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- PDB-7cjy: Drimenol synthase from Persicaria hydropiper -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cjy
タイトルDrimenol synthase from Persicaria hydropiper
要素(-)-drimenol synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / terpene synthase / sesquiterpene synthase / drimane / terpene / sesquiterpene
機能・相同性
機能・相同性情報


(-)-drimenol synthase / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(-)-drimenol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Persicaria hydropiper (ヤナギタデ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xiao, W. / Zhou, H. / Zhou, M.T. / Liu, L. / Xiang, Z.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and Biochemical Studies of Drimenol Synthase from Persicaria hydropiper
著者: Xiao, W. / Zhou, H. / Zhou, M.T. / Liu, L. / Xiang, Z.
履歴
登録2020年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: (-)-drimenol synthase
B: (-)-drimenol synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,9942
ポリマ－125,9942
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area44760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)232.530, 60.090, 106.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.875, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYASPASP(chain 'A' and (resid 18 through 174 or resid 176...AA18 - 1741 - 157
12ALAALASERSER(chain 'A' and (resid 18 through 174 or resid 176...AA176 - 257159 - 240
13TRPTRPPHEPHE(chain 'A' and (resid 18 through 174 or resid 176...AA259 - 282242 - 265
14THRTHRARGARG(chain 'A' and (resid 18 through 174 or resid 176...AA284 - 376267 - 359
15GLUGLUILEILE(chain 'A' and (resid 18 through 174 or resid 176...AA378 - 380361 - 363
16METMETGLUGLU(chain 'A' and (resid 18 through 174 or resid 176...AA382 - 535365 - 518
17TYRTYRILEILE(chain 'A' and (resid 18 through 174 or resid 176...AA538 - 559521 - 542
21GLYGLYASPASP(chain 'B' and (resid 18 through 174 or resid 176...BB18 - 1741 - 157
22ALAALASERSER(chain 'B' and (resid 18 through 174 or resid 176...BB176 - 257159 - 240
23TRPTRPPHEPHE(chain 'B' and (resid 18 through 174 or resid 176...BB259 - 282242 - 265
24THRTHRARGARG(chain 'B' and (resid 18 through 174 or resid 176...BB284 - 376267 - 359
25GLUGLUILEILE(chain 'B' and (resid 18 through 174 or resid 176...BB378 - 380361 - 363
26METMETGLUGLU(chain 'B' and (resid 18 through 174 or resid 176...BB382 - 535365 - 518
27TYRTYRILEILE(chain 'B' and (resid 18 through 174 or resid 176...BB538 - 559521 - 542

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要素

#1: タンパク質 (-)-drimenol synthase / PhDS / Drimenol cyclase / Sesquiterpene synthase


分子量: 62996.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Persicaria hydropiper (ヤナギタデ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W0FFD7, (-)-drimenol synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 22.5% w/v PEG 3000, 0.1 M citrate, pH 5.5, 0.2 M ammonium acetate, 10% v/v glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→28.74 Å / Num. obs: 69159 / % possible obs: 98.97 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 51.84 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08643 / Rpim(I) all: 0.03731 / Rrim(I) all: 0.0944 / Net I/σ(I): 12.09
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5677 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique obs: 6797 / CC1/2: 0.961 / CC star: 0.99 / Rpim(I) all: 0.237 / Rrim(I) all: 0.6161 / % possible all: 98.56

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
XDSdata processing
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EAU

5eau


解像度: 2.2→28.74 Å / SU ML: 0.2793 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 32.339
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 3435 4.98 %
Rwork0.1947 126494 -
obs0.1966 68963 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8803 0 0 57 8860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00779094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.953312306
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05451298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00711582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.52943384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.220.3652430.29394289X-RAY DIFFRACTION98.12
2.23-2.250.34792270.28194118X-RAY DIFFRACTION98.13
2.25-2.280.37172190.30194128X-RAY DIFFRACTION98.08
2.28-2.310.34822400.29094333X-RAY DIFFRACTION97.92
2.31-2.340.332590.28684092X-RAY DIFFRACTION98.15
2.34-2.370.35331980.28734200X-RAY DIFFRACTION98.39
2.37-2.40.32642450.27774304X-RAY DIFFRACTION98.78
2.4-2.440.29322070.28224180X-RAY DIFFRACTION98.28
2.44-2.480.33722240.26974199X-RAY DIFFRACTION98.97
2.48-2.520.30511990.27864268X-RAY DIFFRACTION98.52
2.52-2.560.37482350.27964206X-RAY DIFFRACTION98.54
2.56-2.610.31552460.27944306X-RAY DIFFRACTION99.02
2.61-2.660.32992180.25714163X-RAY DIFFRACTION98.74
2.66-2.710.271950.24614302X-RAY DIFFRACTION98.6
2.71-2.770.30242180.25524207X-RAY DIFFRACTION99.37
2.77-2.840.26012350.22894278X-RAY DIFFRACTION99.38
2.84-2.910.27632360.23254264X-RAY DIFFRACTION99.38
2.91-2.990.26592100.22864266X-RAY DIFFRACTION99.11
2.99-3.070.31172360.23354200X-RAY DIFFRACTION99.24
3.07-3.170.26852280.23794230X-RAY DIFFRACTION98.32
3.17-3.290.28352330.2444174X-RAY DIFFRACTION97.54
3.29-3.420.28062430.23464196X-RAY DIFFRACTION98.64
3.42-3.570.24941900.20624273X-RAY DIFFRACTION98.61
3.57-3.760.23022070.18924271X-RAY DIFFRACTION98.2
3.76-3.990.21632170.17034180X-RAY DIFFRACTION97.97
3.99-4.30.17641970.15954179X-RAY DIFFRACTION97.07
4.3-4.730.18982120.1474211X-RAY DIFFRACTION98.6
4.73-5.410.16052150.15354229X-RAY DIFFRACTION98.36
5.41-6.810.2052010.17124223X-RAY DIFFRACTION97.77
6.81-28.940.15662110.13214025X-RAY DIFFRACTION93.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.674291241870.2962850152590.1134768192691.635664213060.6220059874692.48081218775-0.0135331812116-0.679627507558-0.08702540324610.191138103246-0.08121130738470.161598713541-0.132760990849-0.2372550021540.1087223739080.3758792153820.0785470004059-0.003889327235380.6045404014320.1026955064840.478862829018-49.6073589417-16.478405917660.7141260018
21.644201267540.05964965949930.5150564424370.742315962723-0.2721626269031.45404589837-0.0605413122107-0.1718586096190.0786399403291-0.1163540370880.1051490422250.259955905003-0.212769515963-0.490954537535-0.04679583885180.4806151745780.080076796702-0.004428304228460.5275933575620.07848894047150.643996455624-62.4724575305-12.064157460338.9651533451
33.932541047695.13809630126-1.044470959677.615889888410.586080938255.01391367111-0.3348454138830.1337440825650.223846723856-1.184181546450.4197579338120.595127625349-0.01783836460850.285972514601-0.07512412946970.395536646070.02026526579440.02052175240840.5039920665070.09214181059950.615109223523-48.6752713322-23.962777277440.5617356706
42.90369383037-0.4005697872830.2868545681131.71715409288-0.3678857693811.757528984940.02176897856360.3640555797880.0377550442188-0.208244171164-0.0552548281591-0.186492903999-0.09006830686380.5360744124810.05406189890450.456686026163-0.06008062769490.004054060532270.550612253863-0.03750918938420.399754183748-20.0464240763-16.70055394717.4194550545
51.397743821230.3057219675170.5838916080531.59515693904-0.6192982688932.139329383410.03792928783420.243717306575-0.153522482031-0.3452351172960.1091379973830.2860455074780.25629873037-0.106516168424-0.149739504030.665875085991-0.0192096946718-0.137074408770.467407906115-0.06942052250320.553899514162-44.2059277274-27.99310408058.40088333994
65.58487507626-1.68633939923-0.0449153663095.03332745498-4.076556160653.69484050156-0.0875363095726-0.2474434152140.253779637756-0.1734655351610.4772340203480.9819086012340.1460086582330.0705234325356-0.4858287446330.55173706954-0.0335207830062-0.07621279412190.459532706611-0.03013452928780.469873482393-35.6458249599-12.209026534723.4172887214
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 18:194)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 195:532)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 533:559)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 18:265)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 266:532)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 533:559)

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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