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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ck0 | |||||||||
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タイトル | Room temperature structure of glucose isomerase delivered in lard by serial millisecond crystallography | |||||||||
![]() | Xylose isomerase | |||||||||
![]() | ISOMERASE / glucose isomerase / serial crystallography / serial millisecond crystallography / serial synchrotron crystallography / lard / delivery medium | |||||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nam, K.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Lard Injection Matrix for Serial Crystallography. 著者: Nam, K.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7cjzC ![]() 5zydS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 % |
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結晶化 | 温度: 293.5 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298.15 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→72.46 Å / Num. obs: 45422 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 565.1 % / CC1/2: 0.9772 / CC star: 0.9942 / Net I/σ(I): 5.72 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 387.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / Num. unique obs: 4492 / CC1/2: 0.5476 / CC star: 0.8412 / % possible all: 100 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5ZYD 解像度: 1.8→71.8 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 82.98 Å2 / Biso mean: 30.6742 Å2 / Biso min: 18.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→71.8 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %
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