.13830.60650.2111-0.2560.2411-0.12530.118611.14432.8720.962
61.3270.0572-1.20831.96532.18386.54850.21370.04280.0855-0.5085-0.00970.1691-0.89240.0678-0.2040.52970.0839-0.15790.1414-0.1140.15265.06765.92742.529
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 302
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 302
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 302
5X-RAY DIFFRACTION5E-1 - 302
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 302

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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